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万見
- PDB-6m6h: Structure of HSV2 C-capsid portal vertex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m6h
タイトルStructure of HSV2 C-capsid portal vertex
要素
  • (Capsid vertex component ...) x 2
  • (Triplex capsid protein ...) x 2
  • Large tegument protein deneddylase
  • Major capsid protein
  • Small capsomere-interacting protein
キーワードVIRAL PROTEIN / HSV2 / Portal vertex / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / chromosome organization / viral process / viral penetration into host nucleus ...T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / chromosome organization / viral process / viral penetration into host nucleus / viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / host cell cytoplasm / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein ...Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid triplex subunit 2 / Small capsomere-interacting protein / Capsid triplex subunit 1 / Capsid vertex component 1 / Major capsid protein / Capsid vertex component 2 / Large tegument protein deneddylase
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Wang, X.X. / Wang, N.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Structures of the portal vertex reveal essential protein-protein interactions for Herpesvirus assembly and maturation.
著者: Nan Wang / Wenyuan Chen / Ling Zhu / Dongjie Zhu / Rui Feng / Jialing Wang / Bin Zhu / Xinzheng Zhang / Xiaoqing Chen / Xianjie Liu / Runbin Yan / Dongyao Ni / Grace Guoying Zhou / Hongrong ...著者: Nan Wang / Wenyuan Chen / Ling Zhu / Dongjie Zhu / Rui Feng / Jialing Wang / Bin Zhu / Xinzheng Zhang / Xiaoqing Chen / Xianjie Liu / Runbin Yan / Dongyao Ni / Grace Guoying Zhou / Hongrong Liu / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
履歴
登録2020年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30124
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30124
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Capsid vertex component 1
H: Capsid vertex component 2
I: Capsid vertex component 2
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Large tegument protein deneddylase
Q: Large tegument protein deneddylase
R: Triplex capsid protein 2
S: Triplex capsid protein 2
T: Triplex capsid protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,951,55620
ポリマ－1,951,55620
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Capsid vertex component 1
H: Capsid vertex component 2
I: Capsid vertex component 2
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Small capsomere-interacting protein
N: Small capsomere-interacting protein
O: Small capsomere-interacting protein
P: Large tegument protein deneddylase
Q: Large tegument protein deneddylase
R: Triplex capsid protein 2
S: Triplex capsid protein 2
T: Triplex capsid protein 1
x 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,757,780100
ポリマ－9,757,780100
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C5 (5回回転対称))

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要素

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タンパク質 , 3種, 14分子 ABCDEFJKLMNOPQ

#1: タンパク質
Major capsid protein / MCP / VP5


分子量: 149399.359 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P89442
#4: タンパク質
Small capsomere-interacting protein / VP26


分子量: 12147.707 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G9I257
#5: タンパク質 Large tegument protein deneddylase / UL36


分子量: 330496.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P89459, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

-
Capsid vertex component ... , 2種, 3分子 GHI

#2: タンパク質 Capsid vertex component 1 / UL17


分子量: 74811.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P89440
#3: タンパク質 Capsid vertex component 2 / UL25


分子量: 63604.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P89448

-
Triplex capsid protein ... , 2種, 3分子 RST

#6: タンパク質 Triplex capsid protein 2 / VP23


分子量: 34373.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G9I239
#7: タンパク質 Triplex capsid protein 1 / VP19


分子量: 50512.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G9I260

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human alphaherpesvirus 2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1130FEI FALCON II (4k x 4k)
2130FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35698 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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