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万見
- PDB-7mh2: T4GALA Engineered Protein Nanocage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mh2
タイトルT4GALA Engineered Protein Nanocage
要素T4GALA Engineered Protein Nanocage
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Encapsulin / Nanocage / Nanocompartment
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / encapsulin nanocompartment / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Quasibacillus thermotolerans (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Andreas, M.P. / Jones, J.A. / Cristie-David, A.S. / Giessen, T.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM133325 米国
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2021
タイトル: Triggered Reversible Disassembly of an Engineered Protein Nanocage*.
著者: Jesse A Jones / Ajitha S Cristie-David / Michael P Andreas / Tobias W Giessen /
要旨: Protein nanocages play crucial roles in sub-cellular compartmentalization and spatial control in all domains of life and have been used as biomolecular tools for applications in biocatalysis, drug ...Protein nanocages play crucial roles in sub-cellular compartmentalization and spatial control in all domains of life and have been used as biomolecular tools for applications in biocatalysis, drug delivery, and bionanotechnology. The ability to control their assembly state under physiological conditions would further expand their practical utility. To gain such control, we introduced a peptide capable of triggering conformational change at a key structural position in the largest known encapsulin nanocompartment. We report the structure of the resulting engineered nanocage and demonstrate its ability to disassemble and reassemble on demand under physiological conditions. We demonstrate its capacity for in vivo encapsulation of proteins of choice while also demonstrating in vitro cargo loading capabilities. Our results represent a functionally robust addition to the nanocage toolbox and a novel approach for controlling protein nanocage disassembly and reassembly under mild conditions.
履歴
登録2021年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23834
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23834
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T4GALA Engineered Protein Nanocage
B: T4GALA Engineered Protein Nanocage
C: T4GALA Engineered Protein Nanocage
D: T4GALA Engineered Protein Nanocage


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,1634
ポリマ－141,1634
非ポリマー00
水00
1
A: T4GALA Engineered Protein Nanocage
B: T4GALA Engineered Protein Nanocage
C: T4GALA Engineered Protein Nanocage
D: T4GALA Engineered Protein Nanocage
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,469,756240
ポリマ－8,469,756240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: T4GALA Engineered Protein Nanocage
B: T4GALA Engineered Protein Nanocage
C: T4GALA Engineered Protein Nanocage
D: T4GALA Engineered Protein Nanocage
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 706 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)705,81320
ポリマ－705,81320
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: T4GALA Engineered Protein Nanocage
B: T4GALA Engineered Protein Nanocage
C: T4GALA Engineered Protein Nanocage
D: T4GALA Engineered Protein Nanocage
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 847 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)846,97624
ポリマ－846,97624
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
T4GALA Engineered Protein Nanocage


分子量: 35290.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Amino Acids 58-83: synthetic GALA peptide insertion; Amino Acids 305-310: Linker; Amino Acids 311-316: Affinity Tag
由来: (組換発現) Quasibacillus thermotolerans (バクテリア)
遺伝子: QY95_01592 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F5HPP7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: T4GALA Engineered Protein Nanocage / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Quasibacillus thermotolerans (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMBis Tris PropaneC11H26N2O61
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
試料濃度: 0.76 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 60 seconds, 5 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1259
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC2.15.00粒子像選択Manual Picker
2cryoSPARC2.15.00粒子像選択Template Picker
3Leginon画像取得
5cryoSPARC2.15.00CTF補正Patch CTF Estimation
8UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9Coot0.9モデルフィッティング
11cryoSPARC2.15.00初期オイラー角割当
12cryoSPARC2.15.00最終オイラー角割当
14cryoSPARC2.15.00３次元再構成Homogenous Refinement
15PHENIX1.19モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6707 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 81.22 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient
詳細: Model was initially docked in Chimera using Fit to Map command. Chains were manually refined in Coot with rigid body refinement, chain refinement, and iterative real space refinements. ASU ...詳細: Model was initially docked in Chimera using Fit to Map command. Chains were manually refined in Coot with rigid body refinement, chain refinement, and iterative real space refinements. ASU was then refined using phenix.real_space_refine with default parameters. NCS operators were applied and refined again with NCS contstraints, global minimization, and ADP refinement.
原子モデル構築PDB-ID: 6NJ8

6nj8


Accession code: 6NJ8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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