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万見
- PDB-7lo8: NorA in complex with Fab36 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lo8
タイトルNorA in complex with Fab36
要素
  • Fab36 Heavy Chain
  • Fab36 Light Chain
  • Quinolone resistance protein NorA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / efflux pump / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tetracycline resistance protein TetA/multidrug resistance protein MdtG / Multidrug resistance protein / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Quinolone resistance protein NorA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Brawley, D.N. / Sauer, D.B. / Song, J.M. / Koide, A. / Koide, S. / Traaseth, N.J. / Wang, D.N.
資金援助 米国, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI108889 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1506420 米国
American Cancer Society129844-PF-17-135-01-TBE 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-16-1-0153 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM093825 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS108151 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM121994 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM881188 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis for inhibition of the drug efflux pump NorA from Staphylococcus aureus.
著者: Douglas N Brawley / David B Sauer / Jianping Li / Xuhui Zheng / Akiko Koide / Ganesh S Jedhe / Tiffany Suwatthee / Jinmei Song / Zheng Liu / Paramjit S Arora / Shohei Koide / Victor J Torres ...著者: Douglas N Brawley / David B Sauer / Jianping Li / Xuhui Zheng / Akiko Koide / Ganesh S Jedhe / Tiffany Suwatthee / Jinmei Song / Zheng Liu / Paramjit S Arora / Shohei Koide / Victor J Torres / Da-Neng Wang / Nathaniel J Traaseth /
要旨: Membrane protein efflux pumps confer antibiotic resistance by extruding structurally distinct compounds and lowering their intracellular concentration. Yet, there are no clinically approved drugs to ...Membrane protein efflux pumps confer antibiotic resistance by extruding structurally distinct compounds and lowering their intracellular concentration. Yet, there are no clinically approved drugs to inhibit efflux pumps, which would potentiate the efficacy of existing antibiotics rendered ineffective by drug efflux. Here we identified synthetic antigen-binding fragments (Fabs) that inhibit the quinolone transporter NorA from methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Structures of two NorA-Fab complexes determined using cryo-electron microscopy reveal a Fab loop deeply inserted in the substrate-binding pocket of NorA. An arginine residue on this loop interacts with two neighboring aspartate and glutamate residues essential for NorA-mediated antibiotic resistance in MRSA. Peptide mimics of the Fab loop inhibit NorA with submicromolar potency and ablate MRSA growth in combination with the antibiotic norfloxacin. These findings establish a class of peptide inhibitors that block antibiotic efflux in MRSA by targeting indispensable residues in NorA without the need for membrane permeability.
履歴
登録2021年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: Quinolone resistance protein NorA
H: Fab36 Heavy Chain
L: Fab36 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1933
ポリマ－96,1933
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Quinolone resistance protein NorA


