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- PDB-7b0n: A 3.7-angstrom structure of Yarrowia lipolytica complex I with an... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7b0n
タイトルA 3.7-angstrom structure of Yarrowia lipolytica complex I with an R121M mutation in NUCM.
要素
  • (Acyl carrier ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase ...) x 2
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 6
  • Complex I-B14.7
  • Epimerase domain-containing protein
  • GRIM-19
  • NUCM protein
  • NUGM protein
  • Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUVM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • subunit NEBM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I) [Yarrowia lipolytica]
  • subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • subunit NUNM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • zf-CHCC domain-containing protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / NADH:Ubiquinone Oxidoreductase / complex I
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH dehydrogenase / ubiquinone-6 biosynthetic process / respiratory chain complex I / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH dehydrogenase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / ubiquinone binding ...NADH dehydrogenase / ubiquinone-6 biosynthetic process / respiratory chain complex I / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH dehydrogenase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / ubiquinone binding / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity / quinone binding / : / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / protein-containing complex binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), 21kDa subunit, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / : / Soluble ligand binding domain / SLBB domain ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), 21kDa subunit, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / : / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / GRIM-19 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NDUFB9, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / ETC complex I subunit conserved region / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Complex 1 LYR protein domain / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / Complex 1 protein (LYR family) / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / CHCH / CHCH domain / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NuoE domain / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Complex 1 LYR protein domain-containing protein / Uncharacterized protein ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Complex 1 LYR protein domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Uncharacterized protein / Acyl carrier protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein / Uncharacterized protein / Thioredoxin-like protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Acyl carrier protein / Uncharacterized protein / Zinc finger CHCC-type domain-containing protein / NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase / ETC complex I subunit conserved region-domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NUWM protein / NUVM protein / Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / Subunit NUHM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase / NUGM protein / NUCM protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NUAM protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Hirst, J. / Grba, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105663141 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 英国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021
タイトル: A conserved arginine residue is critical for stabilizing the N2 FeS cluster in mitochondrial complex I.
著者: Mikhail A Hameedi / Daniel N Grba / Katherine H Richardson / Andrew J Y Jones / Wei Song / Maxie M Roessler / John J Wright / Judy Hirst /
要旨: Respiratory complex I (NADH:ubiquinone oxidoreductase), the first enzyme of the electron-transport chain, captures the free energy released by NADH oxidation and ubiquinone reduction to translocate ...Respiratory complex I (NADH:ubiquinone oxidoreductase), the first enzyme of the electron-transport chain, captures the free energy released by NADH oxidation and ubiquinone reduction to translocate protons across an energy-transducing membrane and drive ATP synthesis during oxidative phosphorylation. The cofactor that transfers the electrons directly to ubiquinone is an iron-sulfur cluster (N2) located in the NDUFS2/NUCM subunit. A nearby arginine residue (R121), which forms part of the second coordination sphere of the N2 cluster, is known to be posttranslationally dimethylated but its functional and structural significance are not known. Here, we show that mutations of this arginine residue (R121M/K) abolish the quinone-reductase activity, concomitant with disappearance of the N2 signature from the electron paramagnetic resonance (EPR) spectrum. Analysis of the cryo-EM structure of NDUFS2-R121M complex I at 3.7 Å resolution identified the absence of the cubane N2 cluster as the cause of the dysfunction, within an otherwise intact enzyme. The mutation further induced localized disorder in nearby elements of the quinone-binding site, consistent with the close connections between the cluster and substrate-binding regions. Our results demonstrate that R121 is required for the formation and/or stability of the N2 cluster and highlight the importance of structural analyses for mechanistic interpretation of biochemical and spectroscopic data on complex I variants.
履歴
登録2020年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年6月2日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12021年7月21日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 3.02022年12月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / em_entity_assembly / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11969
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
B: Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
C: NUGM protein
D: NUCM protein
E: Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
F: Subunit NUBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
G: Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
I: Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
K: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N: NADH dehydrogenase subunit 2
O: Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
P: Epimerase domain-containing protein
Q: Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
R: zf-CHCC domain-containing protein
S: Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
T: Acyl carrier protein
U: Acyl carrier protein
V: Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
W: Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
X: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
Y: Complex I-B14.7
Z: GRIM-19
a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
b: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
c: Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
d: subunit NEBM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I) [Yarrowia lipolytica]
e: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
f: Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
g: Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
h: subunit NUNM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
i: Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
j: Subunit NUVM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
k: Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
l: Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
m: Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
n: Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
o: Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
p: Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)990,18780
ポリマ－963,83742
非ポリマー26,35038
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 6種, 6分子 AHJKLM

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3


分子量: 14506.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad3, YALI1_M00472r / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5TMS4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 38389.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ligands (PLC)(3PE)(3PE) are not in the polypeptide sequence (FME) is at the start of the polypeptide sequence
由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad1, YALI1_M00064g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U3V2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#10: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6


分子量: 20793.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: (FME) is in the polypeptide sequence / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad6, YALI1_M00056g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U3X7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#11: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L


分子量: 9843.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: (FME) is in the polypeptide sequence / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad4L, YALI1_M00335g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U4U1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5


分子量: 73768.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ligands (PLC)(3PE)(3PE)(3PE)(3PE) are not in the polypeptide sequence (FME) is in the polypeptide sequence
由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad5, YALI1_M00338r / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5TF58, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 54534.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ligands (CDL)(PLC)(PLC)(3PE)(LMT)(3PE) are not in the polypeptide sequence (FME) is in the polypeptide sequence
由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad4, YALI1_M00296g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5TMP9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
タンパク質 , 32種, 32分子 BCDEFGIOPQRSVWXYZbcdefghijklmnop

