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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9608 | |||||||||
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タイトル | Anthrax Toxin Receptor 1-bound full particles of Seneca Valley Virus in acidic conditions | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 reproductive process / filopodium membrane / negative regulation of extracellular matrix assembly / blood vessel development / lamellipodium membrane / Uptake and function of anthrax toxins / collagen binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / channel activity ...reproductive process / filopodium membrane / negative regulation of extracellular matrix assembly / blood vessel development / lamellipodium membrane / Uptake and function of anthrax toxins / collagen binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / channel activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / monoatomic ion transmembrane transport / transmembrane signaling receptor activity / actin filament binding / actin cytoskeleton organization / RNA helicase activity / endosome membrane / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / cell surface / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Seneca valley virus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Lou ZY / Cao L | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Seneca Valley virus attachment and uncoating mediated by its receptor anthrax toxin receptor 1. 著者: Lin Cao / Ran Zhang / Tingting Liu / Zixian Sun / Mingxu Hu / Yuna Sun / Lingpeng Cheng / Yu Guo / Sheng Fu / Junjie Hu / Xiangmin Li / Chengqi Yu / Hanyang Wang / Huanchun Chen / Xueming Li ...著者: Lin Cao / Ran Zhang / Tingting Liu / Zixian Sun / Mingxu Hu / Yuna Sun / Lingpeng Cheng / Yu Guo / Sheng Fu / Junjie Hu / Xiangmin Li / Chengqi Yu / Hanyang Wang / Huanchun Chen / Xueming Li / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Ping Qian / Zhiyong Lou / Zihe Rao / 要旨: Seneca Valley virus (SVV) is an oncolytic picornavirus with selective tropism for neuroendocrine cancers. SVV mediates cell entry by attachment to the receptor anthrax toxin receptor 1 (ANTXR1). Here ...Seneca Valley virus (SVV) is an oncolytic picornavirus with selective tropism for neuroendocrine cancers. SVV mediates cell entry by attachment to the receptor anthrax toxin receptor 1 (ANTXR1). Here we determine atomic structures of mature SVV particles alone and in complex with ANTXR1 in both neutral and acidic conditions, as well as empty "spent" particles in complex with ANTXR1 in acidic conditions by cryoelectron microscopy. SVV engages ANTXR1 mainly by the VP2 DF and VP1 CD loops, leading to structural changes in the VP1 GH loop and VP3 GH loop, which attenuate interprotomer interactions and destabilize the capsid assembly. Despite lying on the edge of the attachment site, VP2 D146 interacts with the metal ion in ANTXR1 and is required for cell entry. Though the individual substitution of most interacting residues abolishes receptor binding and virus propagation, a serine-to-alanine mutation at VP2 S177 significantly increases SVV proliferation. Acidification of the SVV-ANTXR1 complex results in a major reconfiguration of the pentameric capsid assemblies, which rotate ∼20° around the icosahedral fivefold axes to form a previously uncharacterized spent particle resembling a potential uncoating intermediate with remarkable perforations at both two- and threefold axes. These structures provide high-resolution snapshots of SVV entry, highlighting opportunities for anticancer therapeutic optimization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9608.map.gz | 86.