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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7.0E+94 | ||||||
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タイトル | Intact TRAPPII (State II) | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-glucan biosynthetic process / TRAPPI protein complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / early endosome to Golgi transport / COPII-mediated vesicle transport / cis-Golgi network membrane / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway ...beta-glucan biosynthetic process / TRAPPI protein complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / early endosome to Golgi transport / COPII-mediated vesicle transport / cis-Golgi network membrane / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / protein localization to phagophore assembly site / intra-Golgi vesicle-mediated transport / cis-Golgi network / protein-containing complex localization / retrograde transport, endosome to Golgi / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / positive regulation of macroautophagy / chromosome organization / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / macroautophagy / trans-Golgi network / cell wall organization / protein-containing complex assembly / early endosome / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.67 Å | ||||||
データ登録者 | Mi, C.C. / Sui, S.F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structural basis for assembly of TRAPPII complex and specific activation of GTPase Ypt31/32. 著者: Chenchen Mi / Li Zhang / Guoqiang Huang / Guangcan Shao / Fan Yang / Xin You / Meng-Qiu Dong / Shan Sun / Sen-Fang Sui / 要旨: Transport protein particle (TRAPP) complexes belong to the multiprotein tethering complex and exist in three forms-core TRAPP/TRAPPI, TRAPPII, and TRAPPIII. TRAPPII activates GTPase Ypt31/Ypt32 as ...Transport protein particle (TRAPP) complexes belong to the multiprotein tethering complex and exist in three forms-core TRAPP/TRAPPI, TRAPPII, and TRAPPIII. TRAPPII activates GTPase Ypt31/Ypt32 as the guanine nucleotide exchange factor in the trans-Golgi network to determine the maturation of Golgi cisternae into post-Golgi carriers in yeast. Here, we present cryo-EM structures of yeast TRAPPII in apo and Ypt32-bound states. All the structures show a dimeric architecture assembled by two triangle-shaped monomers, while the monomer in the apo state exhibits both open and closed conformations, and the monomer in the Ypt32-bound form only captures the closed conformation. Located in the interior of the monomer, Ypt32 binds with both core TRAPP/TRAPPI and Trs120 via its nucleotide-binding domain and binds with Trs31 via its hypervariable domain. Combined with functional analysis, the structures provide insights into the assembly of TRAPPII and the mechanism of the specific activation of Ypt31/Ypt32 by TRAPPII. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e94.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e94.ent.gz | 864.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e94.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7e94_validation.pdf.gz | 936.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7e94_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7e94_validation.xml.gz | 163 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7e94_validation.cif.gz | 253 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e94 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AL
#1: タンパク質 | 分子量: 17371.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TCA17, YEL048C, SYGP-ORF36 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32613 |
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-Trafficking protein particle complex subunit ... , 6種, 14分子 BMCFNQDOEPGRHS
#2: タンパク質 | 分子量: 30786.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS33, YOR115C, O3251, YOR3251C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q99394 #3: タンパク質 | 分子量: 22152.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BET3, YKR068C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36149 #4: タンパク質 | 分子量: 18453.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BET5, YML077W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03630 #5: タンパク質 | 分子量: 24889.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS23, YDR246W, YD8419.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03784 #6: タンパク質 | 分子量: 31743.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS31, YDR472W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03337 #7: タンパク質 | 分子量: 19721.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS20, YBR254C, YBR1722 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38334 |
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-Trafficking protein particle complex II-specific subunit ... , 3種, 6分子 ITJUKV
#8: タンパク質 | 分子量: 128282.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS130, YMR218C, YM8261.12C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03660 #9: タンパク質 | 分子量: 147807.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS120, YDR407C, D9509.25, ESBP10 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04183 #10: タンパク質 | 分子量: 63434.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TRS65, KRE11, YGR166W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32893 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Intact TRAPPII (State II) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36751 / 対称性のタイプ: POINT |