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万見
- PDB-4bij: Threading model of T7 large terminase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bij
タイトルThreading model of T7 large terminase
要素DNA MATURASE B
キーワードHYDROLASE / ATPASE / DNA TRANSLOCATION / SINGLE-PARTICLE RECONSTRUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Terminase, large subunit gp19 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase, large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROBACTERIA PHAGE T7 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16 Å
データ登録者Dauden, M.I. / Martin-Benito, J. / Sanchez-Ferrero, J.C. / Pulido-Cid, M. / Valpuesta, J.M. / Carrascosa, J.L.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2013
タイトル: Large terminase conformational change induced by connector binding in bacteriophage T7.
著者: María I Daudén / Jaime Martín-Benito / Juan C Sánchez-Ferrero / Mar Pulido-Cid / José M Valpuesta / José L Carrascosa /
要旨: During bacteriophage morphogenesis DNA is translocated into a preformed prohead by the complex formed by the portal protein, or connector, plus the terminase, which are located at an especial prohead ...During bacteriophage morphogenesis DNA is translocated into a preformed prohead by the complex formed by the portal protein, or connector, plus the terminase, which are located at an especial prohead vertex. The terminase is a powerful motor that converts ATP hydrolysis into mechanical movement of the DNA. Here, we have determined the structure of the T7 large terminase by electron microscopy. The five terminase subunits assemble in a toroid that encloses a channel wide enough to accommodate dsDNA. The structure of the complete connector-terminase complex is also reported, revealing the coupling between the terminase and the connector forming a continuous channel. The structure of the terminase assembled into the complex showed a different conformation when compared with the isolated terminase pentamer. To understand in molecular terms the terminase morphological change, we generated the terminase atomic model based on the crystallographic structure of its phage T4 counterpart. The docking of the threaded model in both terminase conformations showed that the transition between the two states can be achieved by rigid body subunit rotation in the pentameric assembly. The existence of two terminase conformations and its possible relation to the sequential DNA translocation may shed light into the molecular bases of the packaging mechanism of bacteriophage T7.
履歴
登録2013年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32017年4月19日Group: Other
改定 1.42017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2355
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA MATURASE B
B: DNA MATURASE B
C: DNA MATURASE B
D: DNA MATURASE B
E: DNA MATURASE B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,1135
ポリマ－269,1135
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
DNA MATURASE B / DNA-PACKAGING PROTEIN B / GP19 / GP19 LARGE TERMINASE


分子量: 53822.504 Da / 分子数: 5
断片: FRAGMENT WITH 110 AMINOACIDS DELETION, RESIDUES 1-476
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE T7 (ファージ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYS / 参照: UniProt: P03694

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: FULL-LENGTH LARGE TERMINASE OF BACTERIOPHAGE T7 / タイプ: VIRUS / 詳細: STAINED WITH 2% W/V URANYL ACETATE
緩衝液名称: 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7, 300 MM NACL, 10 MM MGCL2 1 MM ADP, 5 MM DTT AND 20% (V/V) GLYCEROL.
pH: 7.4
詳細: 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7, 300 MM NACL, 10 MM MGCL2 1 MM ADP, 5 MM DTT AND 20% (V/V) GLYCEROL.
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate
試料支持詳細: CARBON

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2009年10月23日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 100 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 67000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.26 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1005
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Situsモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3EMAN３次元再構成
4SPIDER３次元再構成
5Xmipp３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PLATE
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成手法: COMMON LINES / 解像度: 16 Å / 粒子像の数: 3650 / ピクセルサイズ（実測値）: 4.4 Å
詳細: 3CPE PBD WAS USED AS A TEMPLATE FOR THE GENERATION OF THE GP19 ATOMIC MODEL THAT WAS SYMMETRIZED TO 5 AND FITTED IN THE LARGE TERMINASE EM VOLUME. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM ...詳細: 3CPE PBD WAS USED AS A TEMPLATE FOR THE GENERATION OF THE GP19 ATOMIC MODEL THAT WAS SYMMETRIZED TO 5 AND FITTED IN THE LARGE TERMINASE EM VOLUME. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2355. (DEPOSITION ID: 11611).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: VOLUMETRIC CORRELATION
詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--HOMOLOGY MODEL BASED ON PDB 3CPE
原子モデル構築PDB-ID: 3CPE

3cpe


Accession code: 3CPE / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18855 0 0 0 18855

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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