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- PDB-3jbq: Domain Organization and Conformational Plasticity of the G Protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jbq
タイトルDomain Organization and Conformational Plasticity of the G Protein Effector, PDE6
要素
  • (IgG1-kappa 2E8 ...) x 2
  • (phosphodiesterase ...) x 2
  • GafA domain of cone phosphodiesterase 6C
  • GafB domain of phosphodiesterase 2A
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Phosphodiesterase / photoreceptor / PDE6 / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP effects / Smooth Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / GMP catabolic process / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / cellular response to cGMP / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade ...cGMP effects / Smooth Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / GMP catabolic process / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / cellular response to cGMP / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / positive regulation of vascular permeability / ion binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / response to stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of mitochondrion organization / Ca2+ pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / photoreceptor outer segment membrane / cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / regulation of cAMP-mediated signaling / visual perception / cAMP-mediated signaling / synaptic membrane / photoreceptor disc membrane / positive regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / presynaptic membrane / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / molecular adaptor activity / mitochondrial matrix / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma / cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase / Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha' / cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11 Å
データ登録者Zhang, Z. / He, F. / Constantine, R. / Baker, M.L. / Baehr, W. / Schmid, M.F. / Wensel, T.G. / Agosto, M.A.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2015
タイトル: Domain organization and conformational plasticity of the G protein effector, PDE6.
著者: Zhixian Zhang / Feng He / Ryan Constantine / Matthew L Baker / Wolfgang Baehr / Michael F Schmid / Theodore G Wensel / Melina A Agosto /
要旨: The cGMP phosphodiesterase of rod photoreceptor cells, PDE6, is the key effector enzyme in phototransduction. Two large catalytic subunits, PDE6α and -β, each contain one catalytic domain and two ...The cGMP phosphodiesterase of rod photoreceptor cells, PDE6, is the key effector enzyme in phototransduction. Two large catalytic subunits, PDE6α and -β, each contain one catalytic domain and two non-catalytic GAF domains, whereas two small inhibitory PDE6γ subunits allow tight regulation by the G protein transducin. The structure of holo-PDE6 in complex with the ROS-1 antibody Fab fragment was determined by cryo-electron microscopy. The ∼11 Å map revealed previously unseen features of PDE6, and each domain was readily fit with high resolution structures. A structure of PDE6 in complex with prenyl-binding protein (PrBP/δ) indicated the location of the PDE6 C-terminal prenylations. Reconstructions of complexes with Fab fragments bound to N or C termini of PDE6γ revealed that PDE6γ stretches from the catalytic domain at one end of the holoenzyme to the GAF-A domain at the other. Removal of PDE6γ caused dramatic structural rearrangements, which were reversed upon its restoration.
履歴
登録2015年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6258
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
L: IgG1-kappa 2E8 light chain
H: IgG1-kappa 2E8 heavy chain
B: phosphodiesterase 5/6 chimera catalytic domain
D: phosphodiesterase 6 gamma subunit inhibitory peptide
C: GafB domain of phosphodiesterase 2A
F: phosphodiesterase 5/6 chimera catalytic domain
X: phosphodiesterase 6 gamma subunit inhibitory peptide
G: GafB domain of phosphodiesterase 2A
l: IgG1-kappa 2E8 light chain
h: IgG1-kappa 2E8 heavy chain
1: GafA domain of cone phosphodiesterase 6C
2: GafA domain of cone phosphodiesterase 6C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,03212
ポリマ－260,03212
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Phosphodiesterase ... , 2種, 4分子 BFDX

#3: タンパク質 phosphodiesterase 5/6 chimera catalytic domain / cGMP-specific 3' / 5'-cyclic phosphodiesterase / cone cGMP-specific 3' / 5'-cyclic ...cGMP-specific 3' / 5'-cyclic phosphodiesterase / cone cGMP-specific 3' / 5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha' chimera


