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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7crb | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of plant NLR RPP1 LRR-ID domain in complex with ATR1 | |||||||||
要素 |
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キーワード | PLANT PROTEIN / NADase / ETI / HR | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 effector-mediated modulation of host process by symbiont / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / ADP binding / defense response / host cell cytoplasm / host cell nucleus / signal transduction / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hyaloperonospora arabidopsidis (真核生物) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | |||||||||
データ登録者 | Ma, S.C. / Lapin, D. / Liu, L. / Sun, Y. / Song, W. / Zhang, X.X. / Logemann, E. / Yu, D.L. / Wang, J. / Jirschitzka, J. ...Ma, S.C. / Lapin, D. / Liu, L. / Sun, Y. / Song, W. / Zhang, X.X. / Logemann, E. / Yu, D.L. / Wang, J. / Jirschitzka, J. / Han, Z.F. / SchulzeLefert, P. / Parker, J.E. / Chai, J.J. | |||||||||
資金援助 | 中国, ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Direct pathogen-induced assembly of an NLR immune receptor complex to form a holoenzyme. 著者: Shoucai Ma / Dmitry Lapin / Li Liu / Yue Sun / Wen Song / Xiaoxiao Zhang / Elke Logemann / Dongli Yu / Jia Wang / Jan Jirschitzka / Zhifu Han / Paul Schulze-Lefert / Jane E Parker / Jijie Chai / 要旨: Direct or indirect recognition of pathogen-derived effectors by plant nucleotide-binding leucine-rich repeat (LRR) receptors (NLRs) initiates innate immune responses. The effector ATR1 activates the ...Direct or indirect recognition of pathogen-derived effectors by plant nucleotide-binding leucine-rich repeat (LRR) receptors (NLRs) initiates innate immune responses. The effector ATR1 activates the N-terminal Toll-interleukin-1 receptor (TIR) domain of NLR RPP1. We report a cryo-electron microscopy structure of RPP1 bound by ATR1. The structure reveals a C-terminal jelly roll/Ig-like domain (C-JID) for specific ATR1 recognition. Biochemical and functional analyses show that ATR1 binds to the C-JID and the LRRs to induce an RPP1 tetrameric assembly required for nicotinamide adenine dinucleotide hydrolase (NADase) activity. RPP1 tetramerization creates two potential active sites, each formed by an asymmetric TIR homodimer. Our data define the mechanism of direct effector recognition by a plant NLR leading to formation of a signaling-active holoenzyme. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7crb.cif.gz | 174.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7crb.ent.gz | 128.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7crb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7crb_validation.pdf.gz | 664.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7crb_full_validation.pdf.gz | 672.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7crb_validation.xml.gz | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7crb_validation.cif.gz | 43.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/7crb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/7crb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35149.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hyaloperonospora arabidopsidis (strain Emoy2) (真核生物) 遺伝子: ATR1, ATR1-NdWsB 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: M4B6G6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 139009.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9ZSN5 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 23.542 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 222015 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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