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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dgz | ||||||
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タイトル | Activity optimized complex I (closed form) | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / respiratory / electron transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() Complex I biogenesis / Mitochondrial protein import / RHOG GTPase cycle / cellular response to oxygen levels / mitochondrial large ribosomal subunit binding / Respiratory electron transport / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / : / [2Fe-2S] cluster assembly ...Complex I biogenesis / Mitochondrial protein import / RHOG GTPase cycle / cellular response to oxygen levels / mitochondrial large ribosomal subunit binding / Respiratory electron transport / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / : / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / deoxynucleoside kinase activity / cellular respiration / ubiquinone-6 biosynthetic process / Neutrophil degranulation / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / Mitochondrial protein degradation / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / ubiquinone binding / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP metabolic process / response to cAMP / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / neurogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / fatty acid binding / mitochondrial membrane / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / regulation of protein phosphorylation / mitochondrial intermembrane space / brain development / negative regulation of cell growth / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / fatty acid biosynthetic process / NAD binding / positive regulation of fibroblast proliferation / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
![]() | Jeon, T.J. / Lee, S.G. / Yoo, S.H. / Ryu, J.H. / Kim, D.S. / Hyun, J.K. / Kim, H.M. / Ryu, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Dynamic Substrate Pool Revealed by cryo-EM of a Lipid-Preserved Respiratory Supercomplex. 著者: Tae Jin Jeon / Seong-Gyu Lee / Suk Hyun Yoo / Myeongbin Kim / Dabin Song / Joonghyun Ryu / Hwangseo Park / Deok-Soo Kim / Jaekyung Hyun / Ho Min Kim / Seong Eon Ryu / ![]() 要旨: Mitochondrial respiratory supercomplexes mediate redox electron transfer, generating a proton gradient for ATP synthesis. To provide structural information on the function of supercomplexes in ... Mitochondrial respiratory supercomplexes mediate redox electron transfer, generating a proton gradient for ATP synthesis. To provide structural information on the function of supercomplexes in physiologically relevant conditions, we conducted cryoelectron microscopy studies with supercomplexes in a lipid-preserving state. Here, we present cryoelectron microscopy structures of bovine respiratory supercomplex IIIIIV by using a lipid-preserving sample preparation. The preparation greatly enhances the intercomplex quinone transfer activity. The structures reveal large intercomplex motions that result in different shapes and sizes of the intercomplex space between complexes I and III, forming a dynamic substrate pool. Biochemical and structural analyses indicated that intercomplex phospholipids mediate the intercomplex motions. An analysis of the different classes of focus-refined complex I showed that structural switches due to quinone reduction led to the formation of a novel channel that could transfer reduced quinones to the intercomplex substrate pool. Our results indicate potential mechanism for the facilitated electron transfer involving a dynamic substrate pool and intercomplex movement by which supercomplexes play an active role in the regulation of metabolic flux and reactive oxygen species. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 210.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 314.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 30676MC ![]() 7dgqC ![]() 7dgrC ![]() 7dgsC ![]() 7dh0C ![]() 7dkfC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 2345716
#1: タンパク質 | 分子量: 39274.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P03892, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13058.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P03898, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#3: タンパク質 | 分子量: 52130.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P03910, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#4: タンパク質 | 分子量: 10800.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P03902, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#5: タンパク質 | 分子量: 19082.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P03924, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#41: タンパク質 | 分子量: 35688.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P03887, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#42: タンパク質 | 分子量: 68327.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P03920, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 89F
#6: タンパク質 | 分子量: 48562.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P25708, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#7: タンパク質 | 分子量: 23840.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P04394, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#13: タンパク質 | 分子量: 8451.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 3分子 AWM
#8: タンパク質 | 分子量: 77044.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P15690, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#29: タンパク質 | 分子量: 10119.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 BCDEGHI
#9: タンパク質 | 分子量: 49207.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P17694, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#10: タンパク質 | 分子量: 26464.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P23709, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#11: タンパク質 | 分子量: 20104.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P42026, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#12: タンパク質 | 分子量: 20219.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P42028, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#14: タンパク質 | 分子量: 15361.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 12563.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 10551.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 12種, 12分子 JKLNOPQRSTUV
#17: タンパク質 | 分子量: 8117.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#18: タンパク質 | 分子量: 10966.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 9226.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 13203.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 14952.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | 分子量: 12564.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 19992.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | 分子量: 39174.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 36739.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 14640.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#27: タンパク質 | 分子量: 17115.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 16563.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 XYZabcdfhge
#30: タンパク質 | 分子量: 6978.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#31: タンパク質 | 分子量: 8500.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#32: タンパク質 | 分子量: 11029.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#33: タンパク質 | 分子量: 15075.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 16752.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 15418.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | 分子量: 16297.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 21696.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 14469.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 21000.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 18757.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 ij
#39: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5836.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#40: タンパク質 | 分子量: 14117.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 8種, 21分子 ![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
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![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
#45: 化合物 | ChemComp-3PE / #46: 化合物 | #47: 化合物 | ChemComp-FMN / | #48: 化合物 | ChemComp-SF4 / #49: 化合物 | #50: 化合物 | ChemComp-ZN / | #51: 化合物 | ChemComp-PC1 / #52: 化合物 | ChemComp-NAP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: TISSUE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: supercomplex of electron transport chain complexes / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 146842 / 対称性のタイプ: POINT |