ChemComp-FDU: 1-(2-deoxy-2-fluoro-beta-D-arabinofuranosyl)-5-ethynylpyrimidine-...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: FDU
• 名称: 名称: 1-(2-deoxy-2-fluoro-beta-D-arabinofuranosyl)-5-ethynylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione; 別称: (2'S)-2'-DEOXY-2'-FLUORO-5-ETHYNYLURIDINE; 日化辞名称: 5-エチニル-2′β-フルオロ-2′-デオキシウリジン

Chemical information

組成

組成式: C₁₁H₁₁FN₂O₅ / 原子数: 30 / 化学式量: 270.214 / 形式電荷: 0

その他

4oqm

タイプ: NON-POLYMER / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: FDU / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 4OQM

履歴

作成	2014年2月12日
Modify synonyms	2014年2月18日
公開	2014年8月13日
Modify synonyms	2021年3月1日

• 外部リンク: UniChem / ChemSpider / 日化辞 / PubChem / ZINC / Wikipedia search / Google search

詳細

SMILES

• ACDLabs 12.01: O=C1NC(=O)N(C=C1C#C)C2OC(C(O)C2F)CO
• CACTVS 3.370: OC[CH]1O[CH]([CH](F)[CH]1O)N2C=C(C#C)C(=O)NC2=O
• OpenEye OEToolkits 1.7.6: C#CC1=CN(C(=O)NC1=O)C2C(C(C(O2)CO)O)F

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.370: OC[C@H]1O[C@H]([C@@H](F)[C@@H]1O)N2C=C(C#C)C(=O)NC2=O
• OpenEye OEToolkits 1.7.6: C#CC1=CN(C(=O)NC1=O)[C@H]2[C@H]([C@@H]([C@H](O2)CO)O)F

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C11H11FN2O5/c1-2-5-3-14(11(18)13-9(5)17)10-7(12)8(16)6(4-15)19-10/h1,3,6-8,10,15-16H,4H2,(H,13,17,18)/t6-,7+,8-,10-/m1/s1

InChIKey

• InChI 1.03: YEEGMPUOCRQFRV-IBCQBUCCSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 12.01: 1-(2-deoxy-2-fluoro-beta-D-arabinofuranosyl)-5-ethynylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
• OpenEye OEToolkits 1.7.6: 5-ethynyl-1-[(2R,3S,4R,5R)-3-fluoranyl-5-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione

PDBエントリ

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PDB-4oqm:
Crystal structure of thymidine kinase from herpes simplex virus type 1 in complex with F-ARA-EdU