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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fes | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of apo BsClpP at pH 4.2 | |||||||||||||||||||||
要素 | ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit | |||||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / ClpP / Bacillus subtilis | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Kim, L. / Lee, B.-G. / Kim, M.K. / Kwon, D.H. / Kim, H. / Brotz-Oesterhelt, H. / Roh, S.-H. / Song, H.K. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 韓国, 6件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2022 タイトル: Structural insights into ClpP protease side exit pore-opening by a pH drop coupled with substrate hydrolysis. 著者: Leehyeon Kim / Byung-Gil Lee / Minki Kim / Min Kyung Kim / Do Hoon Kwon / Hyunmin Kim / Heike Brötz-Oesterhelt / Soung-Hun Roh / Hyun Kyu Song / 要旨: The ClpP serine peptidase is a tetradecameric degradation molecular machine involved in many physiological processes. It becomes a competent ATP-dependent protease when coupled with Clp-ATPases. ...The ClpP serine peptidase is a tetradecameric degradation molecular machine involved in many physiological processes. It becomes a competent ATP-dependent protease when coupled with Clp-ATPases. Small chemical compounds, acyldepsipeptides (ADEPs), are known to cause the dysregulation and activation of ClpP without ATPases and have potential as novel antibiotics. Previously, structural studies of ClpP from various species revealed its structural details, conformational changes, and activation mechanism. Although product release through side exit pores has been proposed, the detailed driving force for product release remains elusive. Herein, we report crystal structures of ClpP from Bacillus subtilis (BsClpP) in unforeseen ADEP-bound states. Cryo-electron microscopy structures of BsClpP revealed various conformational states under different pH conditions. To understand the conformational change required for product release, we investigated the relationship between substrate hydrolysis and the pH-lowering process. The production of hydrolyzed peptides from acidic and basic substrates by proteinase K and BsClpP lowered the pH values. Our data, together with those of previous findings, provide insight into the molecular mechanism of product release by the ClpP self-compartmentalizing protease. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fes.cif.gz | 694.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fes.ent.gz | 582.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fes.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7fes_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7fes_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7fes_validation.xml.gz | 63.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7fes_validation.cif.gz | 94.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/7fes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/7fes | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31562MC 7fepC 7feqC 7ferC 7p80C 7p81C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22404.664 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80244, endopeptidase Clp |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of apo BsClpP at pH 4.2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 4.2 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 |
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EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 2 / カテゴリ: 3次元再構成 |
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 341414 |
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29834 / 対称性のタイプ: POINT |