分子量: 38282.086 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Cell: photoreceptor / 細胞内の位置: disk membrane / Organelle: outer segment / 組織: retina / 参照: UniProt: Q28156*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド phosphodiesterase 6 gamma subunit inhibitory peptide / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3' / 5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma / GMP-PDE gamma


分子量: 2185.436 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 70-87 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Cell: photoreceptor / 細胞内の位置: disk membrane / Organelle: outer segment / 組織: retina / 参照: UniProt: P04972

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タンパク質 , 2種, 4分子 CG12

#5: タンパク質 GafB domain of phosphodiesterase 2A / cGMP-dependent 3' / 5'-cyclic phosphodiesterase


分子量: 20671.434 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Cell: photoreceptor / 細胞内の位置: disk membrane / Organelle: outer segment / 組織: retina / 参照: UniProt: P14099*PLUS
#6: タンパク質 GafA domain of cone phosphodiesterase 6C / cone cGMP-specific 3' / 5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha'


分子量: 21554.822 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Cell: photoreceptor / 細胞内の位置: disk membrane / Organelle: outer segment / 組織: retina / 参照: UniProt: P52731*PLUS

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抗体 , 2種, 4分子 LlHh

#1: 抗体 IgG1-kappa 2E8 light chain


分子量: 23540.990 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: Ascites fluid
#2: 抗体 IgG1-kappa 2E8 heavy chain


分子量: 23781.471 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: Ascites fluid

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詳細

配列の詳細THE IMAGED PDE6 WAS DERIVED FROM BOS TAURUS, BUT SOME MODELED SEQUENCES ARE FROM HOMO SAPIENS ...THE IMAGED PDE6 WAS DERIVED FROM BOS TAURUS, BUT SOME MODELED SEQUENCES ARE FROM HOMO SAPIENS (CHAINS B, C, F, G) OR GALLUS GALLUS (CHAINS 1, 2). THE PHOSPHODIESTERASE 2A STRUCTURE WAS DETERMINED WITH FULL-LENGTH PROTEIN, BUT ONLY RESIDUES 387-571 WERE USED IN THE FITTED MODEL (CHAINS C, G).

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1Bovine rod PDE6 holoenzyme in complex with the Fab fragment of monoclonal antibody ROS-1COMPLEXTwo Fab molecules bind to PDE60
2Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase1
3Fab fragment of monoclonal antibody ROS-11
分子量値: 0.32 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 400 mesh glow-discharged Quantifoil grids with 2.0 Angstrom holes
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / Temp: 93 K / 湿度: 95 %
詳細: Applied 3 uL of sample per grid and blotted for 1 second before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
手法: Applied 3 ul of sample per grid, blotted for 1 second before plunging

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 2010F / 日付: 2011年8月8日 / 詳細: Parallel beam illumination
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / Cs: 2 mm
非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification.
カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 最高温度: 94 K
撮影電子線照射量: 15 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: FEI
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1PHENIXモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3EMAN３次元再構成
CTF補正詳細: by particle using CtFit
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12373 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.81 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.81 Å
詳細: A total of 21100 particles were picked from ice images and CTF-corrected using Ctfit. Initial three-dimensional models were generated from either reference-free class averages or from a ...詳細: A total of 21100 particles were picked from ice images and CTF-corrected using Ctfit. Initial three-dimensional models were generated from either reference-free class averages or from a cylinder. The two models were essentially similar. Three noise-seeded models were generated and used as initial models in Multirefine. A model with two Ros-1 Fabs bound emerged from a population of 15000 particles and was subjected to further refinement using standard iterative projection matching, class averaging, and Fourier reconstruction. The final three-dimensional map with C2 symmetry was generated from 12373 particles.
クラス平均像の数: 20 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body refinement DETAILS--The domains were fit using Chimera. The model was refined using Phenix real-space refinement.
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
13DBA

3dba

B1
23IBJ

3ibj

A1
33JWR

3jwr

B1
43JWR

3jwr

D1
51200000000H1
61200000000L1
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17450 0 0 0 17450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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