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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r0w | ||||||
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タイトル | Thermus thermophilus V/A-type ATPase/synthase, rotational state 2 | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / ATP hydrolysis/synthesis / proton translocation / rotary catalysis | ||||||
機能・相同性 | ![]() proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / plant-type vacuole / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / fungal-type vacuole membrane / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle ...proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / plant-type vacuole / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / fungal-type vacuole membrane / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATPase binding / lysosomal membrane / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
![]() | Zhou, L. / Sazanov, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and conformational plasticity of the intact V/A-type ATPase. 著者: Long Zhou / Leonid A Sazanov / ![]() 要旨: V (vacuolar)/A (archaeal)-type adenosine triphosphatases (ATPases), found in archaea and eubacteria, couple ATP hydrolysis or synthesis to proton translocation across the plasma membrane using the ...V (vacuolar)/A (archaeal)-type adenosine triphosphatases (ATPases), found in archaea and eubacteria, couple ATP hydrolysis or synthesis to proton translocation across the plasma membrane using the rotary-catalysis mechanism. They belong to the V-type ATPase family, which differs from the mitochondrial/chloroplast F-type ATP synthases in overall architecture. We solved cryo-electron microscopy structures of the intact V/A-ATPase, reconstituted into lipid nanodiscs, in three rotational states and two substates. These structures indicate substantial flexibility between V and V in a working enzyme, which results from mechanical competition between central shaft rotation and resistance from the peripheral stalks. We also describe details of adenosine diphosphate inhibition release, V-V torque transmission, and proton translocation, which are relevant for the entire V-type ATPase family. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 817.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4699MC ![]() 4640C ![]() 4700C ![]() 4702C ![]() 4703C ![]() 6qumC ![]() 6r0yC ![]() 6r0zC ![]() 6r10C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-V-type ATP synthase ... , 7種, 12分子 ABCDEFGHJLMN
#1: タンパク質 | 分子量: 63699.980 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q56403, H+-transporting two-sector ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 53219.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q56404 #3: タンパク質 | | 分子量: 24715.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O87880 #4: タンパク質 | | 分子量: 11294.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P74903 #6: タンパク質 | 分子量: 20645.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P74901 #7: タンパク質 | | 分子量: 35968.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P74902 #8: タンパク質 | | 分子量: 72204.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SIT6 |
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-V-type ATP synthase, subunit ... , 2種, 14分子 IKOPQRSTUVWXYZ
#5: タンパク質 | 分子量: 13166.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SIT5 #9: タンパク質 | 分子量: 9841.714 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SIT7 |
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-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#10: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#11: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Thermus Thermophlius V/A-type ATPase/ATP synthase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.65 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 倍率(補正後): 129032 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 1780 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 63 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2700 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 181245 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26565 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 96.3 / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Accession code: 5Y5Y / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 5Y5Y / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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