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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kxr | ||||||
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タイトル | Protective antigen pore translocating lethal factor N-terminal domain | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN / translocation / complex / anthrax / refolding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anthrax lethal factor endopeptidase / positive regulation of apoptotic process in another organism / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / toxin activity ...anthrax lethal factor endopeptidase / positive regulation of apoptotic process in another organism / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Machen, A.J. / Freudenthal, B.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021 タイトル: Anthrax toxin translocation complex reveals insight into the lethal factor unfolding and refolding mechanism. 著者: Alexandra J Machen / Mark T Fisher / Bret D Freudenthal / 要旨: Translocation is essential to the anthrax toxin mechanism. Protective antigen (PA), the binding component of this AB toxin, forms an oligomeric pore that translocates lethal factor (LF) or edema ...Translocation is essential to the anthrax toxin mechanism. Protective antigen (PA), the binding component of this AB toxin, forms an oligomeric pore that translocates lethal factor (LF) or edema factor, the active components of the toxin, into the cell. Structural details of the translocation process have remained elusive despite their biological importance. To overcome the technical challenges of studying translocation intermediates, we developed a method to immobilize, transition, and stabilize anthrax toxin to mimic important physiological steps in the intoxication process. Here, we report a cryoEM snapshot of PA translocating the N-terminal domain of LF (LF). The resulting 3.3 Å structure of the complex shows density of partially unfolded LF near the canonical PA binding site. Interestingly, we also observe density consistent with an α helix emerging from the 100 Å β barrel channel suggesting LF secondary structural elements begin to refold in the pore channel. We conclude the anthrax toxin β barrel aids in efficient folding of its enzymatic payload prior to channel exit. Our hypothesized refolding mechanism has broader implications for pore length of other protein translocating toxins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kxr.cif.gz | 700.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kxr.ent.gz | 588.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kxr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kxr_validation.pdf.gz | 805.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kxr_full_validation.pdf.gz | 949.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7kxr_validation.xml.gz | 122.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kxr_validation.cif.gz | 182.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/7kxr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/7kxr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30520.408 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 34-296 / 変異: E126C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: lef, pXO1-107, BXA0172, GBAA_pXO1_0172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P15917, anthrax lethal factor endopeptidase | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 63019.012 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP Residues 203-764 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: pagA, pag, pXO1-110, BXA0164, GBAA_pXO1_0164 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13423 #3: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Anthrax toxin protective antigen translocating lethal factor N-terminal domain タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 5.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122651 / 対称性のタイプ: POINT |