+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kj3 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 120kV MicroED structure of FUS (37-42) SYSGYS solved from merged datasets at 0.60 A | |||||||||||||||
![]() | RNA-binding protein FUS | |||||||||||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / FUS / MicroED / Ultrahigh resolution | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA stabilization / intracellular non-membrane-bounded organelle / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / molecular condensate scaffold activity / mRNA 3'-UTR binding / transcription coregulator activity ...mRNA stabilization / intracellular non-membrane-bounded organelle / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / molecular condensate scaffold activity / mRNA 3'-UTR binding / transcription coregulator activity / protein homooligomerization / amyloid fibril formation / transcription coactivator activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 0.6 Å | |||||||||||||||
![]() | Zhou, H. / Luo, F. / Luo, Z. / Li, D. / Liu, C. / Li, X. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Programming Conventional Electron Microscopes for Solving Ultrahigh-Resolution Structures of Small and Macro-Molecules. 著者: Heng Zhou / Feng Luo / Zhipu Luo / Dan Li / Cong Liu / Xueming Li / ![]() 要旨: Microcrystal electron diffraction (MicroED) is becoming a powerful tool in determining the crystal structures of biological macromolecules and small organic compounds. However, wide applications of ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) is becoming a powerful tool in determining the crystal structures of biological macromolecules and small organic compounds. However, wide applications of this technique are still limited by the special requirement for radiation-tolerated movie-mode camera and the lack of automated data collection methods. Herein, we develop a stage-camera synchronization scheme to minimize the hardware requirements and enable the use of the conventional electron cryo-microscope with a single-frame CCD camera, which ensures not only the acquisition of ultrahigh-resolution diffraction data but also low cost in practice. This method renders the structure determination of both peptide and small organic compounds at ultrahigh resolution up to ∼0.60 Å with unambiguous assignment of nearly all hydrogen atoms. The present work provides a widely applicable solution for routine structure determination of MicroED and demonstrates the capability of the low-end 120 kV microscope with a CCD camera in solving ultrahigh resolution structures of both organic compounds and biological macromolecules. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 11.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 6.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 725.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 724.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0698MC ![]() 0696C ![]() 0697C ![]() 0699C ![]() 6kj1C ![]() 6kj2C ![]() 6kj4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 9.2 Data #1: 120kV MicroED data of FUS (37-42) SYSGYS [diffraction images]) |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 662.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: FUS LC RAC1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-データ収集
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI 12 / 日付: 2018年3月22日 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
電子銃 | 電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | |||||||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: DIFFRACTION | |||||||||||||||||||||||||
撮影 | 電子線照射量: 0.05 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) | |||||||||||||||||||||||||
EM回折 | カメラ長: 500 mm | |||||||||||||||||||||||||
EM回折 シェル | 解像度: 0.6→0.62 Å / フーリエ空間範囲: 66.76 % / 多重度: 3.94 / 構造因子数: 474 / 位相残差: 1 ° | |||||||||||||||||||||||||
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 78.41 % / 再高解像度: 0.6 Å / 測定した強度の数: 46057 / 構造因子数: 5850 / 位相誤差: 44.58 ° / 位相残差: 1 ° / 位相誤差の除外基準: 60 / Rmerge: 0.278 / Rsym: 0.278 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 90.31 ° / ∠γ: 90 ° / A: 17.1 Å / B: 4.67 Å / C: 17.59 Å / 空間群名: P1211 / 空間群番号: 4 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 0.6 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 0.6→8.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 0.589 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.02 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 1.88 Å2 / Biso mean: 0.799 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
| ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 0.6→8.55 Å
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 0.6→0.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|