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万見
- PDB-3j93: Fitting of Fab into the cryoEM density map of EV71 procapsid in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j93
タイトルFitting of Fab into the cryoEM density map of EV71 procapsid in complex with Fab22A12
要素
  • neutralizing antibody 22A12, heavy chain
  • neutralizing antibody 22A12, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / EV71 / Fab22A12
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å
データ登録者Shingler, K.L. / Cifuente, J.O. / Ashley, R.E. / Makhov, A.M. / Conway, J.F. / Hafenstein, S.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2015
タイトル: The enterovirus 71 procapsid binds neutralizing antibodies and rescues virus infection in vitro.
著者: Kristin L Shingler / Javier O Cifuente / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Susan Hafenstein /
要旨: Enterovirus 71 (EV71) is responsible for seasonal outbreaks of hand, foot, and mouth disease in the Asia-Pacific region. The virus has the capability to cause severe disease and death, especially in ...Enterovirus 71 (EV71) is responsible for seasonal outbreaks of hand, foot, and mouth disease in the Asia-Pacific region. The virus has the capability to cause severe disease and death, especially in young children. Although several vaccines are currently in clinical trials, no vaccines or therapeutics have been approved for use. Previous structural studies have revealed that two antigenically distinct capsid forms are produced in EV71-infected cells: an expanded empty capsid, sometimes called a procapsid, and the infectious virus. Specifically, an immunodominant epitope of EV71 that maps to the virus canyon is structurally different in the procapsid and virus. This structure-function study shows that the procapsid can sequester antibodies, thus enhancing EV71 infection in vitro. The results presented here suggest that, due to conformational differences between the EV71 procapsid and virus, the presence of the procapsid in natural virus infections should be considered in the future design of vaccines or therapeutics.
IMPORTANCE: In a picornavirus infection, both an infectious and a noninfectious empty capsid, sometimes referred to as a procapsid, are produced. It was novel to discover that the procapsid form of ...IMPORTANCE: In a picornavirus infection, both an infectious and a noninfectious empty capsid, sometimes referred to as a procapsid, are produced. It was novel to discover that the procapsid form of EV71 was expanded and antigenically distinct from the infectious virus. Previously, it had been supposed that this empty capsid was an off-pathway dead end or at best served for storage of pentameric subunits, which was later shown to be unlikely. It remains unexplained why picornaviruses evolutionarily conserve the wasteful production of so much noninfectious capsid. Here, we demonstrate that the EV71 procapsid has different antigenic properties than the infectious virus. Thus, the procapsid has the capacity to sequester neutralizing antibody and protect the virus, promoting or restoring a successful infection in vitro. This important observation should be considered in the future design and development of vaccines and therapeutics.
履歴
登録2014年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Other
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6200
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  • PDB-3j91 との合成表示
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6200
  • + PDB-3j91
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: neutralizing antibody 22A12, light chain
H: neutralizing antibody 22A12, heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6112
ポリマ－46,6112
非ポリマー00
水00
1
L: neutralizing antibody 22A12, light chain
H: neutralizing antibody 22A12, heavy chain
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,796,653120
ポリマ－2,796,653120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
L: neutralizing antibody 22A12, light chain
H: neutralizing antibody 22A12, heavy chain
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 233 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,05410
ポリマ－233,05410
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
L: neutralizing antibody 22A12, light chain
H: neutralizing antibody 22A12, heavy chain
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 280 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,66512
ポリマ－279,66512
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: 抗体 neutralizing antibody 22A12, light chain / Fab22A12


分子量: 23261.770 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 neutralizing antibody 22A12, heavy chain / Fab22A12


分子量: 23349.105 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1Fab fragment of 22A12 monoclonal antibody bound to Enterovirus 71 procapsid at the VP1 GH LoopCOMPLEX0
2Human enterovirus 71VIRUS1
3neutralizing antibody 22A12 Fab1
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens / 株: HeLa
緩衝液名称: 10 mM Tris, 200 mM NaCl, 50 mM MgCl2 / pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris, 200 mM NaCl, 50 mM MgCl2
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: holey carbon Quantifoil EM grids
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE
詳細: Plunged into ethane-propane mixture (FEI VITROBOT MARK III)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2011年7月15日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / Cs: 2 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Situsモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3Auto3DEM３次元再構成
4EMAN1３次元再構成
5EMAN2３次元再構成
CTF補正詳細: CTFFind3
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: Single Particle Reconstruction / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 15226 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.27 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.27 Å
詳細: (Single particle details: Processing was completed with EMAN2 and AUTO3DEM) (Single particle--Applied symmetry: I)
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3GK8

3gk8


Accession code: 3GK8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3283 0 0 0 3283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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