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万見
- PDB-6s2o: Granulovirus occlusion bodies by serial electron diffraction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s2o
タイトルGranulovirus occlusion bodies by serial electron diffraction
要素Granulin
キーワードVIRAL PROTEIN / granulovirus / occlusion body / serial crystallography
機能・相同性Polyhedrin / Polyhedrin / viral occlusion body / structural molecule activity / Granulin
機能・相同性情報
生物種Cydia pomonella granulosis virus (ウイルス)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Buecker, R. / Mehrabi, P. / Schulz, E.C. / Hogan-Lamarre, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Serial protein crystallography in an electron microscope.
著者: Robert Bücker / Pascal Hogan-Lamarre / Pedram Mehrabi / Eike C Schulz / Lindsey A Bultema / Yaroslav Gevorkov / Wolfgang Brehm / Oleksandr Yefanov / Dominik Oberthür / Günther H Kassier / R J Dwayne Miller /
要旨: Serial X-ray crystallography at free-electron lasers allows to solve biomolecular structures from sub-micron-sized crystals. However, beam time at these facilities is scarce, and involved sample ...Serial X-ray crystallography at free-electron lasers allows to solve biomolecular structures from sub-micron-sized crystals. However, beam time at these facilities is scarce, and involved sample delivery techniques are required. On the other hand, rotation electron diffraction (MicroED) has shown great potential as an alternative means for protein nano-crystallography. Here, we present a method for serial electron diffraction of protein nanocrystals combining the benefits of both approaches. In a scanning transmission electron microscope, crystals randomly dispersed on a sample grid are automatically mapped, and a diffraction pattern at fixed orientation is recorded from each at a high acquisition rate. Dose fractionation ensures minimal radiation damage effects. We demonstrate the method by solving the structure of granulovirus occlusion bodies and lysozyme to resolutions of 1.55 Å and 1.80 Å, respectively. Our method promises to provide rapid structure determination for many classes of materials with minimal sample consumption, using readily available instrumentation.
履歴
登録2019年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_and_software_defined_assembly
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  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-10091
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3791
ポリマ－29,3791
非ポリマー00
水1,62190
1
A: Granulin
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,54312
ポリマ－352,54312
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area74910 Å2
ΔGint-442 kcal/mol
Surface area126610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.200, 103.200, 103.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223

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要素

#1: タンパク質 Granulin / Matrix protein


分子量: 29378.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cydia pomonella granulosis virus (isolate Mexico/1963) (ウイルス)
株: isolate Mexico/1963
発現宿主: Cydia pomonella granulosis virus (isolate Mexican) (ウイルス)
参照: UniProt: P87577
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Cydia pomonella granulosis virus (isolate Mexican) / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Cydia pomonella granulosis virus (isolate Mexican) (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DIFFRACTION / C2レンズ絞り径: 5 µm / アライメント法: OTHER
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 93 K
撮影平均露光時間: 0.01 sec. / 電子線照射量: 4.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER / Num. of diffraction images: 32000 / 撮影したグリッド数: 1
画像スキャンサンプリングサイズ: 50 µm / 横: 1536 / 縦: 512
EM回折カメラ長: 2580 mm / Tilt angle list: 0
EM回折 シェル解像度: 10→1.55 Å / フーリエ空間範囲: 1 % / 多重度: 1 / 構造因子数: 1 / 位相残差: 1 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 100 % / 再高解像度: 1.6 Å / 測定した強度の数: 9650574 / 構造因子数: 23422 / 位相誤差: 13.64 ° / 位相残差: 1 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.093 / Rsym: 0.093
反射Biso Wilson estimate: 16.07 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.17_3644精密化
PHENIX1.17_3644精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
6Coot0.8.9.2モデルフィッティング
8PHENIX1.17分子置換
12Coot３次元再構成
13PHENIX1.17モデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 103.2 Å / B: 103.2 Å / C: 103.2 Å / 空間群名: I23 / 空間群番号: 197
CTF補正詳細: Data reduction and structure solution using X-ray crystallography codes (CrystFEL, Phaser, cctbx.xfel, Coot)
タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 1.6 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築PDB-ID: 5G0Z

5g0z


PDB chain-ID: A / Pdb chain residue range: 6-248
精密化解像度: 1.55→72.97 Å / SU ML: 0.1976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.1215
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1965 1297 4.87 %
Rwork0.1705 25338 -
obs0.1718 26635 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.29 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.01162099
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d1.13132854
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.0767300
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.0072373
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d6.1208278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.610.36011610.32422770ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.59
1.61-1.690.30841380.28442783ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.97
1.69-1.770.28321340.23652800ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY100
1.77-1.890.2741630.21342770ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY100
1.89-2.030.20511740.17542790ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY100
2.03-2.240.22061170.16612817ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.97
2.24-2.560.19081190.16962844ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY100
2.56-3.220.18831290.15562858ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY100
3.23-72.970.13831620.12822906ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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