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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ogz | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | In situ structure of Rotavirus RNA-dependent RNA polymerase at transcript-elongated state | |||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | viral protein/rna/transferase / RNA-dependent RNA polymerase / capsid shell protein / transcription / in situ structure / rotavirus / transcriptional factors / reovirus / VIRUS / viral protein-rna-transferase complex | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral genome replication / virion component / viral nucleocapsid / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Rotavirus A (ロタウイルス A) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Ding, K. / Chang, T. / Shen, W. / Roy, P. / Zhou, Z.H. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 8件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: In situ structures of rotavirus polymerase in action and mechanism of mRNA transcription and release. 著者: Ke Ding / Cristina C Celma / Xing Zhang / Thomas Chang / Wesley Shen / Ivo Atanasov / Polly Roy / Z Hong Zhou / 要旨: Transcribing and replicating a double-stranded genome require protein modules to unwind, transcribe/replicate nucleic acid substrates, and release products. Here we present in situ cryo-electron ...Transcribing and replicating a double-stranded genome require protein modules to unwind, transcribe/replicate nucleic acid substrates, and release products. Here we present in situ cryo-electron microscopy structures of rotavirus dsRNA-dependent RNA polymerase (RdRp) in two states pertaining to transcription. In addition to the previously discovered universal "hand-shaped" polymerase core domain shared by DNA polymerases and telomerases, our results show the function of N- and C-terminal domains of RdRp: the former opens the genome duplex to isolate the template strand; the latter splits the emerging template-transcript hybrid, guides genome reannealing to form a transcription bubble, and opens a capsid shell protein (CSP) to release the transcript. These two "helicase" domains also extensively interact with CSP, which has a switchable N-terminal helix that, like cellular transcriptional factors, either inhibits or promotes RdRp activity. The in situ structures of RdRp, CSP, and RNA in action inform mechanisms of not only transcription, but also replication. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ogz.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ogz.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ogz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ogz_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ogz_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ogz_validation.xml.gz | 211.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ogz_validation.cif.gz | 334.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/6ogz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/6ogz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#1: RNA鎖 | 分子量: 5673.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rotavirus A (ロタウイルス A) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 5367.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rotavirus A (ロタウイルス A) |
-タンパク質 , 2種, 11分子 AEFGIHJKLMN
#3: タンパク質 | 分子量: 125276.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 参照: UniProt: G0YZJ9, RNA-directed RNA polymerase |
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#4: タンパク質 | 分子量: 103425.992 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 参照: UniProt: G0YZK0 |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#5: 化合物 | ChemComp-UTP / |
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#6: 化合物 | ChemComp-GTP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rotavirus A / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 18 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.14_3260: phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 411438 / 対称性のタイプ: POINT |