+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mdr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the Ceru+32/GFP-17 protomer | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN / Supercharged protein assembly / electrostatic interactions / 16-mer / D4 symmetry | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | ||||||
データ登録者 | Simon, A.J. / Zhou, Y. / Ramasubramani, V. / Glaser, J. / Pothukuchy, A. / Golihar, J. / Gerberich, J.C. / Leggere, J.C. / Morrow, B.R. / Jung, C. ...Simon, A.J. / Zhou, Y. / Ramasubramani, V. / Glaser, J. / Pothukuchy, A. / Golihar, J. / Gerberich, J.C. / Leggere, J.C. / Morrow, B.R. / Jung, C. / Glotzer, S.C. / Taylor, D.W. / Ellington, A.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Chem / 年: 2019 タイトル: Supercharging enables organized assembly of synthetic biomolecules. 著者: Anna J Simon / Yi Zhou / Vyas Ramasubramani / Jens Glaser / Arti Pothukuchy / Jimmy Gollihar / Jillian C Gerberich / Janelle C Leggere / Barrett R Morrow / Cheulhee Jung / Sharon C Glotzer / ...著者: Anna J Simon / Yi Zhou / Vyas Ramasubramani / Jens Glaser / Arti Pothukuchy / Jimmy Gollihar / Jillian C Gerberich / Janelle C Leggere / Barrett R Morrow / Cheulhee Jung / Sharon C Glotzer / David W Taylor / Andrew D Ellington / 要旨: Symmetrical protein oligomers are ubiquitous in biological systems and perform key structural and regulatory functions. However, there are few methods for constructing such oligomers. Here we have ...Symmetrical protein oligomers are ubiquitous in biological systems and perform key structural and regulatory functions. However, there are few methods for constructing such oligomers. Here we have engineered completely synthetic, symmetrical oligomers by combining pairs of oppositely supercharged variants of a normally monomeric model protein through a strategy we term 'supercharged protein assembly' (SuPrA). We show that supercharged variants of green fluorescent protein can assemble into a variety of architectures including a well-defined symmetrical 16-mer structure that we solved using cryo-electron microscopy at 3.47 Å resolution. The 16-mer is composed of two stacked rings of octamers, in which the octamers contain supercharged proteins of alternating charges, and interactions within and between the rings are mediated by a variety of specific electrostatic contacts. The ready assembly of this structure suggests that combining oppositely supercharged pairs of protein variants may provide broad opportunities for generating novel architectures via otherwise unprogrammed interactions. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mdr.cif.gz | 633.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6mdr.ent.gz | 529.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mdr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6mdr_validation.pdf.gz | 1022.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6mdr_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6mdr_validation.xml.gz | 89.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6mdr_validation.cif.gz | 141.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/6mdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/6mdr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28425.195 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 3-232 変異: E7R, T10R, V12K, D20K, E33K, E35K, Y67W, S73A, D77K, E91K, D103K, D118R, E125K, I129R, D134K, E143R, F146G, N147I, H149D, N150K, Q158R, N165K, E173K, D191R, D198R, Q205R, N213K, T231K 由来タイプ: 組換発現 詳細: Mutations present in the construct but not listed in the mutation list are derived from the reference construct (PDB entry 2B3P). 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 #2: タンパク質 | 分子量: 27226.242 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 3-232 変異: T39D, T44D, R81E, N150E, K157D, Q158E, N165E, V194D, N199E, A228D, H232E 由来タイプ: 組換発現 詳細: Mutations present in the construct but not listed in the mutation list are derived from the reference construct (PDB entry 2B3P). 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 配列の詳細 | Mutations present in the construct but not listed in the mutation list are derived from the ...Mutations present in the construct but not listed in the mutation list are derived from the reference construct (PDB entry 2B3P). | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ceru+32/GFP-17 protomer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.430 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126822 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 196 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2B3P Accession code: 2B3P / Source name: PDB / タイプ: experimental model |