ChemComp-FDY: 5'-O-[(R)-{[(R)-[(R)-fluoro(phosphono)methyl](hydroxy)phosphoryl]...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: FDY
• 名称: 名称: 5'-O-[(R)-{[(R)-[(R)-fluoro(phosphono)methyl](hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]thymidine

Chemical information

組成

組成式: C₁₁H₁₈FN₂O₁₃P₃ / 原子数: 48 / 化学式量: 498.186 / 形式電荷: 0

その他

6ctk

タイプ: NON-POLYMER / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: FDY / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 6CTK

履歴

作成	2018年3月26日
公開	2018年6月20日

• 外部リンク: UniChem / ChemSpider / PubChem / Wikipedia search / Google search

詳細

SMILES

• ACDLabs 12.01: C1(NC(=O)C(C)=CN1C2OC(C(C2)O)COP(=O)(O)OP(O)(C(P(O)(O)=O)F)=O)=O
• CACTVS 3.385: CC1=CN([CH]2C[CH](O)[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)[CH](F)[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: CC1=CN(C(=O)NC1=O)C2CC(C(O2)COP(=O)(O)OP(=O)(C(F)P(=O)(O)O)O)O

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.385: CC1=CN([C@H]2C[C@H](O)[C@@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)[C@H](F)[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: CC1=CN(C(=O)NC1=O)[C@H]2C[C@@H]([C@H](O2)COP(=O)(O)OP(=O)([C@H](F)P(=O)(O)O)O)O

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C11H18FN2O13P3/c1-5-3-14(11(17)13-9(5)16)8-2-6(15)7(26-8)4-25-30(23,24)27-29(21,22)10(12)28(18,19)20/h3,6-8,10,15H,2,4H2,1H3,(H,21,22)(H,23,24)(H,13,16,17)(H2,18,19,20)/t6-,7+,8+,10+/m0/s1

InChIKey

• InChI 1.03: XUHVKXPQGWCRQM-OKJYPTKPSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 12.01: 5'-O-[(R)-{[(R)-[(R)-fluoro(phosphono)methyl](hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]thymidine
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: [(~{R})-fluoranyl-[[[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]methyl]phosphonic acid

PDBエントリ

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PDB-6ctk:
Ternary complex crystal structure of DNA polymerase Beta with a dideoxy terminated primer with CHF-R/S isomers, beta, gamma dTTP analogue