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- PDB-23bb: Caspase-4 p20/p10 and human GSDMD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 23bb
タイトルCaspase-4 p20/p10 and human GSDMD
要素
  • (Caspase-4) x 2
  • Gasdermin-D
キーワードIMMUNE SYSTEM / Caspase-4 / Gasdermin D / Cryo-EM / Interdomain linker
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-4 / non-canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / pyroptotic cell death / non-canonical inflammasome complex assembly / NLRP1 inflammasome complex / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CARD domain binding / pore complex assembly / NLRP3 inflammasome complex ...caspase-4 / non-canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / pyroptotic cell death / non-canonical inflammasome complex assembly / NLRP1 inflammasome complex / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CARD domain binding / pore complex assembly / NLRP3 inflammasome complex / wide pore channel activity / Regulation of TLR by endogenous ligand / Interleukin-1 processing / phosphatidic acid binding / plasma membrane repair / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cardiolipin binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / ceramide biosynthetic process / phosphatidylserine binding / protein autoprocessing / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / protein secretion / pyroptotic inflammatory response / Pyroptosis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / lipopolysaccharide binding / protein maturation / NOD1/2 Signaling Pathway / protein homooligomerization / specific granule lumen / mitochondrial membrane / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of inflammatory response / tertiary granule lumen / positive regulation of neuron apoptotic process / regulation of inflammatory response / ficolin-1-rich granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / : / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gasdermin / Gasdermin, PUB domain / Gasdermin PUB domain / Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain / Caspase recruitment domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase C14 family ...Gasdermin / Gasdermin, PUB domain / Gasdermin PUB domain / Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain / Caspase recruitment domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase-4 / Gasdermin-D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Luan, Y. / Mao, Y.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)11774012 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structures of human caspase-4 in complex with full-length gasdermin D
著者: Luan, Y. / Chen, E.B. / Mao, Y.D.
履歴
登録2026年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Caspase-4
E: Caspase-4
C: Caspase-4
D: Caspase-4
A: Gasdermin-D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7535
ポリマ－111,7535
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Caspase-4 / Caspase-4 p20 / CASP-4 / ICE and Ced-3 homolog 2 / ICH-2 / ICE(rel)-II / Mih1 / Protease TX


分子量: 19026.771 Da / 分子数: 2 / 変異: C258A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP4, ICH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Clare coil / 参照: UniProt: P49662, caspase-4
#2: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / ICE and Ced-3 homolog 2 / ICH-2 / ICE(rel)-II / Mih1 / Protease TX


分子量: 10423.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP4, ICH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Clare coil / 参照: UniProt: P49662, caspase-4
#3: タンパク質 Gasdermin-D / Gasdermin domain-containing protein 1


分子量: 52851.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSDMD, DFNA5L, GSDMDC1, FKSG10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P57764
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Caspase-4 p20/p10 and GSDMD complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.113 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.22 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 594428 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.6 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037105
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4989622
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.545951
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391079
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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