PDB-7dy0: 1.93 A cryo-EM structure of streptavidin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dy0

タイトル

1.93 A cryo-EM structure of streptavidin

要素

Streptavidin

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / STREPTAVIDIN

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Hiraizumi, M. / Yamashita, K. / Nishizawa, T. / Kikkawa, M. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.93 A cryo-EM structure of streptavidin
著者: Hiraizumi, M.

履歴

登録	2021年1月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / refine Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

ムービー	生物学的単位 - complete point assembly Jmolによる作画ダウンロード登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-30913 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dy0.cif.gz	40.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dy0.ent.gz	22.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dy0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dy0_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dy0_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7dy0_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	7dy0_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dy0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	30913MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1n9y-d 1kl4-d 1swh-d 5b5g-d 1swo-d 1swb-d 1n7y-d 1kff-d 4y59-d 1nbx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
電子顕微鏡画像生データ	EMPIAR-10641 (タイトル: 1.93 A cryo-EM structure of streptavidin / Data size: 373.1 / Data #1: Unaligned movies [micrographs - multiframe])

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptavidin

complete point assembly
75.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
point asymmetric unit

3

登録構造と同一（異なる座標系）
point asymmetric unit, std point frame

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: D₂ (2回x2回 2面回転対称))

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	generate	(-1), (-1), (1)	87.99963, 87.99963
3	generate	(1), (-1), (-1)	87.99963, 87.99963
4	generate	(-1), (1), (-1)	87.99963, 87.99963

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 18849.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Streptavidin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア)
緩衝液	pH: 7.2
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	詳細: coated grid with pentylamine before glow discharge / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2277
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0272 / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	RELION	3.1	粒子像選択
2	SerialEM		画像取得
4	CTFFIND	4.1.13	CTF補正
7	MOLREP		モデルフィッティング
9	RELION	3.1	初期オイラー角割当
10	RELION	3.1	最終オイラー角割当
12	RELION	3.1	３次元再構成
19	REFMAC	5.8.0272	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: D₂ (2回x2回 2面回転対称)

3次元再構成

解像度: 1.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19045 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

空間: RECIPROCAL

原子モデル構築

PDB-ID: 5N7X

5n7x

PDB chain-ID: M / Accession code: 5N7X / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

解像度: 1.93→1.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.814 / WR_factor R_work: 0.349 / SU B: 6.443 / SU ML: 0.146 / Average fsc overall: 0.6654 / Average fsc work: 0.6654 / ESU R: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.3489	74239	-
all	0.349	-	-
obs	-	-	100 %

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.861 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.308 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.167 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_refined_d	0.012	0.012	913
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_other_d	0.002	0.018	803
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_refined_deg	1.696	1.641	1249
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_other_deg	1.446	1.578	1834
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_1_deg	8.244	5	118
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_2_deg	27.792	22.381	42
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_3_deg	15.777	15	124
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_4_deg	24.32	15	4
ELECTRON MICROSCOPY	r_chiral_restr	0.09	0.2	125
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1073
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_other	0.002	0.02	231
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_refined	0.166	0.2	270
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	1416
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_refined	0.169	0.2	876
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	986
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	68
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	10
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_other	0.181	0.2	56
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	10
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_it	5.257	5.067	475
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_other	5.262	5.054	474
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_it	9.031	7.59	592
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_other	9.025	7.605	593
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_it	5.519	5.48	438
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_other	5.513	5.502	439
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_it	9.337	7.922	657
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_other	9.33	7.943	658
ELECTRON MICROSCOPY	r_lrange_it	18.084	94.079	4104
ELECTRON MICROSCOPY	r_lrange_other	18.071	93.938	4096

LS精密化シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection R_free: _ / Total num. of bins used: 100 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	WR_factor R_work
1.92-1.93	0.54	1056	0.54	1056	0.148	0.54
1.93-1.94	0.563	1164	0.563	1164	0.21	0.563
1.94-1.949	0.546	1076	0.546	1076	0.236	0.546
1.949-1.96	0.552	1126	0.552	1126	0.224	0.552
1.96-1.97	0.604	992	0.604	992	0.215	0.604
1.97-1.98	0.606	1103	0.606	1103	0.264	0.606
1.98-1.991	0.581	1148	0.581	1148	0.252	0.581
1.991-2.002	0.597	1035	0.597	1035	0.216	0.597
2.002-2.013	0.56	1068	0.56	1068	0.274	0.56
2.013-2.024	0.547	1063	0.547	1063	0.362	0.547
2.024-2.035	0.556	1048	0.556	1048	0.259	0.556
2.035-2.047	0.509	1035	0.509	1035	0.354	0.509
2.047-2.058	0.525	1030	0.525	1030	0.305	0.525
2.058-2.07	0.564	1065	0.564	1065	0.323	0.564
2.07-2.082	0.558	1018	0.558	1018	0.349	0.558
2.082-2.095	0.472	1029	0.472	1029	0.525	0.472
2.095-2.107	0.511	1033	0.511	1033	0.347	0.511
2.107-2.12	0.533	944	0.533	944	0.5	0.533
2.12-2.133	0.473	1015	0.473	1015	0.512	0.473
2.133-2.146	0.509	1046	0.509	1046	0.536	0.509
2.146-2.16	0.512	982	0.512	982	0.511	0.512
2.16-2.174	0.534	997	0.534	997	0.531	0.534
2.174-2.188	0.547	1001	0.547	1001	0.526	0.547
2.188-2.202	0.463	961	0.463	961	0.542	0.463
2.202-2.217	0.472	944	0.472	944	0.626	0.472
2.217-2.232	0.487	952	0.487	952	0.584	0.487
2.232-2.247	0.468	1003	0.468	1003	0.634	0.468
2.247-2.262	0.488	951	0.488	951	0.577	0.488
2.262-2.278	0.515	923	0.515	923	0.527	0.515
2.278-2.294	0.48	898	0.48	898	0.593	0.48
2.294-2.311	0.457	930	0.457	930	0.627	0.457
2.311-2.328	0.427	968	0.427	968	0.657	0.427
2.328-2.345	0.454	879	0.454	879	0.638	0.454
2.345-2.363	0.475	890	0.475	890	0.654	0.475
2.363-2.381	0.455	926	0.455	926	0.619	0.455
2.381-2.4	0.422	870	0.422	870	0.712	0.422
2.4-2.418	0.455	898	0.455	898	0.677	0.455
2.418-2.438	0.406	933	0.406	933	0.718	0.406
2.438-2.458	0.406	836	0.406	836	0.745	0.406
2.458-2.478	0.414	830	0.414	830	0.758	0.414
2.478-2.499	0.355	900	0.355	900	0.781	0.355
2.499-2.52	0.353	851	0.353	851	0.75	0.353
2.52-2.542	0.378	872	0.378	872	0.763	0.378
2.542-2.565	0.361	800	0.361	800	0.814	0.361
2.565-2.588	0.348	816	0.348	816	0.818	0.348
2.588-2.612	0.355	842	0.355	842	0.805	0.355
2.612-2.636	0.331	820	0.331	820	0.828	0.331
2.636-2.662	0.32	781	0.32	781	0.836	0.32
2.662-2.688	0.355	796	0.355	796	0.827	0.355
2.688-2.714	0.335	826	0.335	826	0.833	0.335
2.714-2.742	0.296	753	0.296	753	0.875	0.296
2.742-2.77	0.3	789	0.3	789	0.881	0.3
2.77-2.799	0.339	773	0.339	773	0.847	0.339
2.799-2.83	0.288	758	0.288	758	0.901	0.288
2.83-2.861	0.27	723	0.27	723	0.907	0.27
2.861-2.893	0.281	765	0.281	765	0.913	0.281
2.893-2.926	0.26	747	0.26	747	0.916	0.26
2.926-2.961	0.234	709	0.234	709	0.948	0.234
2.961-2.997	0.249	722	0.249	722	0.937	0.249
2.997-3.034	0.239	707	0.239	707	0.95	0.239
3.034-3.073	0.248	712	0.248	712	0.941	0.248
3.073-3.113	0.241	674	0.241	674	0.94	0.241
3.113-3.154	0.232	680	0.232	680	0.938	0.232
3.154-3.198	0.246	695	0.246	695	0.944	0.246
3.198-3.243	0.229	675	0.229	675	0.94	0.229
3.243-3.29	0.242	621	0.242	621	0.945	0.242
3.29-3.34	0.232	659	0.232	659	0.95	0.232
3.34-3.391	0.271	616	0.271	616	0.941	0.271
3.391-3.445	0.231	660	0.231	660	0.948	0.231
3.445-3.502	0.221	572	0.221	572	0.956	0.221
3.502-3.562	0.243	637	0.243	637	0.956	0.243
3.562-3.625	0.212	549	0.212	549	0.959	0.212
3.625-3.691	0.216	629	0.216	629	0.955	0.216
3.691-3.761	0.203	569	0.203	569	0.966	0.203
3.761-3.835	0.202	531	0.202	531	0.96	0.202
3.835-3.914	0.211	597	0.211	597	0.963	0.211
3.914-3.998	0.195	503	0.195	503	0.969	0.195
3.998-4.088	0.252	543	0.252	543	0.948	0.252
4.088-4.184	0.219	535	0.219	535	0.96	0.219
4.184-4.286	0.236	490	0.236	490	0.963	0.236
4.286-4.397	0.215	486	0.215	486	0.963	0.215
4.397-4.517	0.228	508	0.228	508	0.958	0.228
4.517-4.648	0.205	437	0.205	437	0.968	0.205
4.648-4.79	0.187	460	0.187	460	0.969	0.187
4.79-4.946	0.189	447	0.189	447	0.962	0.189
4.946-5.119	0.195	416	0.195	416	0.958	0.195
5.119-5.311	0.226	429	0.226	429	0.939	0.226
5.311-5.527	0.275	386	0.275	386	0.93	0.275
5.527-5.771	0.309	400	0.309	400	0.929	0.309
5.771-6.05	0.381	331	0.381	331	0.907	0.381
6.05-6.374	0.352	350	0.352	350	0.875	0.352
6.374-6.757	0.317	319	0.317	319	0.919	0.317
6.757-7.219	0.466	306	0.466	306	0.877	0.466
7.219-7.79	0.415	300	0.415	300	0.853	0.415
7.79-8.522	0.515	251	0.515	251	0.849	0.515
8.522-9.51	0.559	235	0.559	235	0.876	0.559
9.51-10.945	0.628	215	0.628	215	0.884	0.628
10.945-13.319	0.613	179	0.613	179	0.926	0.613
13.319-18.485	0.931	140	0.931	140	0.924	0.931
18.485-68	1.736	80	1.736	80	0.989	1.736

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)