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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gzu | ||||||
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タイトル | VP7 recoated rotavirus DLP | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / rotavirus / VP7 / VP6 / VP2 / 7RP / DLP / Capsid protein / Metal-binding / Virion / Zinc / Core protein / RNA-binding / Icosaderal virus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral intermediate capsid / T=13 icosahedral viral capsid / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral nucleocapsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rotavirus A (ロタウイルス A) Rhesus Rotavirus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, J.Z. / Settembre, E.C. / Harrison, S.C. / Grigorieff, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009 タイトル: Molecular interactions in rotavirus assembly and uncoating seen by high-resolution cryo-EM. 著者: James Z Chen / Ethan C Settembre / Scott T Aoki / Xing Zhang / A Richard Bellamy / Philip R Dormitzer / Stephen C Harrison / Nikolaus Grigorieff / 要旨: Rotaviruses, major causes of childhood gastroenteritis, are nonenveloped, icosahedral particles with double-strand RNA genomes. By the use of electron cryomicroscopy and single-particle ...Rotaviruses, major causes of childhood gastroenteritis, are nonenveloped, icosahedral particles with double-strand RNA genomes. By the use of electron cryomicroscopy and single-particle reconstruction, we have visualized a rotavirus particle comprising the inner capsid coated with the trimeric outer-layer protein, VP7, at a resolution (4 A) comparable with that of X-ray crystallography. We have traced the VP7 polypeptide chain, including parts not seen in its X-ray crystal structure. The 3 well-ordered, 30-residue, N-terminal "arms" of each VP7 trimer grip the underlying trimer of VP6, an inner-capsid protein. Structural differences between free and particle-bound VP7 and between free and VP7-coated inner capsids may regulate mRNA transcription and release. The Ca(2+)-stabilized VP7 intratrimer contact region, which presents important neutralizing epitopes, is unaltered upon capsid binding. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gzu.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gzu.ent.gz | 994.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gzu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3gzu_validation.pdf.gz | 930.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3gzu_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3gzu_validation.xml.gz | 218.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3gzu_validation.cif.gz | 319.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/3gzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/3gzu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 93127.438 Da / 分子数: 2 / 断片: VP2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: B2BMF8, UniProt: B2BMD1*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 44879.641 Da / 分子数: 13 / 断片: VP6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhesus Rotavirus (ウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P04509 #3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: VP7 recoated rotavirus DLP / タイプ: VIRUS / 詳細: capsid protein VP7. VP6 and VP2 |
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ウイルスについての詳細 | ホストのカテゴリ: REOVIRIDAE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
天然宿主 | 生物種: Bos taurus |
緩衝液 | 名称: 20mM TrisHCl, 50mM NaCl, 2mM CaCl2 / pH: 8 / 詳細: 20mM TrisHCl, 50mM NaCl, 2mM CaCl2 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: C-flat grids |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: manual plunging at 90K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2007年12月1日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 58168 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 90 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM / 詳細: Kodak ISO163 |
-解析
CTF補正 | 詳細: individual particle CTF | ||||||||||||
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対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: projection matching and refinement using FEALIGN / 解像度: 3.8 Å / 粒子像の数: 3780 / ピクセルサイズ(公称値): 1.233 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.233 Å / 倍率補正: 58168 / 詳細: projection matching by FREALIGN / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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