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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ppj | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of AdnA(D934A)-AdnB(D1014A) in complex with AMPPNP | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA helicase complex / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / exonuclease activity / 3'-5' DNA helicase activity / DNA helicase activity / DNA helicase / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding ...DNA helicase complex / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / exonuclease activity / 3'-5' DNA helicase activity / DNA helicase activity / DNA helicase / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Jia, N. / Unciuleac, M. / Shuman, S. / Patel, D.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures and single-molecule analysis of bacterial motor nuclease AdnAB illuminate the mechanism of DNA double-strand break resection. 著者: Ning Jia / Mihaela C Unciuleac / Chaoyou Xue / Eric C Greene / Dinshaw J Patel / Stewart Shuman / ![]() 要旨: Mycobacterial AdnAB is a heterodimeric helicase-nuclease that initiates homologous recombination by resecting DNA double-strand breaks (DSBs). The AdnA and AdnB subunits are each composed of an N- ...Mycobacterial AdnAB is a heterodimeric helicase-nuclease that initiates homologous recombination by resecting DNA double-strand breaks (DSBs). The AdnA and AdnB subunits are each composed of an N-terminal motor domain and a C-terminal nuclease domain. Here we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of AdnAB in three functional states: in the absence of DNA and in complex with forked duplex DNAs before and after cleavage of the 5' single-strand DNA (ssDNA) tail by the AdnA nuclease. The structures reveal the path of the 5' ssDNA through the AdnA nuclease domain and the mechanism of 5' strand cleavage; the path of the 3' tracking strand through the AdnB motor and the DNA contacts that couple ATP hydrolysis to mechanical work; the position of the AdnA iron-sulfur cluster subdomain at the Y junction and its likely role in maintaining the split trajectories of the unwound 5' and 3' strands. Single-molecule DNA curtain analysis of DSB resection reveals that AdnAB is highly processive but prone to spontaneous pausing at random sites on duplex DNA. A striking property of AdnAB is that the velocity of DSB resection slows after the enzyme experiences a spontaneous pause. Our results highlight shared as well as distinctive properties of AdnAB vis-à-vis the RecBCD and AddAB clades of bacterial DSB-resecting motor nucleases. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 296.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 222.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 873.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 891 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 114735.938 Da / 分子数: 1 / 変異: D1014A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pcrA_2, ERS451418_01974 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0D6HIW1, UniProt: A0QTS0*PLUS, DNA helicase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 110899.562 Da / 分子数: 1 / 変異: D934A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pcrA_1, ERS451418_01973 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0D6HKQ2, UniProt: A0QTR9*PLUS, DNA helicase |
#3: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-ANP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: AdnAB-D934A-D1014A mutant in complex with AMPPNP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.2 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl |
緩衝液成分 | 式: Tris |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2.16 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 2.1 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80396 / 対称性のタイプ: POINT |