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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n9y | ||||||
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タイトル | The full-length structure of ZntB | ||||||
要素 | Zinc transport protein ZntB | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ZntB / zinc transport / CorA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 zinc efflux transmembrane transporter activity / zinc ion import across plasma membrane / solute:proton symporter activity / zinc ion transmembrane transporter activity / cobalt ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / plasma membrane => GO:0005886 / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Cornelius, G. / Stetsenko, A. / Scheres, S.H.W. / Slotboom, D.J. / Guskov, A. | ||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: The structural basis of proton driven zinc transport by ZntB. 著者: Cornelius Gati / Artem Stetsenko / Dirk J Slotboom / Sjors H W Scheres / Albert Guskov / 要旨: Zinc is an essential microelement to sustain all forms of life. However, excess of zinc is toxic, therefore dedicated import, export and storage proteins for tight regulation of the zinc ...Zinc is an essential microelement to sustain all forms of life. However, excess of zinc is toxic, therefore dedicated import, export and storage proteins for tight regulation of the zinc concentration have evolved. In Enterobacteriaceae, several membrane transporters are involved in zinc homeostasis and linked to virulence. ZntB has been proposed to play a role in the export of zinc, but the transport mechanism of ZntB is poorly understood and based only on experimental characterization of its distant homologue CorA magnesium channel. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of full-length ZntB from Escherichia coli together with the results of isothermal titration calorimetry, and radio-ligand uptake and fluorescent transport assays on ZntB reconstituted into liposomes. Our results show that ZntB mediates Zn uptake, stimulated by a pH gradient across the membrane, using a transport mechanism that does not resemble the one proposed for homologous CorA channels. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5n9y.cif.gz | 275.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5n9y.ent.gz | 234.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5n9y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5n9y_validation.pdf.gz | 732.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5n9y_full_validation.pdf.gz | 761.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5n9y_validation.xml.gz | 48.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5n9y_validation.cif.gz | 72.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n9y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36652.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: zntB, ydaN, b1342, JW1336 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P64423 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pentameric zntb transporter / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 100 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 333490 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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