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- PDB-6yp7: PSII-LHCII C2S2 supercomplex from Pisum sativum grown in high lig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yp7
タイトルPSII-LHCII C2S2 supercomplex from Pisum sativum grown in high light conditions
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 13
  • Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
  • Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
  • Ultraviolet-B-repressible protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Cryo-EM / photosystem II / High Light
機能・相同性
機能・相同性情報


photoinhibition / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...photoinhibition / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / response to herbicide / photosystem II / poly(U) RNA binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ ...Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Chem-XAT / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein J / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein T / Ultraviolet-B-repressible protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (マメ科)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Grinzato, A. / Albanese, P. / Zanotti, G. / Pagliano, C.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: High-Light versus Low-Light: Effects on Paired Photosystem II Supercomplex Structural Rearrangement in Pea Plants.
著者: Alessandro Grinzato / Pascal Albanese / Roberto Marotta / Paolo Swuec / Guido Saracco / Martino Bolognesi / Giuseppe Zanotti / Cristina Pagliano /
要旨: In plant thylakoid membranes Photosystem II (PSII) associates with a variable number of antenna proteins (LHCII) to form different types of supercomplexes (PSII-LHCII), whose organization is ...In plant thylakoid membranes Photosystem II (PSII) associates with a variable number of antenna proteins (LHCII) to form different types of supercomplexes (PSII-LHCII), whose organization is dynamically adjusted in response to light cues, with the CS more abundant in high-light and the CSM in low-light. Paired PSII-LHCII supercomplexes interacting at their stromal surface from adjacent thylakoid membranes were previously suggested to mediate stacking. Here, we present the cryo-electron microscopy maps of paired CS and CSM supercomplexes isolated from pea plants grown in high-light and low-light, respectively. These maps show a different rotational offset between the two supercomplexes in the pair, responsible for modifying their reciprocal interaction and energetic connectivity. This evidence reveals a different way by which paired PSII-LHCII supercomplexes can mediate stacking at diverse irradiances. Electrostatic stromal interactions between LHCII trimers almost completely overlapping in the paired CS can be the main determinant by which PSII-LHCII supercomplexes mediate stacking in plants grown in high-light, whereas the mutual interaction of stromal N-terminal loops of two facing Lhcb4 subunits in the paired CSM can fulfil this task in plants grown in low-light. The high-light induced accumulation of the Lhcb4.3 protein in PSII-LHCII supercomplexes has been previously reported. Our cryo-electron microscopy map at 3.8 Å resolution of the CS supercomplex isolated from plants grown in high-light suggests the presence of the Lhcb4.3 protein revealing peculiar structural features of this high-light-specific antenna important for photoprotection.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 2.12025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 2.22025年10月1日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_admin / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...em_admin / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年10月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

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  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10865
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
g: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
n: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
y: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
G: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
N: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
Y: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
t: Photosystem II reaction center protein T
w: Photosystem II reaction center protein W
x: Ultraviolet-B-repressible protein
z: Photosystem II reaction center protein Z
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
T: Photosystem II reaction center protein T
W: Photosystem II reaction center protein W
X: Ultraviolet-B-repressible protein
Z: Photosystem II reaction center protein Z
r: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb4.3
s: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb5, CP26
S: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb5, CP26
R: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb4.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,027,857369
ポリマ－768,18344
非ポリマー259,674325
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 gnyGNYoO

#1: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic / LHCII type I CAB-8


分子量: 23573.473 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: CAB8, LHCB1 / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: P27490
#14: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / OEE1 / 33 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 33 kDa thylakoid membrane ...OEE1 / 33 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 33 kDa thylakoid membrane protein / OEC 33 kDa subunit


分子量: 26554.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: PSBO / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: P14226

-
Photosystem II ... , 13種, 26分子 aAbBcCdDhHiIjJkKlLmMtTwWzZ

#2: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / 32 kDa thylakoid membrane protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 36972.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbA, pgiI / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: P06585, photosystem II
#3: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 55659.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbB / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: Q9XQR6
#4: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Photosystem II 44 kDa chlorophyll apoprotein / Protein CP-43


分子量: 49275.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbC / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: P06004
#5: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 38220.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbD / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: P06006, photosystem II
#8: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II 9 kDa phosphoprotein


分子量: 6455.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbH / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: Q9XQR3
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 3926.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbI / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: D5MAJ9
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 3598.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbJ / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: P13555
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4287.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbK / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: D5MAJ8
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4366.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbL / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: P60147
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3641.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbM / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: P69529
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3692.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbT / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: Q8HS25
#16: タンパク質 Photosystem II reaction center protein W / Photosystem II reaction center protein W / PSBW


分子量: 5914.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ2
#18: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6555.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbZ, ycf9 / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: Q32902

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Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 eEfF

#6: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 8624.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbE / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: P13554
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 3396.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: psbF / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: P62096

-
Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein ... , 2種, 4分子 rRsS

#19: タンパク質 Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb4.3


分子量: 24460.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科)
#20: タンパク質 Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb5, CP26


分子量: 23839.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ1*PLUS

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 12分子 xX

#17: タンパク質・ペプチド Ultraviolet-B-repressible protein


分子量: 3929.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 発現宿主: Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: Q8VYY1
#35: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 16種, 315分子

#21: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#22: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#23: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#24: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#25: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#26: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#28: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#29: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#30: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#31: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#32: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#33: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#34: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#36: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#37: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSII-LHCII C2S2 supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pisum sativum (マメ科)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1140GATAN K2 BASE (4k x 4k)
2140GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27942 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01374954
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.367104082
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.86137590
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0639554
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00512585

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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