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万見
- PDB-4a82: Fitted model of staphylococcus aureus sav1866 model ABC transport... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a82
タイトルFitted model of staphylococcus aureus sav1866 model ABC transporter in the human cystic fibrosis transmembrane conductance regulator volume map EMD-1966.
要素CYSTIC FIBROSIS TRANSMEMBRANE CONDUCTANCE REGULATOR
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CYSTIC FIBROSIS / CFTR / ION CHANNEL / CASSETTE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative multidrug export ATP-binding/permease protein SAV1866
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者Rosenberg, M.F. / ORyan, L.P. / Hughes, G. / Zhao, Z. / Aleksandrov, L.A. / Riordan, J.R. / Ford, R.C.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2011
タイトル: The cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR): three-dimensional structure and localization of a channel gate.
著者: Mark F Rosenberg / Liam P O'Ryan / Guy Hughes / Zhefeng Zhao / Luba A Aleksandrov / John R Riordan / Robert C Ford /
要旨: Cystic fibrosis affects about 1 in 2500 live births and involves loss of transmembrane chloride flux due to a lack of a membrane protein channel termed the cystic fibrosis transmembrane conductance ...Cystic fibrosis affects about 1 in 2500 live births and involves loss of transmembrane chloride flux due to a lack of a membrane protein channel termed the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR). We have studied CFTR structure by electron crystallography. The data were compared with existing structures of other ATP-binding cassette transporters. The protein was crystallized in the outward facing state and resembled the well characterized Sav1866 transporter. We identified regions in the CFTR map, not accounted for by Sav1866, which were potential locations for the regulatory region as well as the channel gate. In this analysis, we were aided by the fact that the unit cell was composed of two molecules not related by crystallographic symmetry. We also identified regions in the fitted Sav1866 model that were missing from the map, hence regions that were either disordered in CFTR or differently organized compared with Sav1866. Apart from the N and C termini, this indicated that in CFTR, the cytoplasmic end of transmembrane helix 5/11 and its associated loop could be partly disordered (or alternatively located).
履歴
登録2011年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Derived calculations / Other
改定 1.22024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation / em_image_scans / em_single_particle_entity / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYSTIC FIBROSIS TRANSMEMBRANE CONDUCTANCE REGULATOR
B: CYSTIC FIBROSIS TRANSMEMBRANE CONDUCTANCE REGULATOR
C: CYSTIC FIBROSIS TRANSMEMBRANE CONDUCTANCE REGULATOR
D: CYSTIC FIBROSIS TRANSMEMBRANE CONDUCTANCE REGULATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,7364
ポリマ－259,7364
非ポリマー00
水00
1
A: CYSTIC FIBROSIS TRANSMEMBRANE CONDUCTANCE REGULATOR
B: CYSTIC FIBROSIS TRANSMEMBRANE CONDUCTANCE REGULATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8682
ポリマ－129,8682
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: CYSTIC FIBROSIS TRANSMEMBRANE CONDUCTANCE REGULATOR
D: CYSTIC FIBROSIS TRANSMEMBRANE CONDUCTANCE REGULATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8682
ポリマ－129,8682
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.300, 75.800, 300.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 125.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
CYSTIC FIBROSIS TRANSMEMBRANE CONDUCTANCE REGULATOR


分子量: 64933.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: STABLY TRANSFECTED BHK CELLS. / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q99T13*PLUS
配列の詳細THE FITTED MODEL IS DERIVED FROM THE PDB ENTRY 2HYD WHICH COMES FROM A BACTERIAL SOURCE ...THE FITTED MODEL IS DERIVED FROM THE PDB ENTRY 2HYD WHICH COMES FROM A BACTERIAL SOURCE (STAPHYLOCOCCUS AUREUS), BUT THE EXPERIMENTAL SOURCE FOR THE ELECTROM MICROSCOPY VOLUME MAP 1966 IS FROM HUMAN.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 140
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: staphylococcus aureus sav1866 model ABC transporter in the human cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 100 nm
撮影フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
回折平均測定温度: 97 K
放射散乱光タイプ: electron
放射波長相対比: 1
反射解像度: 7→300 Å / Num. obs: 13694 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
2DXモデル構築
2DX精密化
2DXデータスケーリング
2DX位相決定
3次元再構成解像度: 9 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 2D CRYSTAL
精密化解像度: 9→9 Å / σ(F): 2
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1966. (DEPOSITION ID: 10250). IN ORDER TO PROVIDE A DENSITY MAP FOR EMDB THAT THEY COULD HANDLE, AUTHORS DEPOSITED A MAP WHICH HAD BEEN ...詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1966. (DEPOSITION ID: 10250). IN ORDER TO PROVIDE A DENSITY MAP FOR EMDB THAT THEY COULD HANDLE, AUTHORS DEPOSITED A MAP WHICH HAD BEEN EXTENDED ALONG A AND B AND THEN CROPPED TO CONTAIN ROUGHLY 2 UNIT CELLS. HENCE THE DIMENSIONS 140.7, 158.84, 247.5 REPRESENT ROUGHLY (NOT EXACTLY) 2 UNIT CELLS. IN ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY THE C DIMENSION IS SET TO BE LARGER THA THE EXPECTED THICKNESS OF THE CRYSTAL (IN THIS CASE 300 ANGSTROM WA USED) AS THE CRYSTAL IS A SINGLE UNIT CELL THICK. THE THICKNESS OF 247.5 ANGSTROM ENCLOSES THE SIGNIFICANT DENSITY IN THE MAP WITH A FEW ANGSTROMS TO SPARE ON EACH SIDE OF THE CRYSTAL.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.37 --
obs-3097 60.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9248 0 0 0 9248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_bond_d0.007
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_bond_d_na
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_bond_d_prot
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_angle_d
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_angle_d_na
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_angle_d_prot
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_angle_deg1
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_angle_deg_na
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_angle_deg_prot
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_dihedral_angle_d
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_dihedral_angle_d_na
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_dihedral_angle_d_prot
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_improper_angle_d
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_improper_angle_d_na
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_improper_angle_d_prot
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_mcbond_it
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_mcangle_it
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_scbond_it
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYo_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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