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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j9o | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of a type VI secretion system | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / T6SS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Clemens, D.L. / Ge, P. / Lee, B.-Y. / Horwitz, M.A. / Zhou, Z.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2015 タイトル: Atomic structure of T6SS reveals interlaced array essential to function. 著者: Daniel L Clemens / Peng Ge / Bai-Yu Lee / Marcus A Horwitz / Z Hong Zhou / 要旨: Type VI secretion systems (T6SSs) are newly identified contractile nanomachines that translocate effector proteins across bacterial membranes. The Francisella pathogenicity island, required for ...Type VI secretion systems (T6SSs) are newly identified contractile nanomachines that translocate effector proteins across bacterial membranes. The Francisella pathogenicity island, required for bacterial phagosome escape, intracellular replication, and virulence, was presumed to encode a T6SS-like apparatus. Here, we experimentally confirm the identity of this T6SS and, by cryo electron microscopy (cryoEM), show the structure of its post-contraction sheath at 3.7 Å resolution. We demonstrate the assembly of this T6SS by IglA/IglB and secretion of its putative effector proteins in response to environmental stimuli. The sheath has a quaternary structure with handedness opposite that of contracted sheath of T4 phage tail and is organized in an interlaced two-dimensional array by means of β sheet augmentation. By structure-based mutagenesis, we show that this interlacing is essential to secretion, phagosomal escape, and intracellular replication. Our atomic model of the T6SS will facilitate design of drugs targeting this highly prevalent secretion apparatus. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j9o.cif.gz | 609.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j9o.ent.gz | 508.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j9o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/3j9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/3j9o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 10
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3 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 10 / Rise per n subunits: 20.8 Å / Rotation per n subunits: -33.4 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21004.932 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア) 参照: UniProt: A0Q7I5 #2: タンパク質 | 分子量: 57942.254 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア) 参照: UniProt: A0Q7I4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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緩衝液 | 名称: TBS / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 0.9% NaCl | ||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 200 mesh Quantifoil 1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 100 % / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年3月1日 / 詳細: K2 Summit in Counting mode |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / 非点収差: Software / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 温度: 80 K |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 1644 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: each particle | ||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 33.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 20.8 Å / らせん対称軸の対称性: C6 詳細: One asymmetric unit contains a heterodimer of IglA/IglB | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Relion / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ピクセルサイズ(公称値): 1 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1 Å / 詳細: (Helical Details: Relion-based IHRSR) / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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