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万見- EMDB-9994: Structure of cyanobacterial photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9994 | |||||||||
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タイトル | Structure of cyanobacterial photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex | |||||||||
マップデータ | The overall map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) / Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Cao P / Cao DF / Si L / Su XD / Chang WR / Liu ZF / Zhang XZ / Li M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020 タイトル: Structural basis for energy and electron transfer of the photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex. 著者: Peng Cao / Duanfang Cao / Long Si / Xiaodong Su / Lijin Tian / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li / 要旨: Under iron-deficiency stress, which occurs frequently in natural aquatic environments, cyanobacteria reduce the amount of iron-enriched proteins, including photosystem I (PSI) and ferredoxin (Fd), ...Under iron-deficiency stress, which occurs frequently in natural aquatic environments, cyanobacteria reduce the amount of iron-enriched proteins, including photosystem I (PSI) and ferredoxin (Fd), and upregulate the expression of iron-stress-induced proteins A and B (IsiA and flavodoxin (Fld)). Multiple IsiAs function as the peripheral antennae that encircle the PSI core, whereas Fld replaces Fd as the electron receptor of PSI. Here, we report the structures of the PSI-IsiA-Fld and PSI-IsiA supercomplexes from Synechococcus sp. PCC 7942, revealing features that are different from the previously reported PSI structures, and a sophisticated pigment network that involves previously unobserved pigment molecules. Spectroscopic results demonstrated that IsiAs are efficient light harvesters for PSI. Three Flds bind symmetrically to the trimeric PSI core-we reveal the detailed interaction and the electron transport path between PSI and Fld. Our results provide a structural basis for understanding the mechanisms of light harvesting, energy transfer and electron transport of cyanobacterial PSI under stressed conditions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9994.map.gz | 393.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9994-v30.xml emd-9994.xml | 30 KB 30 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9994.png | 101.5 KB | ||
その他 | emd_9994_additional_1.map.gz emd_9994_additional_2.map.gz | 388.3 MB 392.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9994 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9994 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9994_validation.pdf.gz | 553.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9994_full_validation.pdf.gz | 553.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9994_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9994_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9994 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9994 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The overall map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: The local map of six IsiAs
ファイル | emd_9994_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The local map of six IsiAs | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: The local map of six IsiAs
ファイル | emd_9994_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | The local map of six IsiAs | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex
+超分子 #1: Photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III
+分子 #7: Photosystem I PsaI protein
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #11: PsaM
+分子 #12: Flavodoxin
+分子 #13: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
+分子 #14: CHLOROPHYLL A
+分子 #15: PHYLLOQUINONE
+分子 #16: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #17: BETA-CAROTENE
+分子 #18: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #19: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
+分子 #20: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #21: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
+分子 #22: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
+分子 #23: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29295 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-6kif: |