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万見
- PDB-26vb: D-pantothenic acid-bound SMVT in the occluded state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 26vb
タイトルD-pantothenic acid-bound SMVT in the occluded state
要素Sodium-dependent multivitamin transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Sodium-dependent multivitamin transporter / SMVT / SLC5A6 / D-pantothenic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium-dependent multivitamin transmembrane transporter activity / pantothenate transmembrane transporter activity / pantothenate:sodium symporter activity / pantothenate transmembrane transport / biotin import across plasma membrane / Transport of vitamins, nucleosides, and related molecules / vitamin transmembrane transporter activity / iodide transmembrane transport / biotin metabolic process / biotin transmembrane transporter activity ...sodium-dependent multivitamin transmembrane transporter activity / pantothenate transmembrane transporter activity / pantothenate:sodium symporter activity / pantothenate transmembrane transport / biotin import across plasma membrane / Transport of vitamins, nucleosides, and related molecules / vitamin transmembrane transporter activity / iodide transmembrane transport / biotin metabolic process / biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / iodide transmembrane transporter activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / Biotin transport and metabolism / sodium ion transport / transport across blood-brain barrier / basal plasma membrane / brush border membrane / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium:solute symporter family signature 1. / Sodium/solute symporter, conserved site / Sodium/solute symporter / Sodium/glucose symporter superfamily / Sodium:solute symporter family / Sodium:solute symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PANTOTHENOIC ACID / Sodium-dependent multivitamin transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zhang, Z. / Zhen, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32471252 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structural basis for multivitamin recognition and transport by human SMVT.
著者: Qiuxin Zhen / Mingshuai Wang / Zhe Zhang /
要旨: The human sodium-dependent multivitamin transporter (SMVT, SLC5A6) mediates cellular uptake of essential metabolic cofactors, including biotin, pantothenate, and lipoate. Its dysfunction is ...The human sodium-dependent multivitamin transporter (SMVT, SLC5A6) mediates cellular uptake of essential metabolic cofactors, including biotin, pantothenate, and lipoate. Its dysfunction is associated with neurological disorders, metabolic abnormalities, and cancer. However, the molecular mechanism underlying its multi-substrate transport has remained elusive. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human SMVT in three conformational states: occluded, outward-open, and inward-open. These structural snapshots capture the complete transport cycle and reveal a conserved substrate-binding pocket near a kinked transmembrane helix (TM1). Within this pocket, substrate carboxyl groups are electrostatically anchored, while distinct chemical moieties interact with specific polar and hydrophobic residues. Functional assays identify key binding residues and elucidate the pathogenic effects of disease-associated mutations. Further structural analysis delineates the principles of substrate discrimination within the SLC5 transporter family. Together, our work provides a structural framework for SMVT's polyspecificity and lays a foundation for understanding related diseases and developing targeted therapeutic strategies.
履歴
登録2026年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium-dependent multivitamin transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2202
ポリマ－68,0011
非ポリマー2191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Sodium-dependent multivitamin transporter / Na(+)-dependent multivitamin transporter / hSMVT / Solute carrier family 5 member 6


分子量: 68000.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC5A6, SMVT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y289
#2: 化合物 ChemComp-PAU / PANTOTHENOIC ACID / N-[(2R)-2,4-DIHYDROXY-3,3-DIMETHYLBUTANOYL]-BETA-ALANINE


タイプ: peptide-like / 分子量: 219.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SMVT in complex with D-pantothenic acid in an occluded conformation
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.07 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.21_5207モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 259504 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.7 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0073962
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9875397
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.1781359
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.059628
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.008659

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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