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- PDB-5zz8: Structure of the Herpes simplex virus type 2 C-capsid with capsid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zz8
タイトルStructure of the Herpes simplex virus type 2 C-capsid with capsid-vertex-specific component
要素
  • Major capsid protein
  • UL17
  • UL25
  • UL36
  • VP19C
  • VP23
  • VP26
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Herpes simplex virus 2 / capsid / capsid-vertex-specific component
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / chromosome organization / viral process / virion component / viral penetration into host nucleus ...T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / chromosome organization / viral process / virion component / viral penetration into host nucleus / host cell / viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell cytoplasm / cysteine-type deubiquitinase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein ...Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / Large tegument protein / DNA packaging tegument protein / UL17 / Capsid triplex subunit 1 / Triplex capsid protein 2 / Small capsomere-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Wang, J.L. / Yuan, S. / Zhu, D.J. / Tang, H. / Wang, N. / Chen, W.Y. / Gao, Q. / Li, Y.H. / Wang, J.Z. / Liu, H.R. ...Wang, J.L. / Yuan, S. / Zhu, D.J. / Tang, H. / Wang, N. / Chen, W.Y. / Gao, Q. / Li, Y.H. / Wang, J.Z. / Liu, H.R. / Zhang, X.Z. / Rao, Z.H. / Wang, X.X.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of the herpes simplex virus type 2 C-capsid with capsid-vertex-specific component.
著者: Jialing Wang / Shuai Yuan / Dongjie Zhu / Hao Tang / Nan Wang / Wenyuan Chen / Qiang Gao / Yuhua Li / Junzhi Wang / Hongrong Liu / Xinzheng Zhang / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
要旨: Herpes simplex viruses (HSVs) cause human oral and genital ulcer diseases. Patients with HSV-2 have a higher risk of acquiring a human immunodeficiency virus infection. HSV-2 is a member of the α- ...Herpes simplex viruses (HSVs) cause human oral and genital ulcer diseases. Patients with HSV-2 have a higher risk of acquiring a human immunodeficiency virus infection. HSV-2 is a member of the α-herpesvirinae subfamily that together with the β- and γ-herpesvirinae subfamilies forms the Herpesviridae family. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the HSV-2 C-capsid with capsid-vertex-specific component (CVSC) that was determined at 3.75 Å using a block-based reconstruction strategy. We present atomic models of multiple conformers for the capsid proteins (VP5, VP23, VP19C, and VP26) and CVSC. Comparison of the HSV-2 homologs yields information about structural similarities and differences between the three herpesviruses sub-families and we identify α-herpesvirus-specific structural features. The hetero-pentameric CVSC, consisting of a UL17 monomer, a UL25 dimer and a UL36 dimer, is bound tightly by a five-helix bundle that forms extensive networks of subunit contacts with surrounding capsid proteins, which reinforce capsid stability.
履歴
登録2018年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_sites / cell ...atom_sites / cell / entity / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _entity.formula_weight

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6976
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Q: VP19C
R: VP23
S: VP23
T: VP19C
U: VP23
V: VP23
W: VP19C
X: VP23
Y: VP23
1: VP19C
3: VP23
2: VP23
w: VP19C
x: VP23
y: VP23
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
A: Major capsid protein
H: Major capsid protein
h: VP26
i: VP26
j: VP26
k: VP26
l: VP26
m: VP26
n: VP26
o: VP26
p: VP26
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
q: UL17
E: Major capsid protein
r: UL25
F: Major capsid protein
s: UL25
G: Major capsid protein
t: UL36
b: VP26
c: VP26
d: VP26
e: VP26
f: VP26
g: VP26
u: UL36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,032,16451
ポリマ－4,032,16451
非ポリマー00
水00
1
Q: VP19C
R: VP23
S: VP23
T: VP19C
U: VP23
V: VP23
W: VP19C
X: VP23
Y: VP23
1: VP19C
3: VP23
2: VP23
w: VP19C
x: VP23
y: VP23
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
A: Major capsid protein
H: Major capsid protein
h: VP26
i: VP26
j: VP26
k: VP26
l: VP26
m: VP26
n: VP26
o: VP26
p: VP26
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
q: UL17
E: Major capsid protein
r: UL25
F: Major capsid protein
s: UL25
G: Major capsid protein
t: UL36
b: VP26
c: VP26
d: VP26
e: VP26
f: VP26
g: VP26
u: UL36
x 60


  • complete icosahedral assembly
  • 根拠: microscopy
  • 242 MDa, 3060 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,929,8693060
ポリマ－241,929,8693060
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
Q: VP19C
R: VP23
S: VP23
T: VP19C
U: VP23
V: VP23
W: VP19C
X: VP23
Y: VP23
1: VP19C
3: VP23
2: VP23
w: VP19C
x: VP23
y: VP23
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
A: Major capsid protein
H: Major capsid protein
h: VP26
i: VP26
j: VP26
k: VP26
l: VP26
m: VP26
n: VP26
o: VP26
p: VP26
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
q: UL17
E: Major capsid protein
r: UL25
F: Major capsid protein
s: UL25
G: Major capsid protein
t: UL36
b: VP26
c: VP26
d: VP26
e: VP26
f: VP26
g: VP26
u: UL36
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 20.2 MDa, 255 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,160,822255
ポリマ－20,160,822255
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
Q: VP19C
R: VP23
S: VP23
T: VP19C
U: VP23
V: VP23
W: VP19C
X: VP23
Y: VP23
1: VP19C
3: VP23
2: VP23
w: VP19C
x: VP23
y: VP23
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
A: Major capsid protein
H: Major capsid protein
h: VP26
i: VP26
j: VP26
k: VP26
l: VP26
m: VP26
n: VP26
o: VP26
p: VP26
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
q: UL17
E: Major capsid protein
r: UL25
F: Major capsid protein
s: UL25
G: Major capsid protein
t: UL36
b: VP26
c: VP26
d: VP26
e: VP26
f: VP26
g: VP26
u: UL36
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 24.2 MDa, 306 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,192,987306
ポリマ－24,192,987306
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

-
タンパク質 , 7種, 51分子 QTW1wRSUVXY32xyIJKLMAHNOPBCDEF...

#1: タンパク質
VP19C


分子量: 50566.648 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL38, TRX1 / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: G9I260
#2: タンパク質
VP23


分子量: 34373.785 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: TRX2, UL18 / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: P89441
#3: タンパク質
Major capsid protein / VP5 / MCP


分子量: 149384.375 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL19, MCP / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: A0A0E3U2U0
#4: タンパク質
VP26


分子量: 12147.707 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: SCP, UL35 / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: P89458
#5: タンパク質 UL17


分子量: 74747.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL17, CVC1 / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: G9I238
#6: タンパク質 UL25


分子量: 63623.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL25, CVC2 / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: D6PUY5
#7: タンパク質 UL36


分子量: 330616.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL36 / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: A0A1U9ZLV0

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human herpesvirus 2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
由来(組換発現)生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
ウイルスについての詳細エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56901 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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