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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9774 | |||||||||||||||
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タイトル | Capsid structure of a freshwater cyanophage Siphoviridae Mic1 | |||||||||||||||
マップデータ | the mrc map after postprocess | |||||||||||||||
試料 | Cyanophage != Microcystis phage Mic1 Cyanophage
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キーワード | cyanophage / Siphoviridae / capsid / VIRUS | |||||||||||||||
機能・相同性 | Cement / Major capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Microcystis phage Mic1 (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Jin H / Jiang YL | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: Capsid Structure of a Freshwater Cyanophage Siphoviridae Mic1. 著者: Hua Jin / Yong-Liang Jiang / Feng Yang / Jun-Tao Zhang / Wei-Fang Li / Ke Zhou / Jue Ju / Yuxing Chen / Cong-Zhao Zhou / 要旨: Cyanobacteria are the most abundant photosynthetic microorganisms, the global distribution of which is mainly regulated by the corresponding cyanophages. A systematic screening of water samples in ...Cyanobacteria are the most abundant photosynthetic microorganisms, the global distribution of which is mainly regulated by the corresponding cyanophages. A systematic screening of water samples in the Lake Chaohu enabled us to isolate a freshwater siphocyanophage that infects Microcystis wesenbergii, thus termed Mic1. Using cryoelectron microscopy, we solved the 3.5-Å structure of Mic1 capsid. The major capsid protein gp40 of an HK97-like fold forms two types of capsomers, hexons and pentons. The capsomers interact with each other via the interweaved N-terminal arms of gp40 in addition to a tail-in-mouth joint along the three-fold symmetric axis, resulting in the assembly of capsid in a mortise-and-tenon pattern. The novel-fold cement protein gp47 sticks at the two-fold symmetric axis and further fixes the capsid. These findings provide structural insights into the assembly of cyanophages, and set up a platform to explore the mechanism of specific interactions and co-evolution with cyanobacteria. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9774.map.gz | 305 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9774-v30.xml emd-9774.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9774.png | 338.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9774.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9774 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9774 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9774_validation.pdf.gz | 559.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9774_full_validation.pdf.gz | 559 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9774_validation.xml.gz | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9774_validation.cif.gz | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9774 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9774 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | the mrc map after postprocess | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cyanophage
全体 | 名称: Cyanophage |
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要素 |
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-超分子 #1: Microcystis phage Mic1
超分子 | 名称: Microcystis phage Mic1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2587456 / 生物種: Microcystis phage Mic1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Microcystis wesenbergii (バクテリア) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: gp40 / 直径: 880.0 Å / T番号(三角分割数): 13 |
-分子 #1: major capsid protein
分子 | 名称: major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Microcystis phage Mic1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 37.879035 KDa |
配列 | 文字列: MAKLNLAVLN NVFSELLTQE INRSATFLGL LSKYPERKSN IQWGVGMGGT TATGVAITGS APAASMDATL PAQLPISAAS VQSTFTLNL KEIEESKEQV TNEELRNLLE AQMRNAVEEI ATTLNKKLYD GSGAIADGGL IGLSIAASGQ DYAGISSATY P LWNVSEVD ...文字列: MAKLNLAVLN NVFSELLTQE INRSATFLGL LSKYPERKSN IQWGVGMGGT TATGVAITGS APAASMDATL PAQLPISAAS VQSTFTLNL KEIEESKEQV TNEELRNLLE AQMRNAVEEI ATTLNKKLYD GSGAIADGGL IGLSIAASGQ DYAGISSATY P LWNVSEVD AWDANATGTD KRQALKTDFM LELDRKIRYR PGAYDLILTT PKVVEQYKKV FEANRSYQIM TFDGQRVPLI DL GFNVAGY MGRPIIDDVF CSRTRTAAES AITTALGTAV DEGVMYFLKK DDLRFYSTPV VGAFSANGVY TLMRQLAQTS LYV DNFVVG CIPQLQLTTR KNVGVIKNIK VG |
-分子 #2: cement protein
分子 | 名称: cement protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Microcystis phage Mic1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 10.199458 KDa |
配列 | 文字列: MPLVYTPAVR GGANPASGSY LLDPQYVNSG VDILQATYGY NINGTANADQ LLQRDAILAI LEYALKDTAF VNAIQAVAAG SGVTTPASF VSACVTKLTA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH7.5, 100 mM NaCl, 10 mM MgSO4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1935 / 平均露光時間: 5.76 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6j3q: |