分子量: 42353.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: norA, tetA, tetA_2, BTN44_09105, DD547_00670, DQV53_04080, EP54_04170, EQ90_03440, FA040_06730, G0V24_03995, G0X12_10865, G0Z18_04370, G6Y10_04720, GO746_14090, GO803_07545, GO805_01365, ...遺伝子: norA, tetA, tetA_2, BTN44_09105, DD547_00670, DQV53_04080, EP54_04170, EQ90_03440, FA040_06730, G0V24_03995, G0X12_10865, G0Z18_04370, G6Y10_04720, GO746_14090, GO803_07545, GO805_01365, GO821_08105, GO894_15090, GO942_03500, HMPREF2819_04810, HMPREF3211_00604, NCTC10654_00801, NCTC10702_01167, NCTC10988_00893, NCTC9944_00776, RK64_04180, SAMEA1029528_00668, SAMEA1029547_01044, SAMEA1029553_00751, SAMEA1964876_01266, SAMEA1965205_01031, SAMEA1966505_00819, SAMEA1969349_01052, SAMEA1969845_01011, SAMEA1971706_01410, SAMEA1972827_00559, SAMEA2076212_00937, SAMEA2076218_00794, SAMEA2076220_00416, SAMEA2076226_00094, SAMEA2076463_00402, SAMEA2076464_00402, SAMEA2076470_00989, SAMEA2076472_00906, SAMEA2076478_00948, SAMEA2076480_00403, SAMEA2076481_00754, SAMEA2076743_00851, SAMEA2076745_01198, SAMEA2076746_00709, SAMEA2076747_00402, SAMEA2076749_01092, SAMEA2076751_00767, SAMEA2076752_01693, SAMEA2076755_01477, SAMEA2076756_01730, SAMEA2076758_01750, SAMEA2076759_01476, SAMEA2076761_01673, SAMEA2076762_01568, SAMEA2076763_01005, SAMEA2076764_01192, SAMEA2076765_00813, SAMEA2077023_01193, SAMEA2077025_00963, SAMEA2077027_00992, SAMEA2077029_00946, SAMEA2077031_00749, SAMEA2077034_01532, SAMEA2077035_00441, SAMEA2077039_00933, SAMEA2077040_00402, SAMEA2077041_01231, SAMEA2077044_01041, SAMEA2077045_01087, SAMEA2077046_01075, SAMEA2077293_01085, SAMEA2077294_01001, SAMEA2077295_01088, SAMEA2077297_00893, SAMEA2077300_01388, SAMEA2077301_01079, SAMEA2077302_01294, SAMEA2077303_01165, SAMEA2077307_01110, SAMEA2077832_01179, SAMEA2078252_00991, SAMEA2078256_00442, SAMEA2078307_00767, SAMEA2078308_00437, SAMEA2078553_00705, SAMEA2078558_00440, SAMEA2078560_00441, SAMEA2078569_01033, SAMEA2078570_00726, SAMEA2078572_00766, SAMEA2078824_00440, SAMEA2078837_00724, SAMEA2079048_01019, SAMEA2079051_00890, SAMEA2079277_00570, SAMEA2079291_00132, SAMEA2079503_00716, SAMEA2079507_01569, SAMEA2079512_00399, SAMEA2079517_00401, SAMEA2079724_00193, SAMEA2079727_00743, SAMEA2079728_01205, SAMEA2079732_00659, SAMEA2079742_00929, SAMEA2079946_00528, SAMEA2079949_00512, SAMEA2079951_00193, SAMEA2079952_00660, SAMEA2079957_00881, SAMEA2079958_00559, SAMEA2079960_00657, SAMEA2079961_00193, SAMEA2079968_00614, SAMEA2080329_00094, SAMEA2080330_00193, SAMEA2080334_00929, SAMEA2080433_00981, SAMEA2080812_00715, SAMEA2080898_00727, SAMEA2080900_00662, SAMEA2080904_00710, SAMEA2080913_00729, SAMEA2081043_01808, SAMEA2081053_01006, SAMEA2081054_00654, SAMEA2081055_00993, SAMEA2081060_00553, SAMEA2081211_01079, SAMEA2081213_00399, SAMEA2081218_00473, SAMEA2081341_00094, SAMEA2081342_00612, SAMEA2081349_00936, SAMEA2081359_00094, SAMEA2081362_00860, SAMEA2081468_00628, SAMEA2081474_00441, SAMEA2081475_00651, SAMEA2081476_01465, SAMEA2081479_01707, SAMEA2081480_01854, SAMEA2081560_01571, SAMEA2081561_01009, SAMEA2081564_00963, SAMEA2081567_00976, SAMEA2081568_01004, SAMEA2081569_00706, SAMEA2081570_00962, SAMEA2081571_00711, SAMEA2081572_00947, SAMEA2081573_00955, SAMEA2081575_01082, SAMEA2081577_00891, SAMEA2081578_00766, SAMEA2081579_01168, SAMEA2081581_01073, SAMEA2081582_01166, SAMEA2081673_00935, SAMEA2081674_00934, SAMEA958766_00618, SAMEA958770_01028, SAMEA958772_00649, SAMEA958778_01022, SAMEA958779_00094, SAMEA958785_00651, SAMEA958793_00683, SAMEA958798_00328, SAMEA958804_01063, SAMEA958810_00661, SAMEA958836_01276, SAMEA958838_00069, SAMEA958845_00683, SAMEA958846_00694, SAMEA958848_01177, SAMEA958855_00578, SAMEA958858_00913, SAMEA958870_01324, SAMEA958898_01209, SAMEA958906_00445, SAMEA958925_01036, SAMEA958951_01582, SAMEA958953_00694, SAMEA958961_00691, SAMEA958979_00607, SAMEA958987_00401, SAMEA958995_00511
プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): C-term 10 His tag / Cell (発現宿主): E. coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q53459
#2: 抗体 Fab36 Heavy Chain


分子量: 28044.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab36 Light Chain


分子量: 25794.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NorA:Fab36 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 55.54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCCTF補正
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 311335 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0066356
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9388627
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.442869
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051989
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081074

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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