ChemComp-P5L: (1S,4R,5S,6R,7S,9S,10S,11S,13S,14R)-9-[(2S,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: P5L
• 名称: 名称: (1S,4R,5S,6R,7S,9S,10S,11S,13S,14R)-9-[(2S,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-14-(hexadecanoyloxy)-5,6,13-trihydroxy-8,16-dioxa-2,11-diazatricyclo[9.3.1.1~4,7~]hexadecane-10-carboxylic acid; 別称: sphaerimicin analogue

Chemical information

組成

組成式: C₃₇H₆₀N₄O₁₄ / 原子数: 115 / 化学式量: 784.891 / 形式電荷: 0

その他

8cxr

タイプ: non-polymer / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: P5L / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 8CXR

履歴

作成	2022年5月25日
公開	2023年3月29日

• 外部リンク: UniChem / ChemSpider / PubChem / Wikipedia search / Google search

詳細

SMILES

• ACDLabs 12.01: O=C1C=CN(C(=O)N1)C1OC(C2OC3OC(CNC4CN(CC(O)C4OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC)C2C(=O)O)C(O)C3O)C(O)C1O
• CACTVS 3.385: CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)O[CH]1[CH](O)C[N]2C[CH]1NC[CH]3O[CH](O[CH]([CH]4O[CH]([CH](O)[CH]4O)N5C=CC(=O)NC5=O)[CH]2C(O)=O)[CH](O)[CH]3O
• OpenEye OEToolkits 2.0.7: CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC1C2CN(CC1O)C(C(OC3C(C(C(O3)CN2)O)O)C4C(C(C(O4)N5C=CC(=O)NC5=O)O)O)C(=O)O

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.385: CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@H]1[C@@H](O)C[N@@]2C[C@@H]1NC[C@H]3O[C@@H](O[C@H]([C@H]4O[C@H]([C@H](O)[C@@H]4O)N5C=CC(=O)NC5=O)[C@H]2C(O)=O)[C@H](O)[C@@H]3O
• OpenEye OEToolkits 2.0.7: CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)O[C@@H]1[C@@H]2C[N@@](C[C@@H]1O)[C@@H]([C@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)CN2)O)O)[C@@H]4[C@H]([C@H]([C@@H](O4)N5C=CC(=O)NC5=O)O)O)C(=O)O

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C37H60N4O14/c1-2-3-4-5-6-7-8-9-10-11-12-13-14-15-25(44)53-31-21-19-40(20-22(31)42)26(35(49)50)32(55-36-30(48)27(45)23(52-36)18-38-21)33-28(46)29(47)34(54-33)41-17-16-24(43)39-37(41)51/h16-17,21-23,26-34,36,38,42,45-48H,2-15,18-20H2,1H3,(H,49,50)(H,39,43,51)/t21-,22-,23+,26-,27+,28-,29+,30+,31+,32-,33-,34+,36-/m0/s1

InChIKey

• InChI 1.03: COFIPAYOUOZUCF-CYMFUPBNSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 12.01: (1S,4R,5S,6R,7S,9S,10S,11S,13S,14R)-9-[(2S,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-14-(hexadecanoyloxy)-5,6,13-trihydroxy-8,16-dioxa-2,11-diazatricyclo[9.3.1.1~4,7~]hexadecane-10-carboxylic acid
• OpenEye OEToolkits 2.0.7: (1~{S},4~{R},5~{S},6~{R},7~{S},9~{S},10~{S},11~{S},13~{S},14~{R})-9-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-14-hexadecanoyloxy-5,6,13-tris(oxidanyl)-8,16-dioxa-2,11-diazatricyclo[9.3.1.1^{4,7}]hexadecane-10-carboxylic acid

PDBエントリ

全1件を表示しています

PDB-8cxr:
Crystal structure of MraY bound to a sphaerimicin analogue