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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mi6 | |||||||||||||||
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タイトル | Yeast dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound, Model 1 | |||||||||||||||
要素 | Fusion protein of Dynein and Endolysin | |||||||||||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN / AAA ATPase / ATPase inhibitor | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 karyogamy / astral microtubule / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / nuclear migration / spindle pole body / dynein intermediate chain binding ...karyogamy / astral microtubule / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / nuclear migration / spindle pole body / dynein intermediate chain binding / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / cytoplasmic microtubule organization / viral release from host cell by cytolysis / Neutrophil degranulation / peptidoglycan catabolic process / mitotic spindle organization / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / cell cortex / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Enterobacteria phage T4 (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Santarossa, C.C. / Urnavicius, L. / Coudray, N. / Ekeirt, D.C. / Bhabha, G. / Kapoor, T.M. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021 タイトル: Targeting allostery in the Dynein motor domain with small molecule inhibitors. 著者: Cristina C Santarossa / Keith J Mickolajczyk / Jonathan B Steinman / Linas Urnavicius / Nan Chen / Yasuhiro Hirata / Yoshiyuki Fukase / Nicolas Coudray / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Tarun M Kapoor / 要旨: Cytoplasmic dyneins are AAA (ATPase associated with diverse cellular activities) motor proteins responsible for microtubule minus-end-directed intracellular transport. Dynein's unusually large size, ...Cytoplasmic dyneins are AAA (ATPase associated with diverse cellular activities) motor proteins responsible for microtubule minus-end-directed intracellular transport. Dynein's unusually large size, four distinct nucleotide-binding sites, and conformational dynamics pose challenges for the design of potent and selective chemical inhibitors. Here we use structural approaches to develop a model for the inhibition of a well-characterized S. cerevisiae dynein construct by pyrazolo-pyrimidinone-based compounds. These data, along with functional assays of dynein motility and mutagenesis studies, suggest that the compounds inhibit dynein by engaging the regulatory ATPase sites in the AAA3 and AAA4 domains, and not by interacting with dynein's main catalytic site in the AAA1 domain. A double Walker B mutation of the AAA3 and AAA4 sites substantially reduces enzyme activity, suggesting that targeting these regulatory domains is sufficient to inhibit dynein. Our findings reveal how chemical inhibitors can be designed to disrupt allosteric communication across dynein's AAA domains. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mi6.cif.gz | 541.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mi6.ent.gz | 415.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mi6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mi6_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mi6_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7mi6_validation.xml.gz | 75.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mi6_validation.cif.gz | 112.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/7mi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/7mi6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 304889.875 Da / 分子数: 1 / 変異: E1849Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: DYN1, DHC1, YKR054C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): VY972 / 参照: UniProt: P36022, UniProt: P00720 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ATP / | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.3 kDa/nm / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: VY972 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1300 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3700 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 44 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4893 |
画像スキャン | 横: 7420 / 縦: 7676 / 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136180 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7MI1 PDB chain-ID: A / Accession code: 7MI1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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