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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kw5 | ||||||
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タイトル | The ClassC RSC-Nucleosome Complex | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / chromatin remodeler / SWI/SNF family / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / chromatin remodeling at centromere / histone H4 reader activity / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / plasmid maintenance / Platelet degranulation / DNA translocase activity ...regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / chromatin remodeling at centromere / histone H4 reader activity / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / plasmid maintenance / Platelet degranulation / DNA translocase activity / nucleosome array spacer activity / ATP-dependent chromatin remodeler activity / RSC-type complex / UV-damage excision repair / nucleosome disassembly / SWI/SNF complex / sister chromatid cohesion / sporulation resulting in formation of a cellular spore / nuclear chromosome / NuA4 histone acetyltransferase complex / rRNA transcription / chromosome, centromeric region / nucleosome binding / cytoskeleton organization / meiotic cell cycle / : / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / helicase activity / chromosome segregation / transcription coregulator activity / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / chromatin DNA binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / G2/M transition of mitotic cell cycle / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / double-strand break repair / nucleosome assembly / chromatin organization / DNA helicase / sequence-specific DNA binding / histone binding / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.13 Å | ||||||
![]() | Ye, Y.P. / Wu, H. / Chen, K.J. / Verma, N. / Cairns, B. / Gao, N. / Chen, Z.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the RSC complex bound to the nucleosome 著者: Ye, Y.P. / Wu, H. / Chen, K.J. / Verma, N. / Cairns, B. / Gao, N. / Chen, Z.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 912.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 126.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 199.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Chromatin structure-remodeling complex subunit ... , 5種, 5分子 FMGXL
#1: タンパク質 | 分子量: 49716.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32832 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 65289.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03124 |
#5: タンパク質 | 分子量: 48833.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06168 |
#11: タンパク質 | 分子量: 72372.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02206 |
#12: タンパク質 | 分子量: 102443.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06488 |
-Chromatin structure-remodeling complex protein ... , 5種, 6分子 HDIACK
#2: タンパク質 | 分子量: 63253.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43609 #4: タンパク質 | | 分子量: 54222.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25632 #6: タンパク質 | | 分子量: 57871.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07979 #9: タンパク質 | | 分子量: 101448.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38781 #10: タンパク質 | | 分子量: 101833.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06639 |
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-タンパク質 , 9種, 15分子 JPQEWSfhRVTOUYg
#7: タンパク質 | 分子量: 156982.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32597, DNA helicase #8: タンパク質 | | 分子量: 9192.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q9URQ5 #13: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #14: タンパク質 | | 分子量: 53863.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12406 #15: タンパク質 | | 分子量: 17817.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53330 #16: タンパク質 | 分子量: 15421.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #17: タンパク質 | 分子量: 14109.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg / 発現宿主: ![]() ![]() #18: タンパク質 | 分子量: 13925.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: XELAEV_18028549mg / 発現宿主: ![]() ![]() #19: タンパク質 | | 分子量: 53131.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05123 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 BN
#20: DNA鎖 | 分子量: 51421.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#21: DNA鎖 | 分子量: 51683.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 1種, 1分子 
#22: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: RSC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DARK FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 10.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24146 / 対称性のタイプ: POINT |