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- PDB-7f38: Cyanophage A-1(L) capsid asymmetric unit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f38
タイトルCyanophage A-1(L) capsid asymmetric unit
要素Putative major capsid protein
キーワードVIRUS / Major capsid proteins
機能・相同性Putative major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Nostoc phage A1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Cui, N. / Li, Q. / Zhou, C.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0903100 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: Capsid Structure of Cyanophage A-1(L).
著者: Ning Cui / Feng Yang / Jun-Tao Zhang / Hui Sun / Yu Chen / Rong-Cheng Yu / Zhi-Peng Chen / Yong-Liang Jiang / Shu-Jing Han / Xudong Xu / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou /
要旨: A-1(L) is a freshwater cyanophage with a contractile tail that specifically infects sp. PCC 7120, one of the model strains for molecular studies of cyanobacteria. Although isolated for half a ...A-1(L) is a freshwater cyanophage with a contractile tail that specifically infects sp. PCC 7120, one of the model strains for molecular studies of cyanobacteria. Although isolated for half a century, its structure remains unknown, which limits our understanding on the interplay between A-1(L) and its host. Here we report the 3.35 Å cryo-EM structure of A-1(L) capsid, representing the first near-atomic resolution structure of a phage capsid with a T number of 9. The major capsid gp4 proteins assemble into 91 capsomers, including 80 hexons: 20 at the center of the facet and 60 at the facet edge, in addition to 11 identical pentons. These capsomers further assemble into the icosahedral capsid, via gradually increasing curvatures. Different from the previously reported capsids of known-structure, A-1(L) adopts a noncovalent chainmail structure of capsid stabilized by two kinds of mortise-and-tenon inter-capsomer interactions: a three-layered interface at the pseudo 3-fold axis combined with the complementarity in shape and electrostatic potential around the 2-fold axis. This unique capsomer construction enables A-1(L) to possess a rigid capsid, which is solely composed of the major capsid proteins with an HK97 fold. Cyanobacteria are the most abundant photosynthetic bacteria, contributing significantly to the biomass production, O generation, and CO consumption on our planet. Their community structure and homeostasis in natural aquatic ecosystems are largely regulated by the corresponding cyanophages. In this study, we solved the structure of cyanophage A-1(L) capsid at near-atomic resolution and revealed a unique capsid construction. This capsid structure provides the molecular details for better understanding the assembly of A-1(L), and a structural platform for future investigation and application of A-1(L) in combination with its host sp. PCC 7120. As the first isolated freshwater cyanophage that infects the genetically tractable model cyanobacterium, A-1(L) should become an ideal template for the genetic engineering and synthetic biology studies.
履歴
登録2021年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-31431
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31431
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative major capsid protein
B: Putative major capsid protein
C: Putative major capsid protein
D: Putative major capsid protein
E: Putative major capsid protein
F: Putative major capsid protein
G: Putative major capsid protein
H: Putative major capsid protein
I: Putative major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,7229
ポリマ－355,7229
非ポリマー00
水00
1
A: Putative major capsid protein
B: Putative major capsid protein
C: Putative major capsid protein
D: Putative major capsid protein
E: Putative major capsid protein
F: Putative major capsid protein
G: Putative major capsid protein
H: Putative major capsid protein
I: Putative major capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,343,293540
ポリマ－21,343,293540
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Putative major capsid protein
B: Putative major capsid protein
C: Putative major capsid protein
D: Putative major capsid protein
E: Putative major capsid protein
F: Putative major capsid protein
G: Putative major capsid protein
H: Putative major capsid protein
I: Putative major capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.78 MDa, 45 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,778,60845
ポリマ－1,778,60845
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Putative major capsid protein
B: Putative major capsid protein
C: Putative major capsid protein
D: Putative major capsid protein
E: Putative major capsid protein
F: Putative major capsid protein
G: Putative major capsid protein
H: Putative major capsid protein
I: Putative major capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 2.13 MDa, 54 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,134,32954
ポリマ－2,134,32954
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Putative major capsid protein


分子量: 39524.617 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc phage A1 (ファージ) / 発現宿主: Nostoc phage A1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A191SAV5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nostoc phage A1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Nostoc phage A1 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32687 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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