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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b1d | ||||||
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タイトル | Cryo-EM of Aedes Aegypti Toll5A | ||||||
要素 | Toll-like receptor | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Mosquito vector biology / Toll receptor / LRR / Cystine knot domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 toll-like receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / innate immune response / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aedes aegypti (ネッタイシマカ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | ||||||
データ登録者 | Gangloff, M. / Hardwick, S.W. / Chirgadze, D.Y. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure and dynamics of Toll immunoreceptor activation in the mosquito Aedes aegypti. 著者: Yoann Saucereau / Thomas H Wilson / Matthew C K Tang / Martin C Moncrieffe / Steven W Hardwick / Dimitri Y Chirgadze / Sandro G Soares / Maria Jose Marcaida / Nicholas J Gay / Monique Gangloff / 要旨: Aedes aegypti has evolved to become an efficient vector for arboviruses but the mechanisms of host-pathogen tolerance are unknown. Immunoreceptor Toll and its ligand Spaetzle have undergone ...Aedes aegypti has evolved to become an efficient vector for arboviruses but the mechanisms of host-pathogen tolerance are unknown. Immunoreceptor Toll and its ligand Spaetzle have undergone duplication which may allow neofunctionalization and adaptation. Here we present cryo-EM structures and biophysical characterisation of low affinity Toll5A complexes that display transient but specific interactions with Spaetzle1C, forming asymmetric complexes, with only one ligand clearly resolved. Loop structures of Spaetzle1C and Toll5A intercalate, temporarily bridging the receptor C-termini to promote signalling. By contrast unbound receptors form head-to-head homodimers that keep the juxtamembrane regions far apart in an inactive conformation. Interestingly the transcriptional signature of Spaetzle1C differs from other Spaetzle cytokines and controls genes involved in innate immunity, metabolism and tissue regeneration. Taken together our results explain how upregulation of Spaetzle1C in the midgut and Toll5A in the salivary gland shape the concomitant immune response. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b1d.cif.gz | 261.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b1d.ent.gz | 202.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b1d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7b1d_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7b1d_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7b1d_validation.xml.gz | 57.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7b1d_validation.cif.gz | 86 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/7b1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/7b1d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 11984MC 7b1bC 7b1cC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 87675.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ) 遺伝子: 5569408 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: A0A6I8TEX2 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Toll5A-Spz1C complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 230 kDa/nm / 実験値: YES | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotting force 0 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 51.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 507268 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85810 / Refinement type: OTHER / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 164.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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