ChemComp-GRC: 5'-O-[(R)-{[(R)-[(R)-chloro(phosphono)methyl](hydroxy)phosphoryl]...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: GRC
• 名称: 名称: 5'-O-[(R)-{[(R)-[(R)-chloro(phosphono)methyl](hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-2'-deoxyguanosine; 日化辞名称: 2′-デオキシ-5′-グアニル酸ヒドロキシ[(R)-クロロ(ホスホノ)メチル]ホスフィノイル

Chemical information

組成

組成式: C₁₁H₁₇ClN₅O₁₂P₃ / 原子数: 49 / 化学式量: 539.653 / 形式電荷: 0

その他

4dob

タイプ: NON-POLYMER / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: GRC / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 4DOB

履歴

作成	2012年6月6日

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詳細

SMILES

• ACDLabs 12.01: O=P(O)(O)C(Cl)P(=O)(O)OP(=O)(O)OCC3OC(n2cnc1c2N=C(N)NC1=O)CC3O
• CACTVS 3.370: NC1=Nc2n(cnc2C(=O)N1)[CH]3C[CH](O)[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)[CH](Cl)[P](O)(O)=O)O3
• OpenEye OEToolkits 1.7.6: c1nc2c(n1C3CC(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(C(P(=O)(O)O)Cl)O)O)N=C(NC2=O)N

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.370: NC1=Nc2n(cnc2C(=O)N1)[C@H]3C[C@H](O)[C@@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)[C@H](Cl)[P](O)(O)=O)O3
• OpenEye OEToolkits 1.7.6: c1nc2c(n1[C@H]3C[C@@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)OP(=O)([C@@H](P(=O)(O)O)Cl)O)O)N=C(NC2=O)N

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C11H17ClN5O12P3/c12-10(30(20,21)22)31(23,24)29-32(25,26)27-2-5-4(18)1-6(28-5)17-3-14-7-8(17)15-11(13)16-9(7)19/h3-6,10,18H,1-2H2,(H,23,24)(H,25,26)(H2,20,21,22)(H3,13,15,16,19)/t4-,5+,6+,10+/m0/s1

InChIKey

• InChI 1.03: GBPRSSRXOIDBNV-AVAJSQPUSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 12.01: 5'-O-[(R)-{[(R)-[(R)-chloro(phosphono)methyl](hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-2'-deoxyguanosine
• OpenEye OEToolkits 1.7.6: [(R)-[[[(2R,3S,5R)-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1H-purin-9-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]-chloranyl-methyl]phosphonic acid

PDBエントリ

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PDB-4dob:
Ternary complex of DNA polymerase beta with a dideoxy terminated primer and 2'-deoxyguanosine 5'-beta, gamma-monochlororomethylene triphosphate: Stereoselective binding of R-isomer