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- PDB-7f47: Cryo-EM structure of Rhizobium etli MprF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f47
タイトルCryo-EM structure of Rhizobium etli MprF
要素Hypothetical conserved protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / flippase / aminoacyl-tRNA / phosphatidylglycerol
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylglycerol alanyltransferase activity / phospholipid homeostasis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1K1 / Chem-PGW / Hypothetical conserved protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium etli (根粒菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Nishimura, M. / Hirano, H. / Kobayashi, K. / Gill, C.P. / Phan, C.N.K. / Kise, Y. / Kusakizako, T. / Yamashita, K. / Ito, Y. / Roy, H. ...Nishimura, M. / Hirano, H. / Kobayashi, K. / Gill, C.P. / Phan, C.N.K. / Kise, Y. / Kusakizako, T. / Yamashita, K. / Ito, Y. / Roy, H. / Nishizawa, T. / Nureki, O.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Rhizobium etli MprF
著者: Nishimura, M.
履歴
登録2021年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: atom_type / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5453
ポリマ－93,9191
非ポリマー1,6262
水724
1
A: Hypothetical conserved protein
ヘテロ分子

A: Hypothetical conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,0896
ポリマ－187,8372
非ポリマー3,2524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-1), (-1), (1)193.224, 193.224

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical conserved protein


分子量: 93918.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) (根粒菌)
遺伝子: RHE_CH03486 / プラスミド: pTSP1 / 詳細 (発現宿主): pET-modified vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2K4J4
#2: 化合物 ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG


分子量: 749.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-1K1 / [(2R)-1-[[(2R)-3-[(2S)-2,6-bis(azanyl)hexanoyl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (E)-octadec-9-enoate


分子量: 877.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H89N2O11P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MprF / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.187 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rhizobium etli CFN 42 (根粒菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: DE3 / プラスミド: pTSP1
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HClC4H11NO3-HCl1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.06 %GDNC56H92O251
4100 uMTCEPC9H15O6P1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: a waiting time of 10 s and a blotting time of 4 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: CDS mode
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3159
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0272 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk / 日付: 2020年2月9日
解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1３次元再構成
13REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 307241 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 5VRV

5vrv


Accession code: 5VRV / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 2.99→2.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.691 / WRfactor Rwork: 0.42 / SU B: 10.347 / SU ML: 0.185 / Average fsc overall: 0.612 / Average fsc work: 0.612 / ESU R: 0.201 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.4196 230364 -
all0.42 --
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 161.053 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.574 Å21.218 Å20 Å2
2--2.021 Å2-0 Å2
3----3.594 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.0136573
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.0176543
ELECTRON MICROSCOPYr_ext_dist_refined_d0.2660.1585
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.4431.6258917
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.3421.56214966
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.5735827
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg29.55420.205293
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg19.09151018
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg20.5451546
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0460.2856
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0070.027298
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.021546
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.2150.22698
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.1680.211634
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.1690.26562
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0780.26922
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2172
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1220.22
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_refined0.0530.22
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other0.1550.216
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2080.22
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it13.35816.1453317
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other13.3616.1243316
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it20.0224.2444141
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other20.01724.2694142
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it14.21218.0443256
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other14.2118.0433257
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it22.44626.2874776
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other22.44426.2874777
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it41.36307.90827420
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other41.359307.90627421
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Num. reflection RworkNum. reflection allFsc work
2.7-2.7717023170230.146
2.77-2.84616646166460.182
2.846-2.92816196161960.234
2.928-3.01915674156740.279
3.019-3.11715180151800.404
3.117-3.22714680146800.535
3.227-3.34914253142530.63
3.349-3.48513582135820.78
3.485-3.6413095130950.831
3.64-3.81812549125490.898
3.818-4.02411934119340.919
4.024-4.26811247112470.935
4.268-4.56210585105850.951
4.562-4.927988298820.947
4.927-5.397899889980.919
5.397-6.033817781770.87
6.033-6.964722772270.808
6.964-8.523613161310.835
8.523-12.03468846880.852
12.03-136.452262126210.138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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