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万見
- PDB-6u88: CBD-bound full-length rat TRPV2 in nanodiscs, state 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u88
タイトルCBD-bound full-length rat TRPV2 in nanodiscs, state 2
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channel / TRPV2 / TRP channel / cannabidiol
機能・相同性
機能・相同性情報


growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / endomembrane system / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity ...growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / endomembrane system / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity / melanosome / lamellipodium / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / negative regulation of cell population proliferation / axon / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
cannabidiol / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pumroy, R.A. / Moiseenkova-Bell, V.Y.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM103899 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM129357 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01NS055159 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM093290 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Molecular mechanism of TRPV2 channel modulation by cannabidiol.
著者: Ruth A Pumroy / Amrita Samanta / Yuhang Liu / Taylor Et Hughes / Siyuan Zhao / Yevgen Yudin / Tibor Rohacs / Seungil Han / Vera Y Moiseenkova-Bell /
要旨: Transient receptor potential vanilloid 2 (TRPV2) plays a critical role in neuronal development, cardiac function, immunity, and cancer. Cannabidiol (CBD), the non-psychotropic therapeutically active ...Transient receptor potential vanilloid 2 (TRPV2) plays a critical role in neuronal development, cardiac function, immunity, and cancer. Cannabidiol (CBD), the non-psychotropic therapeutically active ingredient of , is an activator of TRPV2 and also modulates other transient receptor potential (TRP) channels. Here, we determined structures of the full-length rat TRPV2 channel in apo and CBD-bound states in nanodiscs by cryo-electron microscopy. We show that CBD interacts with TRPV2 through a hydrophobic pocket located between S5 and S6 helices of adjacent subunits, which differs from known ligand and lipid binding sites in other TRP channels. CBD-bound TRPV2 structures revealed that the S4-S5 linker plays a critical role in channel gating upon CBD binding. Additionally, nanodiscs permitted us to visualize two distinct TRPV2 apo states in a lipid environment. Together these results provide a foundation to further understand TRPV channel gating, their divergent physiological functions, and to accelerate structure-based drug design.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20682
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,4538
ポリマ－347,1964
非ポリマー1,2584
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area24020 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area102630 Å2

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 / TrpV2 / Osm-9-like TRP channel 2 / OTRPC2 / Stretch-activated channel 2B / Vanilloid receptor-like ...TrpV2 / Osm-9-like TRP channel 2 / OTRPC2 / Stretch-activated channel 2B / Vanilloid receptor-like protein 1 / VRL-1


分子量: 86798.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Trpv2, Sac2b, Vrl1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9WUD2
#2: 化合物
ChemComp-P0T / cannabidiol / (1'R,2'R)-5'-methyl-4-pentyl-2'-(prop-1-en-2-yl)-1',2',3',4'-tetrahydro[1,1'-biphenyl]-2,6-diol / カンナビジオ-ル


分子量: 314.462 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homotetramer of rat TRPV2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36153 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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