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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yp7 | ||||||
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タイトル | PSII-LHCII C2S2 supercomplex from Pisum sativum grown in high light conditions | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Cryo-EM / photosystem II / High Light | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / photosystem I ...plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / photosystem I / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pisum sativum (エンドウ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Grinzato, A. / Albanese, P. / Zanotti, G. / Pagliano, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020 タイトル: High-Light versus Low-Light: Effects on Paired Photosystem II Supercomplex Structural Rearrangement in Pea Plants. 著者: Alessandro Grinzato / Pascal Albanese / Roberto Marotta / Paolo Swuec / Guido Saracco / Martino Bolognesi / Giuseppe Zanotti / Cristina Pagliano / 要旨: In plant thylakoid membranes Photosystem II (PSII) associates with a variable number of antenna proteins (LHCII) to form different types of supercomplexes (PSII-LHCII), whose organization is ...In plant thylakoid membranes Photosystem II (PSII) associates with a variable number of antenna proteins (LHCII) to form different types of supercomplexes (PSII-LHCII), whose organization is dynamically adjusted in response to light cues, with the CS more abundant in high-light and the CSM in low-light. Paired PSII-LHCII supercomplexes interacting at their stromal surface from adjacent thylakoid membranes were previously suggested to mediate stacking. Here, we present the cryo-electron microscopy maps of paired CS and CSM supercomplexes isolated from pea plants grown in high-light and low-light, respectively. These maps show a different rotational offset between the two supercomplexes in the pair, responsible for modifying their reciprocal interaction and energetic connectivity. This evidence reveals a different way by which paired PSII-LHCII supercomplexes can mediate stacking at diverse irradiances. Electrostatic stromal interactions between LHCII trimers almost completely overlapping in the paired CS can be the main determinant by which PSII-LHCII supercomplexes mediate stacking in plants grown in high-light, whereas the mutual interaction of stromal N-terminal loops of two facing Lhcb4 subunits in the paired CSM can fulfil this task in plants grown in low-light. The high-light induced accumulation of the Lhcb4.3 protein in PSII-LHCII supercomplexes has been previously reported. Our cryo-electron microscopy map at 3.8 Å resolution of the CS supercomplex isolated from plants grown in high-light suggests the presence of the Lhcb4.3 protein revealing peculiar structural features of this high-light-specific antenna important for photoprotection. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yp7.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yp7.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yp7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yp7_validation.pdf.gz | 13.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6yp7_full_validation.pdf.gz | 14.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6yp7_validation.xml.gz | 353.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yp7_validation.cif.gz | 412.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/6yp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/6yp7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 gnyGNYoO
#1: タンパク質 | 分子量: 23573.473 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: CAB8, LHCB1 / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P27490 #14: タンパク質 | 分子量: 26554.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: PSBO / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P14226 |
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-Photosystem II ... , 13種, 26分子 aAbBcCdDhHiIjJkKlLmMtTwWzZ
#2: タンパク質 | 分子量: 36972.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbA, pgiI / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P06585, photosystem II #3: タンパク質 | 分子量: 55659.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbB / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9XQR6 #4: タンパク質 | 分子量: 49275.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbC / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P06004 #5: タンパク質 | 分子量: 38220.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbD / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P06006, photosystem II #8: タンパク質 | 分子量: 6455.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbH / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9XQR3 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3926.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbI / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAJ9 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3598.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbJ / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P13555 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4287.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbK / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAJ8 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4366.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbL / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P60147 #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3641.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbM / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P69529 #15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3692.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbT / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q8HS25 #16: タンパク質 | 分子量: 5914.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ2 #18: タンパク質 | 分子量: 6555.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbZ, ycf9 / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q32902 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 eEfF
#6: タンパク質 | 分子量: 8624.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbE / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P13554 #7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3396.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psbF / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P62096 |
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-Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein ... , 2種, 4分子 rRsS
#19: タンパク質 | 分子量: 24460.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) #20: タンパク質 | 分子量: 23839.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ1*PLUS |
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-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 12分子 xX
#17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3929.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q8VYY1 #35: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 16種, 315分子
#21: 化合物 | ChemComp-CHL / #22: 化合物 | ChemComp-CLA / #23: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #24: 化合物 | ChemComp-XAT / ( #25: 化合物 | ChemComp-NEX / ( #26: 化合物 | ChemComp-LHG / #27: 化合物 | #28: 化合物 | #29: 化合物 | ChemComp-CL / #30: 化合物 | ChemComp-PHO / #31: 化合物 | ChemComp-BCR / #32: 化合物 | ChemComp-PL9 / #33: 化合物 | ChemComp-SQD / #34: 化合物 | #36: 化合物 | ChemComp-LMG / #37: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PSII-LHCII C2S2 supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Pisum sativum (エンドウ) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | ||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | ||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD | ||||||||||||
撮影 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27942 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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