+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f07 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CBF3 Core Complex | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | CELL CYCLE / kinetochore / F-box / DNA-binding / centromere | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / centromeric DNA binding / regulation of exit from mitosis ...RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / centromeric DNA binding / regulation of exit from mitosis / kinetochore assembly / vacuolar acidification / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of metabolic process / protein neddylation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitochondrial fusion / DNA binding, bending / silent mating-type cassette heterochromatin formation / exit from mitosis / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Orc1 removal from chromatin / DNA replication origin binding / cullin family protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / regulation of protein-containing complex assembly / subtelomeric heterochromatin formation / endomembrane system / negative regulation of cytoplasmic translation / regulation of mitotic cell cycle / kinetochore / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / chromosome, telomeric region / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Leber, V. / Singleton, M.R. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2018 タイトル: Structural basis for assembly of the CBF3 kinetochore complex. 著者: Vera Leber / Andrea Nans / Martin R Singleton / 要旨: Eukaryotic chromosomes contain a specialised region known as the centromere, which forms the platform for kinetochore assembly and microtubule attachment. The centromere is distinguished by the ...Eukaryotic chromosomes contain a specialised region known as the centromere, which forms the platform for kinetochore assembly and microtubule attachment. The centromere is distinguished by the presence of nucleosomes containing the histone H3 variant, CENP-A. In budding yeast, centromere establishment begins with the recognition of a specific DNA sequence by the CBF3 complex. This in turn facilitates CENP-A nucleosome deposition and kinetochore assembly. Here, we describe a 3.6 Å single-particle cryo-EM reconstruction of the core CBF3 complex, incorporating the sequence-specific DNA-binding protein Cep3 together with regulatory subunits Ctf13 and Skp1. This provides the first structural data on Ctf13, defining it as an F-box protein of the leucine-rich-repeat family, and demonstrates how a novel F-box-mediated interaction between Ctf13 and Skp1 is responsible for initial assembly of the CBF3 complex. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f07.cif.gz | 232.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6f07.ent.gz | 185 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f07.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6f07_validation.pdf.gz | 988.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6f07_full_validation.pdf.gz | 999.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6f07_validation.xml.gz | 41 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6f07_validation.cif.gz | 62.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f07 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72637.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: CEP3, CBF3, CBF3B, CSL1, YMR168C, YM8520.17C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40969 #2: タンパク質 | | 分子量: 22357.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SKP1, CBF3D, YDR328C, D9798.14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P52286 #3: 化合物 | Has protein modification | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CBF3 Core Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.22 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2.16 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 209751 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|