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- PDB-5xnm: Structure of unstacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xnm
タイトルStructure of unstacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
要素
  • (Chlorophyll a-b binding ...) x 2
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein ...) x 3
  • (Photosystem II ...) x 15
  • Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Photosystem II / PSII-LHCII / C2S2M2 / Supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I ...photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / photosystem II / response to herbicide / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / : / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II reaction center protein H / photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein ...Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II reaction center protein H / photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Chem-XAT / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein J / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein M / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein T / Ultraviolet-B-repressible protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Su, X.D. / Ma, J. / Wei, X.P. / Cao, P. / Zhu, D.J. / Chang, W.R. / Liu, Z.F. / Zhang, X.Z. / Li, M.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
The Strategic Priority Research Program of CASXDB08020302 中国
The Key Research Program of Frontier Sciences of CASQYZDB-SSW-SMC005 中国
National 973 project grant2011CBA00900 中国
National Natural Science Foundation of China31570724 and 31270793 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structure and assembly mechanism of plant CSM-type PSII-LHCII supercomplex.
著者: Xiaodong Su / Jun Ma / Xuepeng Wei / Peng Cao / Dongjie Zhu / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: In plants, the photosynthetic machinery photosystem II (PSII) consists of a core complex associated with variable numbers of light-harvesting complexes II (LHCIIs). The supercomplex, comprising a ...In plants, the photosynthetic machinery photosystem II (PSII) consists of a core complex associated with variable numbers of light-harvesting complexes II (LHCIIs). The supercomplex, comprising a dimeric core and two strongly bound and two moderately bound LHCIIs (CSM), is the dominant form in plants acclimated to limited light. Here we report cryo-electron microscopy structures of two forms of CSM (termed stacked and unstacked) from at 2.7- and 3.2-angstrom resolution, respectively. In each CSM, the moderately bound LHCII assembles specifically with a peripheral antenna complex CP24-CP29 heterodimer and the strongly bound LHCII, to establish a pigment network that facilitates light harvesting at the periphery and energy transfer into the core. The high mobility of peripheral antennae, including the moderately bound LHCII and CP24, provides insights into functional regulation of plant PSII.
履歴
登録2017年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Advisory / Data collection / Other
カテゴリ: cell / database_PDB_caveat ...cell / database_PDB_caveat / em_software / pdbx_validate_chiral
Item: _cell.Z_PDB / _cell.length_a ..._cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _em_software.name
改定 2.02024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6742
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
2: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb6, CP24
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta, PsbF
G: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I, PsbI
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
N: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
O: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
R: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb4, CP29
S: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb5, CP26
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II luminal extrinsic protein Tn, PsbTn
W: Photosystem II reaction center protein W, PSBW
X: Photosystem II reaction center protein X
Y: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
Z: Photosystem II reaction center protein Z
5: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
6: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
7: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
8: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb6, CP24
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta, PsbF
g: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I, PsbI
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
n: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
o: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
r: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb4, CP29
s: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb5, CP26
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II luminal extrinsic protein Tn, PsbTn
w: Photosystem II reaction center protein W, PSBW
x: Photosystem II reaction center protein X
y: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,436,522540
ポリマ－1,042,75154
非ポリマー393,772486
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Chlorophyll a-b binding ... , 2種, 12分子 12GNY56gny37

#1: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic / LHCII type I CAB-8


分子量: 24952.113 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 23-265 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P27490
#2: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 26545.240 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-265 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q04918

-
Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein ... , 3種, 6分子 48RrSs

#3: タンパク質 Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb6, CP24


分子量: 22858.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ3*PLUS
#17: タンパク質 Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb4, CP29


分子量: 27138.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ0*PLUS
#18: タンパク質 Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb5, CP26


分子量: 26541.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ1*PLUS

-
Photosystem II ... , 15種, 30分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmTtUuWwXxZz

#4: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / 32 kDa thylakoid membrane protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 38147.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P06585, photosystem II
#5: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56117.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9XQR6
#6: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Photosystem II 44 kDa chlorophyll apoprotein / Protein CP-43


分子量: 52035.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P06004
#7: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39557.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P06006, photosystem II
#10: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II 9 kDa phosphoprotein


分子量: 7863.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9XQR3
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I, PsbI


分子量: 4184.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAJ9*PLUS
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 4116.847 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P13555
#13: タンパク質 Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 6912.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAJ8
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4498.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P60147
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3756.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P69529
#19: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 4036.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q8HS25
#20: タンパク質 Photosystem II luminal extrinsic protein Tn, PsbTn


分子量: 10676.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RHP1*PLUS
#21: タンパク質 Photosystem II reaction center protein W, PSBW


分子量: 5914.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ2*PLUS
#22: タンパク質 Photosystem II reaction center protein X


分子量: 8692.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q8VYY1
#23: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6555.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q32902

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#8: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9421.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P13554
#9: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta, PsbF


分子量: 4488.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P62096*PLUS

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 Oo

#16: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / OEE1 / 33 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 33 kDa thylakoid membrane ...OEE1 / 33 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 33 kDa thylakoid membrane protein / OEC 33 kDa subunit


分子量: 26554.646 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 82-329 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P14226
#37: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 15種, 476分子

#24: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#25: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#26: 化合物...
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#27: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#28: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#29: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#30: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#31: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#32: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#33: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#34: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#35: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#36: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#38: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#39: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#23 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2747: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50237 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01297837
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.543137666
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.80349080
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.09612248
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00917286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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