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9608-v30.xml emd-9608.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9608.png | 94.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9608 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9608 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9608_validation.pdf.gz | 459.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9608_full_validation.pdf.gz | 458.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9608_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9608_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9608 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9608 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 634.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Seneca valley virus
全体 | 名称: Seneca valley virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Seneca valley virus
超分子 | 名称: Seneca valley virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / NCBI-ID: 390157 / 生物種: Seneca valley virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Seneca valley virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 28.459969 KDa |
配列 | 文字列: STDNAETGVI EAGNTDTDFS GELAAPGSNH TNVKFLFDRS RLLNVIKVLE KDAVFPRPFP TQEGAQQDDG YFCLLTPRPT VASRPATRF GLYANPSGSG VLANTSLDFN FYSLACFTYF RSDLEVTVVS LEPDLEFAVG WFPSGSEYQA SSFVYDQLHV P FHFTGRTP ...文字列: STDNAETGVI EAGNTDTDFS GELAAPGSNH TNVKFLFDRS RLLNVIKVLE KDAVFPRPFP TQEGAQQDDG YFCLLTPRPT VASRPATRF GLYANPSGSG VLANTSLDFN FYSLACFTYF RSDLEVTVVS LEPDLEFAVG WFPSGSEYQA SSFVYDQLHV P FHFTGRTP RAFASKGGKV SFVLPWNSVS SVLPVRWGGA SKLSSATRGL PAHADWGTIY AFVPRPNEKK STAVKHVAVY IR YKNARAW CPSMLPFRSY K |
-分子 #2: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Seneca valley virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.296883 KDa |
配列 | 文字列: PIPTAPRENS LMFLSTLPDD TVPAYGNVRT PPVNYLPGEI TDLLQLARIP TLMAFERVPE PVPASDTYVP YVAVPTQFDD RPLISFPIT LSDPVYQNTL VGAISSNFAN YRGCIQITLT FCGPMMARGK FLLSYSPPNG TQPQTLSEAM QCTYSIWDIG L NSSWTFVV ...文字列: PIPTAPRENS LMFLSTLPDD TVPAYGNVRT PPVNYLPGEI TDLLQLARIP TLMAFERVPE PVPASDTYVP YVAVPTQFDD RPLISFPIT LSDPVYQNTL VGAISSNFAN YRGCIQITLT FCGPMMARGK FLLSYSPPNG TQPQTLSEAM QCTYSIWDIG L NSSWTFVV PYISPSDYRE TRAITNSVYS ADGWFSLHKL TKITLPPDCP QSPCILFFAS AGEDYTLRLP VDCNPSYVF |
-分子 #3: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Seneca valley virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 29.813266 KDa |
配列 | 文字列: DRVTTQTAGN TAINTQSSLG VLCAYVEDPT KSDPPSSSTD QPTTTFTAID RWYTGRLNSW TKAVKTFSFQ AVPLPGAFLS RQGGLNGGA FTATLHRHFL MKCGWQVQVQ CNLTQFHQGA LLVAMVPETT LDVKPDGKAK SLQELNEEQW VEMSDDYRTG K NMPFQSLG ...文字列: DRVTTQTAGN TAINTQSSLG VLCAYVEDPT KSDPPSSSTD QPTTTFTAID RWYTGRLNSW TKAVKTFSFQ AVPLPGAFLS RQGGLNGGA FTATLHRHFL MKCGWQVQVQ CNLTQFHQGA LLVAMVPETT LDVKPDGKAK SLQELNEEQW VEMSDDYRTG K NMPFQSLG TYYRPPNWTW GPNFINPYQV TVFPHQILNA RTSTSVDINV PYIGETPTQS SETQNSWTLL VMVLVPLDYK EG ATTDPEI TFSVRPTSPY FNGLRNRYTA |
-分子 #4: VP4
分子 | 名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Seneca valley virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 5.998467 KDa |
配列 | 文字列: RGNNGNMTFN YYANTYQNSV DFSTSSSASG AGPGNSRGGL AGLLTNFSGI LNPLGYLK |
-分子 #5: Anthrax toxin receptor 1
分子 | 名称: Anthrax toxin receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 21.31602 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: SMACYGGFDL YFILDKSGSV LHHWNEIYYF VEQLAHKFIS PQLRMSFIVF STRGTTLMKL TEDREQIRQG LEELQKVLPG GDTYMHEGF ERASEQIYYE NRQGYRTASV IIALTDGELH EDLFFYSERE ANRSRDLGAI VYAVGVKDFN ETQLARIADS K DHVFPVND GFQALQGIIH SILKKSC |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 1.63 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9167 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6adm: |