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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j83 | ||||||
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タイトル | Heptameric EspB Rosetta model guided by EM density | ||||||
要素 | ESX-1 secretion-associated protein EspB | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING | ||||||
機能・相同性 | ESX-1 secretion-associated protein EspB, PE domain / ESX-1 secreted protein B PE domain / protein secretion by the type VII secretion system / PPE superfamily / biological process involved in interaction with host / extracellular region / identical protein binding / ESX-1 secretion-associated protein EspB 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30 Å | ||||||
データ登録者 | Solomonson, M. / DiMaio, F. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: Structure of EspB from the ESX-1 type VII secretion system and insights into its export mechanism. 著者: Matthew Solomonson / Dheva Setiaputra / Karl A T Makepeace / Emilie Lameignere / Evgeniy V Petrotchenko / Deborah G Conrady / Julien R Bergeron / Marija Vuckovic / Frank DiMaio / Christoph H ...著者: Matthew Solomonson / Dheva Setiaputra / Karl A T Makepeace / Emilie Lameignere / Evgeniy V Petrotchenko / Deborah G Conrady / Julien R Bergeron / Marija Vuckovic / Frank DiMaio / Christoph H Borchers / Calvin K Yip / Natalie C J Strynadka / 要旨: Mycobacterium tuberculosis (Mtb) uses the ESX-1 type VII secretion system to export virulence proteins across its lipid-rich cell wall, which helps permeabilize the host's macrophage phagosomal ...Mycobacterium tuberculosis (Mtb) uses the ESX-1 type VII secretion system to export virulence proteins across its lipid-rich cell wall, which helps permeabilize the host's macrophage phagosomal membrane, facilitating the escape and cell-to-cell spread of Mtb. ESX-1 membranolytic activity depends on a set of specialized secreted Esp proteins, the structure and specific roles of which are not currently understood. Here, we report the X-ray and electron microscopic structures of the ESX-1-secreted EspB. We demonstrate that EspB adopts a PE/PPE-like fold that mediates oligomerization with apparent heptameric symmetry, generating a barrel-shaped structure with a central pore that we propose contributes to the macrophage killing functions of EspB. Our structural data also reveal unexpected direct interactions between the EspB bipartite secretion signal sequence elements that form a unified aromatic surface. These findings provide insight into how specialized proteins encoded within the ESX-1 locus are targeted for secretion, and for the first time indicate an oligomerization-dependent role for Esp virulence factors. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j83.cif.gz | 593.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j83.ent.gz | 488 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j83_validation.pdf.gz | 820.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j83_full_validation.pdf.gz | 832.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3j83_validation.xml.gz | 48.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j83_validation.cif.gz | 68.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/3j83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/3j83 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39554.656 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 1-348 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: espB, mtb48, Rv3881c, MTV027.16c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJD9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterial protein / タイプ: COMPLEX |
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分子量 | 値: 0.23 MDa / 実験値: YES |
緩衝液 | 名称: 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl |
試料 | 濃度: 0.01 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO 詳細: Protein was adsorbed onto grid, quickly blotted, and floated on 1% uranyl formate solution for 30 seconds. |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: uranyl formate |
試料支持 | 詳細: 200 mesh gold grid with thin carbon support, glow discharged |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI SPIRIT / 日付: 2013年8月28日 / 詳細: Low dose |
電子銃 | 電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 49000 X / 倍率(補正後): 65900 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC 資料ホルダタイプ: side entry room temperature tomography holder 温度: 298 K |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 50 |
-解析
EMソフトウェア |
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対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 30 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 1455 / ピクセルサイズ(公称値): 4.7 Å / ピクセルサイズ(実測値): 4.7 Å 詳細: Initial reconstructions were determined from a side-view 2D average based on observed 7-fold symmetry of the top view using a rotational extrusion method. The initial model was then refined ...詳細: Initial reconstructions were determined from a side-view 2D average based on observed 7-fold symmetry of the top view using a rotational extrusion method. The initial model was then refined in 6 iterations with EMAN2 using untilted particles. (Single particle--Applied symmetry: C7) クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: RMSD / Rosetta score 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--Homology model generated from PDB coordinates and used for symmetric docking in Rosetta. | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4WJ1 PDB chain-ID: A / Accession code: 4WJ1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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