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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fj1 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of pseudorabies virus C-capsid | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Pseudorabies virus / C-capsid / Cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chromosome organization => GO:0051276 / T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / viral process / viral penetration into host nucleus ...chromosome organization => GO:0051276 / T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / viral process / viral penetration into host nucleus / host cell / viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.43 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, Q. / Li, S. / Zha, Z. / Sun, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structures of pseudorabies virus capsids. 著者: Guosong Wang / Zhenghui Zha / Pengfei Huang / Hui Sun / Yang Huang / Maozhou He / Tian Chen / Lina Lin / Zhenqin Chen / Zhibo Kong / Yuqiong Que / Tingting Li / Ying Gu / Hai Yu / Jun Zhang / ...著者: Guosong Wang / Zhenghui Zha / Pengfei Huang / Hui Sun / Yang Huang / Maozhou He / Tian Chen / Lina Lin / Zhenqin Chen / Zhibo Kong / Yuqiong Que / Tingting Li / Ying Gu / Hai Yu / Jun Zhang / Qingbing Zheng / Yixin Chen / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: Pseudorabies virus (PRV) is a major etiological agent of swine infectious diseases and is responsible for significant economic losses in the swine industry. Recent data points to human viral ...Pseudorabies virus (PRV) is a major etiological agent of swine infectious diseases and is responsible for significant economic losses in the swine industry. Recent data points to human viral encephalitis caused by PRV infection, suggesting that PRV may be able to overcome the species barrier to infect humans. To date, there is no available therapeutic for PRV infection. Here, we report the near-atomic structures of the PRV A-capsid and C-capsid, and illustrate the interaction that occurs between these subunits. We show that the C-capsid portal complex is decorated with capsid-associated tegument complexes. The PRV capsid structure is highly reminiscent of other α-herpesviruses, with some additional structural features of β- and γ-herpesviruses. These results illustrate the structure of the PRV capsid and elucidate the underlying assembly mechanism at the molecular level. This knowledge may be useful for the development of oncolytic agents or specific therapeutics against this arm of the herpesvirus family. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fj1.cif.gz | 4.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fj1.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7fj1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7fj1_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7fj1_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7fj1_validation.xml.gz | 587.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7fj1_validation.cif.gz | 931.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/7fj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/7fj1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31611MC 7fj3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
4 |
| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
-タンパク質 , 5種, 36分子 0ASUaefglmnpquwyBEFGHIJKLMNOPQ...
#1: タンパク質 | 分子量: 146101.984 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: G3G8T2 #3: タンパク質 | | 分子量: 64304.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: G3G8T5 #4: タンパク質 | 分子量: 11509.209 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: G3G8R4 #6: タンパク質 | 分子量: 57412.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: G3G971 #7: タンパク質 | 分子量: 7069.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: G3G8Y0 |
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-Triplex capsid protein ... , 2種, 15分子 123jkosvxzThirt
#2: タンパク質 | 分子量: 31763.766 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: G3G8T3 #5: タンパク質 | 分子量: 40008.594 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: Q85211 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Suid alphaherpesvirus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14252 / 対称性のタイプ: POINT |