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万見
- PDB-6o1o: Cryo-EM structure of the T. thermophilus Csm complex bound to tar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o1o
タイトルCryo-EM structure of the T. thermophilus Csm complex bound to target ssRNA
要素
  • Csm1
  • Csm2
  • Csm3
  • Csm4
  • RNA (30-MER)
  • RNA (36-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Csm / RNA substrate / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Liu, J.J. / Liu, T.Y.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM051487 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM122334 米国
Life Sciences Research Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Target preference of Type III-A CRISPR-Cas complexes at the transcription bubble.
著者: Tina Y Liu / Jun-Jie Liu / Abhishek J Aditham / Eva Nogales / Jennifer A Doudna /
要旨: Type III-A CRISPR-Cas systems are prokaryotic RNA-guided adaptive immune systems that use a protein-RNA complex, Csm, for transcription-dependent immunity against foreign DNA. Csm can cleave RNA and ...Type III-A CRISPR-Cas systems are prokaryotic RNA-guided adaptive immune systems that use a protein-RNA complex, Csm, for transcription-dependent immunity against foreign DNA. Csm can cleave RNA and single-stranded DNA (ssDNA), but whether it targets one or both nucleic acids during transcription elongation is unknown. Here, we show that binding of a Thermus thermophilus (T. thermophilus) Csm (TthCsm) to a nascent transcript in a transcription elongation complex (TEC) promotes tethering but not direct contact of TthCsm with RNA polymerase (RNAP). Biochemical experiments show that both TthCsm and Staphylococcus epidermidis (S. epidermidis) Csm (SepCsm) cleave RNA transcripts, but not ssDNA, at the transcription bubble. Taken together, these results suggest that Type III systems primarily target transcripts, instead of unwound ssDNA in TECs, for immunity against double-stranded DNA (dsDNA) phages and plasmids. This reveals similarities between Csm and eukaryotic RNA interference, which also uses RNA-guided RNA targeting to silence actively transcribed genes.
履歴
登録2019年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0454
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Csm1
B: Csm4
C: Csm3
D: Csm3
E: Csm3
F: Csm3
G: Csm4
H: Csm4
I: Csm2
J: Csm2
K: Csm2
L: Csm2
M: RNA (36-MER)
N: RNA (30-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,29714
ポリマ－278,29714
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 12分子 ABGHCDEFIJKL

#1: タンパク質 Csm1


分子量: 60953.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Csm4


分子量: 23762.168 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質
Csm3


分子量: 18570.826 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質
Csm2


分子量: 10060.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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RNA鎖 , 2種, 2分子 MN

#5: RNA鎖 RNA (36-MER)


分子量: 15537.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)
#6: RNA鎖 RNA (30-MER)


分子量: 15995.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)

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詳細

配列の詳細The complete sequence of Csm1 is MASMLGDGLSVALAGLLHDVGKLYSRARWGERDDQVPDRTHTAYTAHFVREHAGLFRGAG ...The complete sequence of Csm1 is MASMLGDGLSVALAGLLHDVGKLYSRARWGERDDQVPDRTHTAYTAHFVREHAGLFRGAG LDPDWLARTASRHHEGWRDRPQYRPETPEEWCVALADTYASKEREEGEGGGSPPEVPLSP PFRRLLLGGEEGREGGYSPVGAGGRVGLEAGGLYPEERPNVSKDVYKRLLERLEGRLEEM ARFSLGKEALVLNLALALQETLSLVPSDTQSEPDVSLYDHLRLTAAIAHALWLFHGGSPS AQNLRQDGEKFLLVVGDMGGIQGHIYRIAGAEAGVGGIAKRLRARSLEVSLAAEAMALGL LWRLGLTSLNRILGAGGKFYLLLPNTEEARAALEGTREAWGRWALKRGGSLVPHLAWVAF RGQDFRDFAALLKRLHEALAREKLRPFAFLASTGGVLGAPLRPCAACGLEPARRDEPGSL CPDCEREAALGARLPRSDRVGFFLEEAPRPYLDFPGLKVGLGGPLEGAFHLFRARLDFAP WPDPSEAKPLLGHLPRVEHALKAKGWSLEAYRAWAEEEGLLEDEEPHPEKVLTFAELAAL SEGAPYLGALMLDADRMGEAFATGFRREGRDLATPSRLAALSRTLEVFFTTEVLTLLEEP RRYRERLGWDDLEAQRKEARYPLLYSVYSGGDDLFLLGPWDALLDFALDLERLYRLFTRH PRLTLSGGFLLVPPSLPVPELARLLGEAEKRAKAEGRERLFLFGQAVPWETLRGLRAWAE GLRQDLRAERVSRAQVYRWLLLWRRFSPLEDPGERMRYKPLLAYALRRVRERDEEAWKRY LKLLDHQDPAWAYLPVWVQWALYRERRV The complete sequence of Csm4 is MRATLFRLYFQGPLKALPRAPTLLGHLFWWYRYTHGREALEELLERFRQEPPFRLSSVYP EGWLPRPKLPPVQVEETTLRKALKSLSLVRLDTFQALAERGEEALLEAPEVQGKARPPEM RRLRRTRVGVDRAAGTARPGVLFTQEYLFPDPRTPYALYVLGEAPFDLGEALAFVGEMGY GGQASLGLGRFRVEGPFAVELPEAKEPNAYATLAPGPLEEALYYEVEPYWGRLGGAYVGA RPFKRPYLRAKEGSVYRGPTHRLLEVTPTEPPEAGARVWEALVVFPLGVRV The complete sequence of Csm3 is MKLKKVIRIRSVLLAKTGLRIGMSRDQMAIGDLDNPVVRNPLTDEPYIPGSSLKGKLRYL LEWSLGGDYILKAKERQVYASPDPKDPVARIFGLAPENDERSLAVARERGPTRLLVRDAY LTEDAKEALERTSARGGLYTEIKQEVFIPRLGGNANPRTTERVPAGARFRVEMTYRVLDD LDEEYFGKYLLRALELLELDGLGGHISRGYGQVYFLHPERLTEDQEGWPLKERLKVEEVV L The complete sequence of Csm2 is MPALEFFKDKERGVLDPKVFERAREVAEGLARGKLKSSQFRNYFAELRALENRFERERRK EGEELAFARLVPQLELLRAKLFYNTRSQGPLRDAKEFVEFMEEALEAGKRSPKDFEAMMK YVEAVLAYFYALAK

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Thermus thermophilus Csm complex bound to target ssRNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87321 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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