PDB-7asd: Structure of native royal jelly filaments

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7asd

タイトル

Structure of native royal jelly filaments

要素

Apisimin
Major royal jelly protein 1

キーワード

PROTEIN FIBRIL / protein filament / lipoprotein / glycosylation / royal jelly / major royal jelly protein / honeybee

機能・相同性

機能・相同性情報

caste determination, influence by environmental factors / defense response to fungus / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Mattei, S. / Ban, A. / Picenoni, A. / Leibundgut, M. / Glockshuber, R. / Boehringer, D.

資金援助

European Union, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of native glycolipoprotein filaments in honeybee royal jelly.
著者: Simone Mattei / Arvid Ban / Armin Picenoni / Marc Leibundgut / Rudi Glockshuber / Daniel Boehringer /

要旨: Royal jelly (RJ) is produced by honeybees (Apis mellifera) as nutrition during larval development. The high viscosity of RJ originates from high concentrations of long lipoprotein filaments that ...

履歴

登録	2020年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

ムービー	生物学的単位 - author_defined_assembly Jmolによる作画ダウンロード登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-11892 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-11892 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

ムービー

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マップデータ: EMDB-11892
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分子:

Molmil

Jmol/JSmol

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PDBx/mmJSON形式	7asd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7asd_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7asd_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	7asd_validation.xml.gz	108.4 KB	表示
CIF形式データ	7asd_validation.cif.gz	154.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/7asd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/7asd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	11892MC 11898C 5yyl M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1c2o-d 5yyl-1 5j3x-d 3o4h-d 4re6-d 3eua-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

AA: Major royal jelly protein 1

AB: Apisimin

BA: Major royal jelly protein 1

BB: Apisimin

CA: Major royal jelly protein 1

CB: Apisimin

DA: Major royal jelly protein 1

DB: Apisimin

EA: Major royal jelly protein 1

EB: Apisimin

FA: Major royal jelly protein 1

FB: Apisimin

GA: Major royal jelly protein 1

GB: Apisimin

HA: Major royal jelly protein 1

HB: Apisimin

ヘテロ分子

472 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AA: Major royal jelly protein 1

AB: Apisimin

BA: Major royal jelly protein 1

BB: Apisimin

CA: Major royal jelly protein 1

CB: Apisimin

DA: Major royal jelly protein 1

DB: Apisimin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: microscopy, Cryo-electron tomography, cryo-electron imaging and reconstruction.
236 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

EA: Major royal jelly protein 1

EB: Apisimin

FA: Major royal jelly protein 1

FB: Apisimin

GA: Major royal jelly protein 1

GB: Apisimin

HA: Major royal jelly protein 1

HB: Apisimin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
236 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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タンパク質 , 2種, 16分子 AABACADAEAFAGAHAABBBCBDBEBFBGBHB

#1: タンパク質	Major royal jelly protein 1 / MRJP1 / 56-kDa protein 4 / p56kP-4 / Apalbumin 1 / Apisin subunit MRJP1 / Bee-milk protein / Royalactin 分子量: 48934.898 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: O18330
#2: タンパク質	Apisimin / Apisin subunit Apisimin / Royal jelly protein RJP54 分子量: 7949.325 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / Plasmid details: royal jelly / 参照: UniProt: Q8ISL8

-
糖 , 3種, 24分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 24分子

#5: 化合物	ChemComp-94R / (3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol / 24-methylenecholesterol / 24-メチレンコレステロ-ル分子量: 398.664 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₆O
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: native royal jelly filaments / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
緩衝液	pH: 4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 119050 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影	平均露光時間: 1.7 sec. / 電子線照射量: 82 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	SerialEM		画像取得
4	Gctf		CTF補正
9	RELION		初期オイラー角割当
10	RELION		最終オイラー角割当
12	RELION	3	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: 64 ° / 軸方向距離/サブユニット: 54 Å / らせん対称軸の対称性: D2

3次元再構成

解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 240483 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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