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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x68 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of piggyBac transposase synaptic complex with hairpin DNA (SNHP) | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / piggyBac / synaptic complex / hairpin DNA / transposase / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | PiggyBac transposable element-derived protein / Transposase IS4 / DNA / DNA (> 10) / Transposase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Q. / Hickman, A.B. / Dyda, F. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural basis of seamless excision and specific targeting by piggyBac transposase. 著者: Qiujia Chen / Wentian Luo / Ruth Ann Veach / Alison B Hickman / Matthew H Wilson / Fred Dyda / 要旨: The piggyBac DNA transposon is used widely in genome engineering applications. Unlike other transposons, its excision site can be precisely repaired without leaving footprints and it integrates ...The piggyBac DNA transposon is used widely in genome engineering applications. Unlike other transposons, its excision site can be precisely repaired without leaving footprints and it integrates specifically at TTAA tetranucleotides. We present cryo-EM structures of piggyBac transpososomes: a synaptic complex with hairpin DNA intermediates and a strand transfer complex capturing the integration step. The results show that the excised TTAA hairpin intermediate and the TTAA target adopt essentially identical conformations, providing a mechanistic link connecting the two unique properties of piggyBac. The transposase forms an asymmetric dimer in which the two central domains synapse the ends while two C-terminal domains form a separate dimer that contacts only one transposon end. In the strand transfer structure, target DNA is severely bent and the TTAA target is unpaired. In-cell data suggest that asymmetry promotes synaptic complex formation, and modifying ends with additional transposase binding sites stimulates activity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6x68.cif.gz | 271.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6x68.ent.gz | 209.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6x68.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6x68_validation.pdf.gz | 870.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6x68_full_validation.pdf.gz | 880.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6x68_validation.xml.gz | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6x68_validation.cif.gz | 50.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x68 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68012.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 細胞株 (発現宿主): EXPI293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q283G1 #2: DNA鎖 | 分子量: 22813.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: piggyBac transposase complex with hairpin DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: EXPI293F | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: METHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 73.7 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2623168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35960 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 109 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |