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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jco | ||||||
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タイトル | Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / protein complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SAGA complex localization to transcription regulatory region / Metalloprotease DUBs / peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / transcription export complex 2 / proteasome regulatory particle assembly / protein deneddylation / nonfunctional rRNA decay / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth ...SAGA complex localization to transcription regulatory region / Metalloprotease DUBs / peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / transcription export complex 2 / proteasome regulatory particle assembly / protein deneddylation / nonfunctional rRNA decay / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / protein-containing complex localization / proteasome-activating activity / mitochondrial fission / metal-dependent deubiquitinase activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / proteasome binding / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / peptide catabolic process / protein deubiquitination / regulation of protein catabolic process / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / mRNA export from nucleus / enzyme regulator activity / ERAD pathway / protein folding chaperone / Neutrophil degranulation / proteasome complex / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of protein catabolic process / metallopeptidase activity / peroxisome / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / protein domain specific binding / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||
データ登録者 | Luan, B. / Huang, X.L. / Wu, J.P. / Shi, Y.G. / Wang, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016 タイトル: Structure of an endogenous yeast 26S proteasome reveals two major conformational states. 著者: Bai Luan / Xiuliang Huang / Jianping Wu / Ziqing Mei / Yiwei Wang / Xiaobin Xue / Chuangye Yan / Jiawei Wang / Daniel J Finley / Yigong Shi / Feng Wang / 要旨: The eukaryotic proteasome mediates degradation of polyubiquitinated proteins. Here we report the single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the endogenous 26S proteasome from ...The eukaryotic proteasome mediates degradation of polyubiquitinated proteins. Here we report the single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the endogenous 26S proteasome from Saccharomyces cerevisiae at 4.6- to 6.3-Å resolution. The fine features of the cryo-EM maps allow modeling of 18 subunits in the regulatory particle and 28 in the core particle. The proteasome exhibits two distinct conformational states, designated M1 and M2, which correspond to those reported previously for the proteasome purified in the presence of ATP-γS and ATP, respectively. These conformations also correspond to those of the proteasome in the presence and absence of exogenous substrate. Structure-guided biochemical analysis reveals enhanced deubiquitylating enzyme activity of Rpn11 upon assembly of the lid. Our structures serve as a molecular basis for mechanistic understanding of proteasome function. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 3jco.cif.gz | 2.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jco.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
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文書・要旨 | 3jco_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3jco_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3jco_validation.xml.gz | 290.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3jco_validation.cif.gz | 471.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/3jco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/3jco | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 18293h4i5j6k7l
#1: タンパク質 | 分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 23573.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex #4: タンパク質 | 分子量: 28299.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #6: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #7: タンパク質 | 分子量: 31670.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex |
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-Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 AaBbCcDdEeFf
#8: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #13: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex |
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-タンパク質 , 4種, 5分子 GgLVY
#14: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #19: タンパク質 | | 分子量: 49480.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53549 #29: タンパク質 | | 分子量: 34442.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43588, ubiquitinyl hydrolase 1 #32: タンパク質 | | 分子量: 10397.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O94742 |
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-26S protease regulatory subunit ... , 5種, 5分子 HIJKM
#15: タンパク質 | 分子量: 52054.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33299 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 48898.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40327 |
#17: タンパク質 | 分子量: 45342.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q01939 |
#18: タンパク質 | 分子量: 47953.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33298 |
#20: タンパク質 | 分子量: 48315.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33297 |
-26S proteasome regulatory subunit ... , 11種, 11分子 NOPQRSTUWXZ
#21: タンパク質 | 分子量: 104351.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32565 |
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#22: タンパク質 | 分子量: 45839.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04062 |
#23: タンパク質 | 分子量: 51840.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12250 |
#24: タンパク質 | 分子量: 49839.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12377 |
#25: タンパク質 | 分子量: 49016.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06103 |
#26: タンパク質 | 分子量: 60464.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40016 |
#27: タンパク質 | 分子量: 31952.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32496 |
#28: タンパク質 | 分子量: 38365.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08723 |
#30: タンパク質 | 分子量: 29776.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38886 |
#31: タンパク質 | 分子量: 17919.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13563 |
#33: タンパク質 | 分子量: 109601.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38764 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 2.5 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
緩衝液 | 名称: 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP / pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP | ||||||||||||
試料 | 濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | 詳細: Qu antifoil Cu R2.0/2.0 200 mesh | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年11月2日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 nm / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: each micrograph | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81782 詳細: (Single particle details: The particles were selected in RELION and manully checked. Class3D and refinement were performed in RELION.) (Single particle--Applied symmetry: C1) 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--The domains were separately fitted in Chimera and then manually checked in Coot. The final model is refined with Phenix. | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4CR4 Accession code: 4CR4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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