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万見
- PDB-5i68: Alcohol oxidase from Pichia pastoris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i68
タイトルAlcohol oxidase from Pichia pastoris
要素Alcohol oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol oxidase peroxisome
機能・相同性
機能・相同性情報


methane catabolic process / alcohol oxidase activity / alcohol oxidase / methanol metabolic process / peroxisomal matrix / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Alcohol oxidase 1 / Alcohol oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella pastoris (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Vonck, J. / Mills, D.J. / Parcej, D.N.
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2016
タイトル: Structure of Alcohol Oxidase from Pichia pastoris by Cryo-Electron Microscopy.
著者: Janet Vonck / David N Parcej / Deryck J Mills /
要旨: The first step in methanol metabolism in methylotrophic yeasts, the oxidation of methanol and higher alcohols with molecular oxygen to formaldehyde and hydrogen peroxide, is catalysed by alcohol ...The first step in methanol metabolism in methylotrophic yeasts, the oxidation of methanol and higher alcohols with molecular oxygen to formaldehyde and hydrogen peroxide, is catalysed by alcohol oxidase (AOX), a 600-kDa homo-octamer containing eight FAD cofactors. When these yeasts are grown with methanol as the carbon source, AOX forms large crystalline arrays in peroxisomes. We determined the structure of AOX by cryo-electron microscopy at a resolution of 3.4 Å. All residues of the 662-amino acid polypeptide as well as the FAD are well resolved. AOX shows high structural homology to other members of the GMC family of oxidoreductases, which share a conserved FAD binding domain, but have different substrate specificities. The preference of AOX for small alcohols is explained by the presence of conserved bulky aromatic residues near the active site. Compared to the other GMC enzymes, AOX contains a large number of amino acid inserts, the longest being 75 residues. These segments are found at the periphery of the monomer and make extensive inter-subunit contacts which are responsible for the very stable octamer. A short surface helix forms contacts between two octamers, explaining the tendency of AOX to form crystals in the peroxisomes.
履歴
登録2016年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / em_software
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_software.name
改定 1.22018年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / Item: _em_imaging_optics.energyfilter_lower
改定 1.32019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-8072
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8023
ポリマ－73,9921
非ポリマー8102
水00
1
A: Alcohol oxidase 1
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)598,41624
ポリマ－591,9388
非ポリマー6,47916
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation7
手法UCSF CHIMERA
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D4 (2回x4回 2面回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Alcohol oxidase 1 / AOX 1 / Methanol oxidase 1 / MOX 1


分子量: 73992.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: F2QY27, UniProt: P04842*PLUS, alcohol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: alcohol oxidase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: Potassium phosphate buffer, 50 mM
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持詳細: The grids had been cleaned in chloroform for 2 hrs. / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: blot for 11 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC / 詳細: Data was collected manually
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 30000 X / 倍率（補正後）: 43860 X / Calibrated defocus min: 600 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 4.2 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 2-21

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN粒子像選択EMAN boxer was used semi-automatically
4RELION1.3CTF補正
7UCSF ChimeraモデルフィッティングChimera was used to fit homologous parts of three structures to the map.
9RELION1.3初期オイラー角割当
10RELION1.3最終オイラー角割当
11RELION1.3分類
12RELION1.3３次元再構成
13Cootモデル精密化Coot was used to fit the structure based on the homologues and to build unique sequence ab initio
14PHENIXモデル精密化Phenix was used for real-space refinement
画像処理詳細: The movie frames were aligned prior to particle picking and the images were binned 3x.
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 1 Å / B: 1 Å / C: 1 Å / 空間群名: 1 / 空間群番号: 1
CTF補正詳細: CTF was determined by CTFFIND3 inside the RELION software
タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 56544
対称性点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49559 / 詳細: RELION was used for the reconstruction / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 147 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
13NNE

3nne

A3NNE1
21GAL

1gal

A1GAL2
33FIM

3fim

B3FIM3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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