#2: タンパク質 Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 23455.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nukm, YALI1_F09003g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUT7, NADH dehydrogenase
#3: タンパク質 NUGM protein


分子量: 33644.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nugm, B0I71DRAFT_126141 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUU0, NADH dehydrogenase
#4: タンパク質 NUCM protein


分子量: 52468.906 Da / 分子数: 1 / Mutation: R121M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nucm, B0I71DRAFT_131656, YALI1_F22993g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUU1, NADH dehydrogenase
#5: タンパク質 Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 27247.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nuhm / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUT9, NADH dehydrogenase
#6: タンパク質 Subunit NUBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 53829.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nubm, NUO51, YALI1_B26679g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUU2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#7: タンパク質 Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 79088.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nuam, YALI1_D07089g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUU3, NADH dehydrogenase
#9: タンパク質 Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I) / Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase


分子量: 21890.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ligands (SF4)(SF4) are not in the polypeptide sequence
由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nuim, B0I71DRAFT_132693, YALI1_F01456g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUT8, NADH dehydrogenase
#15: タンパク質 Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 18588.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: (CDL) is not in the polypeptide sequence / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_E33570g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NKB4
#16: タンパク質 Epimerase domain-containing protein


分子量: 40488.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: (NDP) is not in the polypeptide chain / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_137087 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371BY45
#17: タンパク質 Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 18656.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_B19507g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N7X0
#18: タンパク質 zf-CHCC domain-containing protein


分子量: 13133.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: (ZN) is not in the polypeptide chain / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_130567, YALI1_D24109g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6Q8Z5
#19: タンパク質 Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9621.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_C04281g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PJS3
#22: タンパク質 Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 16657.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_119420, BD777DRAFT_112063 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371C5F3
#23: タンパク質 Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 14778.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_A01824g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N3C8
#24: タンパク質 Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 19355.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_134276 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371C2D0
#25: タンパク質 Complex I-B14.7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.7


分子量: 18966.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: (LMT) is not in the polypeptide chain / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_129038 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371CB65
#26: タンパク質 GRIM-19


分子量: 13981.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ligands (CDL)(3PE) are not in the polypeptide chain / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_132113, YALI1_E34222g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PPE5
#28: タンパク質 subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 8992.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ligands (CDL)(3PE)(3PE) are not in the polypeptide chain
由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_131413, YALI1_E28107g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NJR0
#29: タンパク質 Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 19772.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_129288, YALI1_A03153g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N3H5
#30: タンパク質 subunit NEBM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I) [Yarrowia lipolytica]


分子量: 7928.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_E00527g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NGI5
#31: タンパク質 Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 10035.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_F24343g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NNZ0
#32: タンパク質 Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 16175.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_100046, YALI1_B00908g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N5V2
#33: タンパク質 Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 28479.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nuwm, B0I71DRAFT_98177, YALI1_E34367g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q6ZY23, NADH dehydrogenase
#34: タンパク質 subunit NUNM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 15818.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_126580 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371CFV9
#35: タンパク質 Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9793.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_133979, YALI1_D22691g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6Q311
#36: タンパク質 Subunit NUVM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 7807.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_129560, YALI1_D30003g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NFX6
#37: タンパク質 Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 6948.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_135324 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371C0F2
#38: タンパク質 Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 17328.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_129122, YALI1_D06302g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8ND94
#39: タンパク質 Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 10494.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nuvm, YALI1_F09017g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q6ZY24, NADH dehydrogenase
#40: タンパク質 Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 12902.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_D09203g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NDL1
#41: タンパク質 Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 11219.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_E37603g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PKH9
#42: タンパク質 Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 11039.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_A18188g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N596

-
NADH dehydrogenase ... , 2種, 2分子 Na

#14: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 53381.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ligands (PLC)(PLC)(3PE) are not in the polypeptide sequence (FME) is in the polypeptide sequence
由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad2, YALI1_M00458g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U4R9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1


分子量: 9675.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand (CDL) is not in the polypeptide chain / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_173710, YALI1_C30086g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NC63

-
Acyl carrier ... , 2種, 2分子 TU

#20: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 8821.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: (EHZ) is not in the polypeptide chain / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_165126, YALI1_D18037g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PXT9
#21: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 9533.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: (EHZ) is not in the polypeptide chain / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_D32594g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NG21

-
糖 , 1種, 2分子

#52: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 9種, 36分子

#43: 化合物
ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM
#44: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#45: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#46: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#47: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#48: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#49: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#50: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#51: 化合物 ChemComp-EHZ / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate


分子量: 584.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O9PS

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yarrowia lipolytica mitochondrial complex I (NADH:Ubiquinone oxidoreductase) with NUCM R121M mutation
タイプ: COMPLEX
Entity ID: #1, #10-#11, #15-#19, #2, #20-#29, #3, #30-#39, #4, #40-#42, #5-#9
由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
由来(組換発現)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: GB10
緩衝液pH: 7.45
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: PEG-thiol treated / グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / Calibrated defocus min: -1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: -2700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2241
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION3.1CTF補正
5GctfCTF補正
8UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
14PHENIX1.16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 110787 / 詳細: Post manual curation of Relion auto-pick
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21013 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6YJ4

6yj4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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