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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e8g | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM reconstruction of IST1-CHMP1B copolymer filament bound to ssDNA at 2.9 Angstrom resolution | |||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / PROTEIN FIBRIL / ESCRT-III / CHMP1B / IST1 / ssDNA | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MIT domain binding / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / vesicle fusion with vacuole / abscission / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway ...MIT domain binding / amphisome membrane / multivesicular body-lysosome fusion / vesicle fusion with vacuole / abscission / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / cytoskeleton-dependent cytokinesis / regulation of centrosome duplication / nuclear membrane reassembly / collateral sprouting / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / midbody abscission / positive regulation of collateral sprouting / multivesicular body sorting pathway / membrane fission / plasma membrane repair / membrane coat / late endosome to vacuole transport / multivesicular body membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / regulation of mitotic spindle assembly / multivesicular body assembly / Flemming body / mitotic metaphase chromosome alignment / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / positive regulation of proteolysis / autophagosome membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / autophagosome maturation / nuclear pore / multivesicular body / viral budding from plasma membrane / establishment of protein localization / kinetochore / autophagy / azurophil granule lumen / protein localization / protein transport / nuclear envelope / midbody / endosome membrane / cadherin binding / protein domain specific binding / lysosomal membrane / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / chromatin / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Talledge, N. / Frost, A. / McCullough, J. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 8件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018 タイトル: The ESCRT-III proteins IST1 and CHMP1B assemble around nucleic acids 著者: Talledge, N. / McCullough, J. / Wenzel, D.M. / Nguyen, H.C. / Lalonde, M. / Bajorek, M. / Skalicky, J.J. / Frost, A. / Sundquist, W.I. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6e8g.cif.gz | 2.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6e8g.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6e8g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6e8g_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6e8g_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6e8g_validation.xml.gz | 276.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6e8g_validation.cif.gz | 387 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/6e8g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 36 / Rise per n subunits: 3.17 Å / Rotation per n subunits: 21.16 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40024.711 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IST1, KIAA0174 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIPL / 参照: UniProt: P53990 #2: タンパク質 | 分子量: 22140.354 Da / 分子数: 36 / Mutation: K37E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHMP1B, C18orf2 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIPL / 参照: UniProt: Q7LBR1 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Helical assembly of IST1 and CHMP1B protein bound to ssDNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: cytoplasm | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3) RIPL | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 292.15 K / 詳細: 0 mm offset with 10 sec wait time and 2-4 sec blot |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / Cs: 2.6 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6.2 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2980 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 3-32 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 21.16 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.17 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 224252 詳細: Helical particle segments were selected using RELION manualpick and extracted using overlapping segments with an asymmetric unit of 17 subunits with a 3.0 Angstrom rise (51 Angstrom total). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101990 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 52.5 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |